دلیل این امر را می‌توان در برخی عوامل جست‌وجو کرد که به کاهش اعتماد میان طرفین و سردی این مناسبات منجر می‌شود. برای ایران مسائلی چون حضور اسرائیل در جمهوری آذربایجان و نزدیکی بیشتر آن به مرزهای ایران و نقش انکار ناپذیر آن در تهدید امنیت ملی ایران (حداقل به‌طور غیرمستقیم)، تبلیغات پان ترکیستی موجود در این کشور که تمامیت ارضی ایران را مورد حمله قرار می‌دهد و نیز همکاری باکو با آمریکا و ناتو، موجب سردی روابط با جمهوری آذربایجان می‌شود.
گرچه برخی از موارد یاد شده به‌طور مستقیم به روابط دو کشور مربوط نمی‌شود ولی آنها را از یکدیگر دور کرده و اهداف استراتژیک دو کشور را با هم متفاوت می‌سازد. از طرفی جمهوری آذربایجان نیز در مسائلی چون اختلاف دو کشور در دریای خزر، مناسبات نزدیک ایران با ارمنستان (به‌عنوان نمونه مساله قره باغ) و... با ایران اختلاف دارد.
با این همه برخی اقدامات به‌ویژه از جانب ایران نشان‌دهنده تمایل ایران به بهبود روابط دو کشور است. اقدامات مثبت و نیز موانع موجود بر سر راه گسترش مناسبات تهران و باکو در ادامه بررسی می‌شود.
روابط ایران و جمهوری آذربایجان در سال 1388 روندی رو به جلو را تجربه کرد.
برخی اقدامات دو کشور برای گسترش مناسبات در این سال عبارتند از:
- دیدارهای مقامات دو کشور و رایزنی آنها برای بهبود روابط؛ از جمله سفر مقام‌های ایران به باکو در مهر ماه 1388، سفر المار محمد یاراف، وزیر امور خارجه جمهوری آذربایجان به تهران در آذر ماه 1388، سفر اکتای اسداف، رئیس مجلس جمهوری آذربایجان به ایران و دیدار با مقام‌های ایرانی.
- لغو یکجانبه ویزای سفر به ایران برای اتباع جمهوری آذربایجان از تاریخ دوازدهم بهمن ماه 88 و لغو الزام اخذ گواهی سلامت برای اتباع این کشور در سفر به ایران که با استقبال مردم این کشور مواجه شد و تاثیر مثبتی در ذهن مردم این کشور نسبت به ایران خواهد داشت. بر مبنای اعلام رسانه‌های جمهوری آذربایجان در نخستین روز اجرای این قانون میزان افراد عبوری به ایران از طریق مرز آستارا به دو برابر افزایش یافته و از 400 تن گذشت.
- انعقاد قرارداد دو جانبه جهت واردات روزانه 2میلیون متر مکعب گاز از جمهوری آذربایجان که ایران قصد دارد این میزان را تا 2 میلیارد متر مکعب در سال افزایش دهد.
در سال‌جاری نیز سفر وزیر کشور ایران به جمهوری آذربایجان می‌تواند نشان‌دهنده علاقه ایران به گسترش روابط با این کشور همسایه و درک این مطلب از جانب ایران باشد که حتی بدون وجود روابط استراتژیک هم ایران می‌تواند و باید جایگاه مناسب خود را در این کشور جست‌وجو کند.
روابط اقتصادی و فرهنگی گسترده با توجه به فرهنگ و مذهب مشترک دو کشور در این راستا بسیار مؤثر است.
در حال حاضر میزان مبادلات اقتصادی بین دو کشور حدود 500 میلیون دلار تخمین زده می‌شود که از این میزان، 350 میلیون دلار صادرات ایران به جمهوری آذربایجان و150 میلیون دلار واردات ایران از این کشور است.
همچنین بنا به گفته وزیر توسعه اقتصادی جمهوری آذربایجان شرکت‌های ایرانی تاکنون 120 میلیون دلار در بخش‌های اقتصادی جمهوری آذربایجان سرمایه‌گذاری کرده‌اند. درحالی‌که در جریان سفر وزیر کشور ایران به باکو به تلاش برای افزایش میزان مبادلات تجاری ایران و جمهوری آذربایجان تا سقف 10 میلیارد دلار در سال اشاره شد که این امر تلاش جدی دو کشور را می‌طلبد.
