جریمه سنگین فیفا، نتیجه دخالت مستقیم سازمان تربیت بدنی در کار فدراسیون فوتبال بود.
به‌نظر می‌رسید که تعلیق و عواقبش، آنقدر سنگین بوده باشدکه دیگر مدیران ارشد ورزش را به فکر وارد شدن به حوزه اجرایی این ورزش پرطرفدار نیندازد. تغییر اساسنامه فدراسیون فوتبال هم امید به ریشه کن شدن این سنت اشتباه را بیشتر می‌کرد.
دخالت در فدراسیون فوتبال اما همچنان ادامه پیدا کرد و به‌نظر می‌رسد تصمیمات کفاشیان خیلی بیشتر از اسلافش وتو شده باشد. نخستین موردی که به ذهن می‌آید، ماجرای انتخاب علی دایی به‌عنوان سرمربی تیم ملی است؛ درحالی‌که فدراسیون یک روز قبل از آن وعده آن پست را به افشین قطبی داده بود.
عزل دایی هم حکایت مشابهی داشت و تناقض‌هایی که در گفته‌های اعضای هیأت رئیسه فدراسیون در این باره وجود دارد، بهترین دلیل برای اثبات آن است. حتی علی دایی هم گفت که درآمدن و رفتنش، فدراسیون هیچ نقشی نداشته است.
با انتصاب سعیدلو به‌عنوان رئیس سازمان ورزش به جای علی آبادی که متهم ردیف اول پرونده تعلیق بود، به‌نظر می‌رسید که دخالت این سازمان در تصمیمات فدراسیون به حداقل برسد ولی گذشت زمان عکس این را نشان داد.
داستان ابقای غلام پیروانی به‌عنوان سرمربی تیم ملی امید ثابت کرد که تغییر رویه کفاشیان که به انعطاف پذیری در مدیریت شهرت دارد هم برای بازگرداندن استقلال از دست رفته فدراسیون فوتبال کافی نبوده است.
کفاشیان به‌عنوان نفر اول این فدراسیون و کمیته المپیک به‌عنوان متولی اصلی تیم امید تنها با تمدید قرارداد پیروانی تا پایان بازی‌های آسیایی گوانجو موافق بودند.
بعد از استعفای پیروانی هم کفاشیان بر خلاف برخی اعضای هیأت رئیسه تمایلی به مذاکره دوباره نداشت و از جست و جوی فدراسیون برای پیدا کردن یک مربی بزرگ خارجی خبر داد ولی ورود ناگهانی سعیدلو به این داستان معادلات را بر هم زد.
او فدراسیون را نه تنها مجبور کرد با پیروانی تمدید قرارداد کند بلکه در قرارداد جدید، او تا پایان مرحله مقدماتی المپیک مسئول تیم است و حتی با ناکامی در گوانجو هم ماندنی خواهد شد.
اختلاف شمس، سرمربی تیم ملی فوتسال و فدراسیون هم آخرین موردی است که پای سعیدلو را به فوتبال باز کرده. شمس پس از قهرمانی تیم ملی فوتسال در آسیا، در اعتراض به فدراسیون از سمتش استعفا کرد و پادرمیانی برخی اعضای فدراسیون برای بازگرداندن او نتیجه‌ای نداشت.
اما حالا سعیدلو مدعی است که می‌خواهد طرفین را آشتی دهد، درحالی‌که می‌گوید دوست ندارد در اختلاف شمس و فدراسیون دخالت کند.ورود سازمان به حیطه وظایف فدراسیون در حالی تکرار می‌شود که این سازمان نتوانسته در مدیریت استقلال و پرسپولیس، 2 باشگاه پرطرفدار تهرانی موفق عمل کند.
پرسپولیس ماه‌هاست که بدون هیأت‌مدیره اداره می‌شود، استقلال هم به‌تازگی قدم در راه رقیب سنتی‌اش گذاشته و به‌نظر می‌رسد رقابت جدید آنها نه در راه قهرمانی که در حرکت پرشتاب به سوی بحران‌ها باشد.
سعیدلو: اختلاف شمس و فدراسیون قابل حل است
علی سعیدلو در ارتباط با اختلافات موجود میان شمس، سرمربی مستعفی تیم ملی فوتسال با فدراسیون فوتبال به خبرگزاری مهر گفت: سازمان تربیت بدنی درخصوص اختلافات، موضع‌گیری خاصی نداشته و دخالتی هم نمی‌کند.
با وجود این در تایید موضع قبلی‌اش مبنی بر مخالفت با استعفای شمس اضافه کرد: دوست ندارم کسی به خاطر اختلاف نظر عرصه ورزش را رها کند؛ اگر هم مخالف استعفای شمس بودم به همین دلیل بوده است.
البته درخصوص استعفای سرمربی تیم ملی فوتسال این فدراسیون فوتبال است که باید نظر دهد و من نمی‌توانم دخالتی داشته باشم؛ هرچند تلاش می‌کنیم اختلافات را حل کنیم.رئیس سازمان تربیت بدنی تاکید کرد: اگر احساس کنم با کوچک‌ترین گوشزد، اختلاف در فدراسیون فوتبال حل می‌شود این کار را انجام می‌دهم و با افراد مربوطه هم صحبت می‌کنم اما در مجموع در مورد فعالیت‌های فدراسیون فوتبال در اینگونه موارد دخالت نمی‌کنم.