ماسوله به‌دلیل معماری یگانه‌ای که دارد، مورد توجه بسیاری از گردشگران و علاقه‌مندان به تاریخ ایران قرار گرفته، اما به‌علت بارندگی‌های زیاد منطقه گیلان، همیشه در معرض سیل بوده است. یحیی یوسف‌پور، شهردار ماسوله در گفت‌وگو با «همشهری استان‌ها» می‌گوید: «با همه تدابیری که در منطقه بالادستی رودخانه‌های ماسوله اندیشیده شده، در سال گذشته 3 بار سیل‌هایی با شدت کم در ماسوله جریان پیدا کرده است.»
در 10 سال اخیر که مسئولان اجرایی و فرهنگی منطقه متوجه آثار مخرب سیلاب‌ها در ماسوله شده‌اند، تلاش‌های زیادی برای کاهش تعداد یا کاستن از شدت آنها صورت گرفته است. اداره منابع طبیعی گیلان در این سال‌ها کوشیده است با همکاری سازمان میراث فرهنگی و گردشگری و نهادهای اجرایی منطقه، مشکلات مربوط به سیل‌های ماسوله را حل کند، اما همچنان نبود یک طرح مطالعاتی جامع درباره حفظ بافت تاریخی و شهری ماسوله، بزرگ‌ترین مشکلی است که می‌تواند کلیت این شهر را با خطر روبه‌رو سازد.
ویژگی‌های ماسوله باعث شده است هر سال پذیرای گردشگران بسیاری باشد که نه تنها از دیگر شهرهای داخلی، که از کشورهای دور و نزدیک، به استان گیلان می‌آیند. تعداد زیاد گردشگران بازدیدکننده از ماسوله علاوه بر اینکه باعث رونق اقتصادی منطقه می‌شود، سبب شده است فرهنگ گیلانی مورد توجه بسیاری از ایرانیان قرار بگیرد.
اما در این میان، سیلابهای فصلی که بر اثر طغیان 3 رودخانه بالادست ماسوله به‌وجود می‌آیند، گردشگری منطقه را با خطر روبه‌رو می‌کند و همچنین جان و مال ما سوله‌ای‌ها را تهدید می‌کند. یوسف‌پور، شهردار ماسوله در این‌باره می‌گوید: «3 رودخانه در مناطق دولی‌چال و خلیل دشت در مناطق بالادستی ماسوله قرار گرفته‌اند که به هم می‌پیوندند و از درون ماسوله عبور می‌کنند. هنگامی که سیل در ماسوله جاری می‌شود، خانه‌ها و مناطق تاریخی ماسوله چندان در معرض آسیب قرار ندارند، اما خیابان اصلی شهر ماسوله را آب می‌گیرد و برای گردشگران مشکلات بسیاری پیش می‌آید.»
به گفته شهردار ماسوله، هنگامی که سیل جاری می‌شود، گردشگران عملا نمی‌توانند در ماسوله رفت‌وآمد کنند و شهروندان این منطقه نیز با خطرات جانی و مالی مواجه می‌شوند. بنابراین کنترل سیل در ماسوله یکی از اولویت‌های منطقه بوده و تلاش‌های زیادی نیز در این باره انجام شده است. یوسف‌پور می‌گوید: «در مناطق بالادست ماسوله، با پل‌سازی‌هایی که انجام شده و تعریض‌هایی که در رودخانه‌ها صورت گرفته، احتمال وقوع سیل کمتر شده اما همچنان سیل‌هایی با شدت کمتر در سال گذشته در ماسوله جریان پیدا کرده است.»
شهرک تاریخی و شهر جدید ماسوله تنها در خطر سیل قرار ندارد.
در این منطقه خانه‌ها با مصالحی ساخته شده است که بر اثر گذشت زمان بسیار آسیب‌پذیرند. در حفظ بافت‌های تاریخی ماسوله، نیروی انسانی نقش بسیار مهمی دارد. به گفته شهردار ماسوله، اگر این شهر تاریخی خالی از سکنه باشد در یکی دو سال از بین خواهد رفت. در حقیقت ماسوله را ساکنان این شهر حفظ می‌کنند. ماسوله به جز سیل با مخاطراتی از جمله ریزش سنگ، رانش زمین، زمین‌لرزه، تصرف برای توسعه عمرانی و تخریب‌های انسانی نیز روبه‌رو است، اما بزرگ‌ترین مشکلی که خطری بزرگ برای آن محسوب می‌شود، جریان گاه و بیگاه سیل است.