درخصوص همکاری‌های دو کشور همسایه برای تامین امنیت مرزها، تفاهمنامه همکاری در زمینه مبارزه با جرائم سازمان یافته، قاچاق کالا و مواد‌مخدر و همکاری‌های امنیتی و انتظامی با حضور وزرای کشور ایران و جمهوری آذربایجان به امضا رسید. در سطح منطقه‌ای نیز، پیشنهاد اخیر ایران برای میانجیگری در مسئله قره باغ و نیز تاکید بر تمامیت ارضی جمهوری آذربایجان می‌تواند زمینه ساز روابط بهتر دو کشور شده و برخی سوء‌تفاهم‌های موجود بین تهران و باکو را برطرف سازد.
موانع موجود بر سر راه توسعه روابط دو کشور
با وجود زمینه‌های فراوان همکاری ایران و جمهوری آذربایجان، موانعی نیز بر سر راه دو کشور وجود دارد. واقعیت این است که در منطقه‌ای چون قفقاز روابط کشورها بیش از آنکه بر مبنای منافع دو جانبه و علایق هر کشور شکل بگیرد، ناشی از مناسبات قدرت‌های بزرگ و منافع آنها در منطقه است. البته اگرچه روابط ایران و جمهوری آذربایجان نیز از این قاعده مستثنا نیست و تحت‌الشعاع مسائلی چون روابط آمریکا و ناتو با جمهوری آذربایجان، مسئله قره باغ، دریای خزر و نیز تحولات انرژی قرار دارد و اگرچه در مورد مسائل استراتژیک منطقه، دو کشور اختلاف نظرهای بسیاری دارند ولی به‌عنوان دو کشور همسایه ظرفیت‌های بسیاری برای توسعه روابط دارند که می‌تواند این اختلافات را نادیده بگیرد.
نکته منفی دیگری که در روابط تهران و باکو به چشم می‌خورد، این است که در برخی موارد عملکرد ایران برای تقویت روابط با جمهوری آذربایجان با پاسخ مناسب و واکنش مثبت از جانب این کشور روبه‌رو نشده است.
برای مثال اقدام ایران در بهمن ماه سال گذشته مبنی بر لغو یکجانبه ویزای سفر به ایران برای اتباع جمهوری آذربایجان، این توقع را در میان اتباع ایران ایجاد کرد که دولت جمهوری آذربایجان نیز با توجه به نزدیکی‌های فراوان فرهنگی و مذهبی دو کشور و حتی پیوندهای خویشاوندی موجود میان اتباع دو کشور، دست به اقدام متقابل بزند.
با این حال تاکنون باکو از این اقدام خودداری کرده است. این در حالی است که وزیران امور خارجه ایران و جمهوری آذربایجان در سال 1993 برای لغو روادید توافق کرده بودند.
تخریب مساجد شیعیان
به تازگی موضوع تخریب مساجد شیعیان در جمهوری آذربایجان نگرانی‌هایی را در روابط دو کشور ایجاد کرده است. اگرچه از نظر سیاسی این امر یک مسئله داخلی جمهوری آذربایجان محسوب می‌شود اما از آنجا که مردم دو کشور مذهب مشترکی دارند، این تخریب می‌تواند ناراحتی مردم شیعه ایران را در پی داشته باشد. حتی بدون درنظر گرفتن نگرانی ایران نیز می‌توان درک کرد که تخریب مساجد شیعیان برای کشوری که اکثریت مردم آن را پیروان این مذهب تشکیل می‌دهند، نتیجه مثبتی نخواهد داشت. به این ترتیب اگرچه ایران هیچ‌گاه در مسائل داخلی کشورهای منطقه و از جمله جمهوری آذربایجان دخالت نکرده اما اینگونه اقدامات جمهوری آذربایجان در ذهن دولت و مردم ایران بی‌اعتمادی بیشتر را سبب می‌شود.
در نهایت آنچه در بررسی مناسبات ایران و جمهوری آذربایجان مشهود است این است که بهبود روابط آنها، دقت و تلاش بیشتر تهران - باکو و نیز پرهیز از هرگونه اقدام شتابزده از سوی هر دو طرف را می‌طلبد. آنچه در این میان اهمیت دارد این است که روابط محکم‌تر تهران و باکو و تقویت پیوندهای دو کشور، می‌تواند منجر به تقویت جایگاه ایران در حوزه قفقاز شده و تاثیر منفی حضور آمریکا و رژیم صهیونیستی در این منطقه را کاهش دهد.