مرحله اول: در این مرحله از عملیات در محور قرارگاه قدس (شمال کرخه‌نور) به‌دلیل هوشیاری دشمن و وجود استحکامات متعدد، پیشروی نیروها به سختی امکان‌پذیر بود. در هر حال نیروهای ایرانی موفق شدند از مواضع دشمن عبور کرده و منطقه‌ای در جنوب رودخانه کرخه‌نور را به‌عنوان سرپل تصرف کنند.
در محور قرارگاه فتح، یگان‌های خودی ضمن عبور از رودخانه به سرعت خود را به جاده اهواز – خرمشهر رسانده و به ایجاد استحکامات و جلوگیری از نقل و انتقالات و تحرکات دشمن در جاده مذکور پرداختند.
الحاق کامل قرارگاه نصر با قرارگاه فتح و همچنین تصرف اهداف مرحله اول قرارگاه قدس در دستور کار عملیات شب دوم قرار گرفت که با انجام آن تاحدودی اهداف مورد نظر محقق شد، لیکن برخی رخنه‌ها همچنان باقی بود تا اینکه سرانجام پس از 5روز، جاده اهواز – خرمشهر از کیلومتر 68تا کیلومتر 103 تثبیت و تمامی رخنه‌ها ترمیم شد.
مرحله دوم: در این مرحله تصمیم گرفته شد که قرارگاه‌های فتح و نصر از جاده اهواز – خرمشهر به سمت مرز پیشروی کنند و قرارگاه قدس نیز ماموریت یافت تا به صورت محدود برای تصرف سرپل در جنوب کرخه‌نور اقدام کند و سپس آن را گسترش دهد.
عملیات در این مرحله در ساعت 22:30 روز 16/2/1361 آغاز شد. نیروهای قرارگاه فتح در همان ساعات اولیه به جاده مرزی رسیدند. یگان‌های قرارگاه نصر نیز با اندکی تاخیر و تحمل فشارهای دشمن، به مرز رسیده وخود را به قرارگاه فتح الحاق کردند. دشمن با مشاهده جهت پیشروی نیروهای ایران به طرف مرز، لشکر‌های 5 و 6 خود را به عقب کشاند. به نظر می‌رسید این عقب‌نشینی با 2هدف انجام شده باشد: یکی جلوگیری از محاصره و انهدام این لشکرها و دیگری تقویت هر چه بیشتر خطوط پدافندی بصره و خرمشهر.
در پی این عقب‌نشینی که از ساعات اولیه روز 18/2/1361 آغاز شده بود، نیروهای قرارگاه قدس ضمن تعقیب نیروهای دشمن، تعدادی از آنها را که از قافله عقب مانده بودند، به اسارت خود درآوردند و درنتیجه جاده اهواز – خرمشهر (تا انتهای جنوب منطقه‌ای که توسط قرارگاه نصر به‌عنوان سرپل تصرف شده بود) و نیز مناطقی همچون جفیر، پادگان حمید و هویزه آزاد شدند.
مرحله سوم: در این مرحله، قرارگاه نصر ماموریت یافت تا در آخرین ساعات روز 19/2/1361 حرکت خود را به سمت خرمشهر آغاز کند، اما به‌دلیل هوشیاری دشمن و تمرکز نیرو در خطوط پدافندی اش، نیروهای خودی در انجام ماموریت خود توفیق نیافتند. تکرار این عملیات در روز بعد نیز به شکست انجامید. به همین دلیل تصمیم گرفته شد تا برای انجام عملیات نهایی فرصت بیشتری به یگان‌ها داده شود.
مرحله چهارم عملیات از یک تا 4 خرداد 1361: سرانجام در ساعت 22:30 اول خرداد 1361 تلاش برای آزادسازی خرمشهر با رمز «بسم الله القاسم الجبارین یا محمد بن عبدالله (ع)» آغاز شد. در برابر تک سریع و غافلگیرانه نیروهای خودی، نیروهای عراقی دچار وحشت وسرگردانی شدید شدند و نتوانستند واکنش مهمی از خود نشان دهند و ارتباط یگان‌های دشمن با یکدیگر قطع شد. فرار افسران و درجه‌داران و سربازان عراقی از منطقه خرمشهر گویای از هم پاشیدگی سازمان یگان‌های دشمن بود.
در روز دوم خرداد نتیجه پیکار بسیار درخشان بود و قرارگاه کربلا به هدف خود که احاطه کامل خرمشهر بود، رسید. تعداد اسرای عراقی در این روز از 2هزار و830 نفر تجاوز کرد و یگان‌هایی از دشمن که در منطقه بین نهر عرایض و شلمچه مستقر بودند، به میزان زیاد منهدم شدند.
