به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دولت، براساس این آیین‌نامه، طراحی تشکیلات و مأموریت‌ها می‌بایست بر اساس وظایف و اختیارات و مسئولیت‌های ناشی از قوانین و مقررات مربوطه از جمله الگوها و شاخص‌های سازماندهی دستگاه‌های اجرایی باشد.
انسجام و هماهنگی در امور سیاست‌گذاری از جمله استانداردسازی، تنظیم مقررات و تعرفه‌گذاری و همچنین برنامه‌ریزی در اموری نظیر تعیین هدف‌های مرحله‌ای در ستاد دستگاه و واحدهای استانی و سازمان‌های وابسته و تنظیم بودجه و برنامه‌های عملیاتی دستگاه اجرایی وابسته، تطبیق برنامه‌های عملیاتی با نوع فعالیت‌های دستگاه، نظارت بر هزینه‌های مربوط به انجام فعالیت‌ها و پروژه‌ها، مدیریت عملکرد شامل ارزیابی عملکرد سازمان، مدیریت و کارکنان از دیگر شاخص‌های سازماندهی و الگوهای تشکیلات دستگاه‌های اجرایی است که در این آیین نامه به آنها اشاره شده است.
تفویض وظایف قابل واگذاری و استفاده از فناوری اداری و فناوری اطلاعات و ارتباطات از دیگر موارد مشمول آیین‌نامه ضوابط و شاخص‌های سازماندهی، طراحی و تنظیم تشکیلات دستگاه‌های اجرایی هستند.
بر اساس ماده 2 این آیین‌نامه، به منظور ایجاد هماهنگی در بین واحدهای استانی و شهرستانی تابع وابسته به دستگاه‌های اجرایی مشمول، در سطح استان و شهرستان، در انجام وظایف دستگاه از ظرفیت شورای برنامه‌ریزی و توسعه و کارگروههای آن بایستی استفاده شود.
همچنین براساس آیین نامه ضوابط و شاخص‌های سازماندهی، طراحی و تنظیم تشکیلات دستگاه‌های اجرایی، پست‌های دستگاه‌های مشمول برای مستخدمان جدید که پس از تأیید ساختار و شرح وظایف و پست‌های آنها مطابق این تصویب‌نامه جذب می‌شوند، به دو دسته پست‌های ثابت برای استخدام رسمی در مشاغل حاکمیتی و پست‌های پیمانی برای تصدی پست‌های سازمانی با مدت معین تقسیم می‌شوند.
بر اساس این آیین‌نامه، کارکنان رسمی و پیمانی با پست یا بدون آن و کارکنان با پست با نام به همراه پست می‌توانند به دستگاه‌های دیگر با توافق دو دستگاه مأمور یا منتقل شوند.
همچنین انتقال کارکنان از ستاد مرکزی دستگاه‌ها به استان‌ها و شهرستان‌ها از اختیارات بالاترین مقام دستگاه اجرایی است و برخورداری آنان از تسهیلات و مزایای قانونی با تشخیص همان مقام خواهد بود.
بر اساس این آیین‌نامه، کارکنانی که از ستاد مرکزی دستگاه‌ها به استان‌ها و شهرستان‌ها منتقل می‌شوند، نمی‌توانند به ستاد مرکزی برگردند.
بر اساس ماده 4 این آیین‌نامه، پست‌های بانام، پست‌هایی از مجموعه پست‌های سازمانی موجود دستگاه هستند که دارای شاغل رسمی یا پیمانی هستند، ولی با اصلاح تشکیلات بر اساس توافق دستگاه و معاونت توسعه مدیریت و سرمایه انسانی رییس‌جمهور باید حذف شوند.
این‌گونه پست‌ها به صورت با نام تا خروج شاغلان مربوط پایدار خواهند بود و پس از خروج شاغلان از مجموعه تشکیلات حذف می‌شوند.
پست‌های مدیریتی نیز به تشخیص بالاترین مقام دستگاه می‌تواند به عناوین دیگر تغییر یابد.
همچنین پست‌های سازمانی مشمول قانون حالت اشتغال مستخدمین شهید، جانباز از کار افتاده و مفقودالاثر انقلاب اسلامی و جنگ تحمیلی ـ مصوب 1372 ـ و نیز مربوط به ایثارگران و فرزندان شهدا نیز مشمول مقررات مربوط هستند.
بر اساس آیین‌نامه ضوابط و شاخص‌های سازماندهی، طراحی و تنظیم تشکیلات دستگاه‌های اجرایی، نحوه سازماندهی واحدهای عملیاتی دستگاه‌های مشمول که عهده‌دار ارائه خدمات به طور مستقیم به مردم می‌باشند نظیر پارک ملی، مجتمع بهزیستی، مرکز آموزش فنی و حرفه‌ای و واحدهای ثبتی بر اساس حجم عملیات، پراکندگی جغرافیایی فعالیت‌ها و نوع خدمات آنها توسط دستگاه مربوط تهیه و با تأیید معاونت توسعه مدیریت و سرمایه انسانی رئیس‌جمهور و معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رئیس‌جمهور تعیین می‌شود.
این آیین نامه در 5 ماده در تاریخ 12 اسفندماه سال1388 از سوی معاون اول رییس‌جمهور به معاونت توسعه مدیریت وسرمایه انسانی رئیس جمهور جهت جرا ابلاغ شده است.