اولین مدیر باشگاه راه آهن، مرحوم حسین صدقیانی بود. راه آن همواره مهد بازیکن سازی فوتبال تهران بوده و بسیاری از بازیکنان تیم ملی در راه آهن رشد و پرورش یافته‌اند.

تیم فوتبال راه آهن با حضور درجام های تخت جمشید، قهرمانی لیگ دسته دوم ایران در سال 1355 نائب قهرمان جام حذفی در سال 1361 و قهرمانی در جام اتحادیه باشگاه‌های ایران در سال 1382 و قهرمانی‌های پی در پی در رده جوانان، در سال‌های پیش از انقلاب اسلامي يكي از تيم‌هاي مطرح كشور بود. اما پس از  سال 56 اين تيم حدود بیست و هشت سال در لیگ سراسری غیبت داشت. در سال 1383 راه آهن از دسته دوم با مربیگری فیروز کریمی به لیگ برتر صعود کرد.

تیم راه آهن در قدیم به عنوان شکست دهنده بزرگان و "گربه سیاه" تیم‌های استقلال و پرسپولیس معروف شده بود.

این باشگاه در ۲۰ مرداد ۱۳۸۷رسماً به شهرستان ری واگذار شد.

رنگ لباس اول: پیراهن زرد، شورت آبی
رنگ لباس دوم: پیراهن سفید، شورت آبی