سؤال این است که چرا این پایان نامه‌ها تاثیری در وضعیت اقتصادی و علمی ایران ندارد؟ به‌نظر می‌رسد که اغلب این پایان‌نامه‌ها با روند و کیفیتی انجام شده است که از مسائل و مشکلات جاری جامعه به دور بوده و هیچ راه حلی برای تنگناهای متعدد جامعه ارائه نمی‌دهد.
اینکه چرا چنین وضعیتی در ایران حادث شده، نیاز به بررسی، مطالعه و تحقیق دارد اما به‌طور خلاصه می‌توان به برخی از این موارد به شرح زیر اشاره کرد:
1 - انتخاب موضوع یا سوژه پایان نامه براساس سلیقه و تمایل دانشجو و نه نیاز پژوهشی صنعت و بخش‌های دولتی و خصوصی.
2 - طی‌نشدن فرایند دفاع از پروپوزال در گروه‌های آموزشی به‌منظور رفع اشکالات روش‌شناختی و محتوایی پایان نامه‌ها.
3 - ناآشنایی دانشجویان با روش‌های تحقیق و ضعف تئوریک دروس روش تحقیق در دانشگاه‌ها.
4 - کپی برداری‌های وسیع از منابع داخلی و خارجی و تکراری‌بودن محتوای پایان نامه‌ها.
5 - فقدان نظام کنترلی دقیق برای ارزیابی بیرونی پایان نامه‌ها.
6 - فربه بودن بخش ادبیات تحقیق در پایان نامه‌ها و نحیف بودن بخش‌های اصلی تحقیقاتی.
7 - قطع ارتباط میان دانشگاه و صنعت و جامعه.
8 - ضعف حمایت‌های مالی از پایان‌نامه‌ها و یا پیچیده بودن فرایند دریافت کمک‌های مالی.
9 - عدم‌رعایت مقررات آموزش عالی در مورد محدودیت راهنمایی رساله‌ها توسط استادان و فاصله گرفتن استادان راهنما و مشاور از کمک به دانشجویان به‌دلیل مشغله‌های فراوان آموزشی و حرفه‌ای.
10 - فقدان سامانه اطلاع رسانی علمی و جامع در نظام دانشگاهی ایران برای انتشار نتایج تحقیقات و هم افزایی علمی از طریق انتشار پایان نامه‌ها.
شاید به‌دلیل همین مشکلات بوده که اخیرا وزارت علوم به فکر ساماندهی پایان‌نامه‌ها در ایران افتاده و در همین راستا معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با تشریح برنامه‌های سال جدید این معاونت گفته است: «هدفمندکردن پروژه‌های تحقیقاتی دانشجویان تحصیلات تکمیلی با توجه به نیازهای حال و آینده‌های دور و نزدیک در دستور کار وزارت علوم قرار گرفت.
در حال حاضر دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری پروژه‌هایی را به‌عنوان پایان‌نامه اجرا می‌کنند که عمولا به ذوق و سلیقه خودشان برمی گردد. این پروژه‌ها با وجود اینکه در نوع خود ارزشمند هستند اما مجموعه اینها هدف مشخصی را دنبال نمی‌کنند.
ما باید با توجه به نیازهای حال و آینده‌های دور و نزدیک، پروژه‌های دانشجویان را تعریف کنیم که مجموعه آنها اهداف مشخصی را در آینده برای کشور محقق کنند و هدف‌دار باشند تا توانمندی را برای کشور ایجاد کنند.»
اینکه هدفمندکردن پایان نامه‌ها تا چه حد می‌تواند مشکلات مذکور را برطرف کند و قشر دانشگاهی و علمی کشور را با جامعه آشتی دهد، در آینده‌ای نه‌چندان دور مشخص خواهد شد.