در حفظ شهر ماسوله از خطرات سیل، بسیاری از دستگاه‌های اجرایی نقش دارند که مهم‌ترین آنها اداره منابع طبیعی گیلان است. دستگاه‌های اجرایی تلاش می‌کنند با آبخیزداری، کاشت درخت در مسیر جریان سیل و جلوگیری از ورود دامداران به مناطق سیل‌خیز، سیل‌ها را مهار کنند و خسارت‌های آن را به کمترین میزان ممکن برسانند.
مهندس رحمانی، سرپرست اداره کل منابع طبیعی و آبخیزداری گیلان می‌گوید: «برای حل مشکل حوزه آبخیز ماسوله، اداره کل منابع طبیعی فعالیت بسیاری کرده که نتایج آن را نیز شاهد هستیم. در مناطق میلرزان، اشکلیت، صفاگشته و دولی‌چال با اجرای طرح‌های ساماندهی و خروج دام از منطقه، طرح‌های آبخیزداری با هدف کنترل آب‌های سطحی و طرح‌های جنگل‌کاری در سطح وسیعی از منطقه با استفاده از گونه‌های بومی منطقه به اجرا در آمده است.»
سرپرست اداره کل منابع طبیعی و آبخیزداری گیلان حضور بیش از ظرفیت مجاز دام در مراتع و عرصه‌های منابع طبیعی در مناطق مرتفع حوزه ماسوله را موجب تخریب و کاهش شدید پوشش گیاهی و سخت شدن خاک این مناطق ارزیابی می‌کند و می‌گوید: «با انجام طرح‌های ساماندهی و خروج دام از حوزه‌های بالادستی، ضمن آزادسازی مناطق بسیاری از عرصه‌های ملی با ایجاد پوشش گیاهی مناسب و حفظ خاک در تلاش هستیم که از نعمت بی‌کران خداوندی که به‌صورت بارش در منطقه داریم بهره‌برداری بهینه کنیم و این تهدید را به یک فرصت شایسته برای احیای هرچه بیشتر منابع طبیعی و جنگل‌های استان تبدیل کنیم.»
طرح‌های انجام‌شده برای کاهش سیلاب‌ها در ماسوله دارای نتایج بسیار خوبی بوده است، اما همچنان مسئولان معتقدند انجام یک طرح مطالعاتی برای کاهش خطراتی که خانه‌های تاریخی ماسوله را تهدید می‌کنند، امری ضروری است. شهردار ماسوله فعالیت در زمینه آبخیزداری را لازم می‌داند، اما می‌گوید که این تلاش‌ها کافی نیست. او معتقد است که باید طرحی جامع برای ماسوله تهیه شود که در آن، برنامه‌هایی نیز به مهار سیلاب‌ها اختصاص داده شود.
مهندس شجاعی، معاون آبخیزداری سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری کشور نیز، چندی پیش در بازدید از مناطق بالادستی ماسوله به ضرورت انجام طرح مطالعاتی جامع اشاره کرده بود. او گفته بود: «با توجه به ویژگی شهر تاریخی ماسوله و اهمیت آن در سطح ملی و منطقه‌ای، ضرورت کنترل سیل در حوزه‌های بالادست این شهر اهمیت ویژه‌ای دارد. درصدد هستیم با تهیه یک طرح جامع مطالعاتی، شرح خدمات علمی و اصولی و اجزای آن را به‌وسیله تمام دستگاه‌های ذی‌ربط با نظارت عالی‌ترین مقام اجرایی استان تدوین کنیم تا چارچوب و خط‌مشی مشخص فعالیت‌ها و طرح‌ها در تمام ادارات و نهادهای دخیل در این امر تعیین شود و شاهد رشد و شکوفایی هرچه بیشتر این منطقه باشیم.»
حدود 800 تا هزار سال پیش، مردمانی از نقاط مختلف ایران به دلایل نامعلومی به منطقه ماسوله کوچ کرده‌اند. مهم‌ترین ویژگی ماسوله که آن را از سایر نقاط ایران و حتی جهان متمایز کرده، معماری منحصربه‌فرد خانه‌های آن است. در این شهر از محوطه جلوی خانه‌ها و بام‌ها، هردو به‌عنوان پیاده‌رو استفاده می‌شود. معماری ماسوله را می‌توان در یک جمله چنین توصیف کرد: حیاط ساختمان بالایی پشت بام ساختمان پایینی است. این در حالی است که ساختمان‌های ماسوله معمولا بلندتر از 2 طبقه نیستند.