اما باتوجه به اختيارات گسترده ساختارهاي اجرايي، كه ممكن است قوانين را براساس منافع و مقتضيات مصلحتي خود اجرا كنند، در عرصه اجرا با مشكل مواجه مي‌شوند. بر اين اساس عموما در نظام‌هاي حقوقي، نهادهاي حقوقي تضمين‌كننده حقوق شهروندي را براي ايجاد پلي بين قوانين و ساختارهاي اجرايي تعبيه مي‌كنند. در رابطه با محتواي آنها مي‌توان گفت كه اين نهادها قواعدي شكلي هستند و قابليت اجرايي مستقيم دارند و درواقع حلقه ارتباطي بين شهروندان و ساختارهاي حاكميتي محسوب مي‌شوند.

قانون اساسي جمهوري اسلامي ايران، نهاد انتخابات و نهاد تفكيك قوا را2 نمونه از مهم‌ترين نهادهاي تضمين حقوق شهروندي مي‌داند. ذكر قاعده‌اي از قواعد مربوط به حقوق شهروندي در هيچ قانوني ازجمله قانون اساسي به خودي خود نمي‌تواند ضامن اجراي اين حقوق باشد، بلكه ضروري است اين قانون در چارچوب يك سيستم حقوقي با ساختارهاي مختلف تضمين شود. مطالعات انجام شده بر روي قوانين بنيادين بعضي از كشورها نشان مي‌دهد كه نهادهاي حقوقي تضمين‌كننده حقوق شهروندي آنها، با بافت اجتماعي و فرهنگي و نوع قدرت سياسي در اين كشورها كاملا متناسب است.