با وجود حضور گسترده هواپیماهای عراقی در آسمان منطقه، عقابان تیزپرواز نیروی هوایی ارتش در پشتیبانی از یگان‌های رزمنده، در صحنه عملیات بیت المقدس حضوری فعال داشتند و با بمباران پل شناور عراقی‌ها روی شط‌العرب و مناطق تجمع آنان در آن سوی رودخانه، نقش ارزنده‌ای در آزاد سازی خرمشهر ایفا کردند.
در آخرین ساعت‌های روز دوم خرداد، قرارگاه کربلا پس از بررسی آخرین وضعیت، تصمیم گرفت تا نیروها با ورود به شهر، آن‌را از لوث وجود نیروهای عراقی پاک کنند. از این رو در ساعت 3 دقیقه بامداد روز سوم خرداد واحدهایی از رزمندگان ایران به آن سوی رودخانه وارد شدند.
از طرف دیگر جمعی از نیروهای عراقی با استفاده از تاریکی شب و قایق اقدام به فرار کردند که تعدادی از این قایق‌ها توسط تکاوران نیروی دریایی ارتش هدف قرار گرفت و سرنشینان آنها غرق شدند.
نیروهای عراقی از ساعت 3:50 بامداد تا 12:30 روز سوم خرداد از سمت شلمچه 3بار اقدام به پاتک و تلاش کردند تا از طریق جاده شلمچه – خرمشهر حلقه محاصره خرمشهر را بشکنند، اما هر بار با پایداری و مقاومت دلاورانه رزمندگان ایرانی مواجه شدند و با دادن خساراتی عقب‌نشینی کردند.
در ساعت .. : 11صبح روز سوم خرداد در حالی که درگیری شدیدی بین قوای ایرانی و نیروهای عراقی در شمال نهر‌خین جریان داشت و دشمن در فکر شکستن حلقه محاصره خرمشهر بود، رزمندگان ایرانی از جناح غرب و خیابان کشتارگاه وارد شهر شدند. ناحیه گمرک خرمشهر در کنار اروند اندکی مقاومت کرد که آن هم به سرعت در هم شکسته شد.
در ساعت 12:00همان روز قوای ایران از سمت شمال و شرق وارد شهر شدند و نیروهای متجاوز بعثی که 24 ساعت در محاصره کامل قرار داشتند، راهی جز اسارت یا فرار یا کشته شدن نداشتند. بدین جهت واحدهای عراقی گروه‌گروه به اسارت رزمندگان اسلام درآمدند.
در ساعت 14:00 خرمشهر به طورکامل آزاد شد و پرچم پرافتخار جمهوری اسلامی ایران برفراز «مسجد جامع» و پل تخریب شده خرمشهر به اهتزاز درآمد.
بدین ترتیب این شهر مقاوم که پس از 35 روز پایداری و مقاومت در 4 آبان 1359 به اشغال دشمن درآمده بود، پس از 578 روز (19 ماه) اسارت، بار دیگر به آغوش گرم میهن اسلامی بازگشت و پیکر پاک آن از لوث وجود متجاوزان بعثی تطهیر شد.
رزمندگان اسلام در اولین اقدام خود پس از آزاد سازی شهر، نماز شکر را در مسجد جامع خرمشهر اقامه کردند. خبر آزادسازی خرمشهر به سرعت در همه جا طنین افکند و ملت ایران اسلامی را که مدت‌ها در آرزوی شنیدن چنین خبر مسرت بخشی بودند، غرق در شادی و سرور کرد. مردم به خیابان‌ها ریختند و با پخش شیرینی به جشن و شادی پرداختند. در پایان آن روز امت شهید پرور ایران با حضور در مساجد، نماز شکر به جای آورده و با فرا رسیدن شب به یمن پیروزی حق بر باطل بر پشت بام‌ها ندای الله اکبر سردادند.
نتایج
- طی عملیات بیت المقدس 5هزار و 38کیلومتر مربع از اراضی اشغال شده از جمله شهرهای خرمشهر و هویزه و نیز پادگان حمید و جاده اهواز – خرمشهر آزاد شدند. علاوه بر این، شهرهای اهواز، حمیدیه و سوسنگرد از تیررس توپخانه دشمن خارج شدند. همچنین 180 کیلومتر از خط مرزی تأمین شد.
- با فتح خرمشهر، برتری نظامی ایران بر عراق مورد تأیید کارشناسان و تحلیل‌گران نظامی قرار گرفت.
- فتح خرمشهر موجب انفعال ارتش عراق شد؛ به گونه‌ای که نظامیان عراقی تا مدت زیادی نتوانستند از لاک دفاعی خارج شوند.
- عملیات بیت‌المقدس موجب شد تا کشورهای عرب منطقه بیش ازپیش به تقویت مالی و نظامی عراق مبادرت ورزند.
- طی این عملیات حدود 19هزارنفر از نیروهای دشمن به اسارت درآمده و بالغ بر 16هزارنفر کشته و زخمی شدند.