البته پیش از آن وزیر آموزش و پرورش از قصد این وزارتخانه برای واگذاری آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای به وزارت علوم خبر داده بود و اینکه فقط وزارت علوم حق دارد مدرک دانشگاهی صادر کند.
اندکی پس از اظهار نظر وزیر آموزش و پرورش، وزیر کار و امور اجتماعی نیز با موافقت شورای‌عالی اداری و رئیس‌جمهوری از ادغام آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای، دانشگاه جامع علمی کاربردی و سازمان فنی و حرفه‌ای و تشکیل سازمان ملی مهارت خبر داد.
مجلس شورای اسلامی به‌دنبال اعلام تشکیل این سازمان طرحی دو فوریتی را تصویب کرد که براساس آن انتزاع آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای و دانشگاه جامع علمی کاربردی از وزارتخانه‌های آموزش و پرورش و علوم تا تصویب ساختار آموزشی کشور ممنوع است.
همچنین آموزش و پرورش موظف شد برای سال تحصیلی 90-89 نسبت به پذیرش دانشجوی روزانه و شبانه از بین داوطلبان آزمون در مقطع کاردانی و همچنین کارشناسی ناپیوسته حداقل برابر با ظرفیتی که در سال 89-88 پذیرفته شده‌اند برای آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای، مراکز تربیت معلم و دانشگاه شهید رجایی اقدام کند.
این مصوبه مجلس با وجود تأیید شورای نگهبان، با واکنش منفی رئیس‌جمهوری روبه‌رو شد و وی طی نامه به دبیر شورای نگهبان آن را مغایر قانون اساسی اعلام کرد، اما آیت‌الله احمد جنتی با نظر رئیس‌جمهوری مخالفت و اعلام کرد این مصوبه مجلس مغایرتی با قانون اساسی ندارد و لازم‌الاجراست.
اعلام ظرفیت پذیرش
پس از اعلام نظر مجدد شورای نگهبان در باره مصوبه مجلس، وزارت آموزش و پرورش
نیمه خرداد‌ماه اعلام کرد که حدود 35 هزار دانشجو را در سال 89 در آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای می‌پذیرد.
در فاصله زمانی اعلام ظرفیت و شروع ثبت‌نام، مصوبه دولت مبنی بر تشکیل سازمان ملی مهارت ابلاغ شد که براساس آن پذیرش دانشجو در آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای و دانشگاه جامع علمی کاربردی متوقف شد.
البته مسئولان سازمان سنجش بی‌اعتنا به این مصوبه بارها اعلام کردند که چون مصوبه به آنها ابلاغ نشده ثبت‌نام از داوطلبان انجام می‌شود و زمان برگزاری آزمون را 26 شهریور و شروع ترم تحصیلی پذیرفته‌شدگان را نیز با تاخیر از مهر‌ماه تعیین کردند امایک روز پیش از آغاز ثبت‌نام یکباره سازمان سنجش با صدور اطلاعیه‌ای از لغو ثبت نام این آزمون خبر داد.
ماده و تبصره، پاسخ آموزش و پرورش
رئیس سازمان سنجش که ظاهرا از این ماجرا به تنگ آمده در این باره به ایسنا می‌گوید: در گذشته وزارت آموزش و پرورش نامه‌ای مبنی بر پذیرش 35 هزار هنرجو در آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای ارسال کرده بود که پس از ابلاغ مصوبه شورای‌عالی اداری، سازمان سنجش نیز نامه‌ای برای این وزارتخانه ارسال کرد که وضعیت وزارت آموزش و پرورش در پذیرش یا عدم‌پذیرش هنرجویان را جویا شود.
محمد حسین سرورالدین با بیان اینکه سازمان سنجش به عنوان مجری از وزارت آموزش و پرورش استعلام کرد که آیا هنوز نیاز به هنرجو وجود دارد یا خیر؟ افزود: متأسفانه وزارت آموزش و پرورش مسئله را در هاله‌ای از ابهام قرار می‌دهد و به جای اعلام پاسخ صریح به سازمان سنجش اقدام به ارسال نامه به وزارت علوم می‌کند.
وی گفت: متأسفانه وزارت آموزش و پرورش برای پذیرش هنرجو جواب قطعی به ما نداده است. وی با تأکید بر اینکه الان هم برای ثبت نام آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای دیر نشده و فرصت باقی است، عنوان کرد: اگر آموزش وپرورش همین امروز جواب دهد ما نیز اعلام ثبت نام خواهیم کرد.
وزرا در راه مجلس
رئیس کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس شورای اسلامی نیز با انتقاد از توقف ثبت‌نام آزمون آموزشکده‌های فنی و حرفه‌ای، از دعوت وزرای علوم و آموزش و پرورش به نشست 20 تیر‌ماه کمیسیون آموزش خبر داد.به گفته علی عباسپور تهرانی‌فرد، در این نشست وزرای علوم و آموزش و پرورش به پرسش‌ها و ابهامات اعضای کمیسیون آموزش پاسخ خواهند داد.