براین مبنا نظرگاه موزه امام علی(ع) به هنرهایی است که در نگاه نخست ژرف‌اندیشانه مفهوم امر قدسی را به ذهن متبادر کند و سوی دیگر آن توجه به هنر معاصر هنرمندان موحد جهان است. صورت‌بندی موزه هنرهای دینی امام علی(ع) در مرکز ایران اسلامی با توجه به گوهر آفرینشگری (روح خداوند) در نهاد آدمی شکل گرفته است. موزه امام علی(ع) در سال79 با هدف معرفی آثار هنرهای تجسمی با گرایش دینی و گردآوری اطلاعات مربوط به آثار هنرهای دینی در ایران و جهان، انجام پژوهش مربوط به هنرهای دینی و آیینی، معرفی آثار هنری از طریق برگزاری نمایشگاه‌های مختلف و ارتباط با دیگر مراکز همسان تأسیس شد.
اساسنامه موزه امام‌علی(ع) همزمان با روز جهانی موزه، 25اردیبهشت 85 به تصویب سازمان فرهنگی هنری شهرداری رسید. مجتبی آقایی، مدیر هنرهای تجسمی و امور موزه‌ها با تعریفی از موزه‌های سنتی و مدرن می‌گوید در تعریف سنتی، موزه به مکانی اطلاق می‌شود که محل نگهداری اشیاء و گنجینه‌ها و آثار و اسناد معتبری از هنر، فرهنگ و تاریخ است مثل موزه ایران باستان. یا مراکزی که متعلق به اشخاص سرشناس بوده‌اند و تحت عنوان موزه‌خانه شناخته می‌شوند مثل خانه‌موزه دکتر حسابی، خانه‌موزه دکتر شریعتی، خانه‌موزه استاد مطهری و... . مأموریت ذاتی این خانه‌موزه‌ها حفظ میراث‌فرهنگی است و هم مراکزی برای ترویج افکار آن شخص هستند. آقایی در تعریف مدرن به موزه‌های محلی یا منطقه‌ای اشاره کرده و می‌گوید جایی که بیانگر و نمودار فرهنگ یک منطقه و یا یک محله خاص هستند و صرفا آثار و اشیای تاریخی همان منطقه را به نمایش می‌گذارند.
سطح نمایشی موزه امام‌علی(ع) 2500مترمربع را دربرمی‌گیرد و شامل 3بخش فوقانی، میانی و همکف می‌شود. بخش فوقانی مجموعه آثار مفاخر هنر معاصر را که به صورت دوره‌ای به معرض نمایش گذاشته شده، شامل می‌شود مثل آثار استادان امیرخانی، مرحوم دکتر جواد حمیدی، کرمعلی شیرازی، حسین خسروجردی و حمید عجمی. بخش میانی مجموعه آثار هنرهای دینی، نقاشی (سنتی، قهوه‌خانه‌ای و مدرن)، گرافیک، نگارگری، نقاشی‌خط، خوشنویسی و هنر چاپ را شامل می‌شود که آثار ارزنده اساتید پیشکسوت نقاشی قهوه‌خانه‌ای چون حسین قوللرآقاسی، محمد مدبر، عباس بلوکی‌فر، اسماعیل جلایر و حسن اسماعیل‌زاده در این بخش به نمایش گذاشته شده است. طبقه همکف اختصاص به نمایشگاه ادواری و مناسبتی، کتابخانه تخصصی، پژوهشکده سالن اجتماعات و واحد اداری موزه دارد.
نمایشگاه ادواری به برگزاری نمایشگاه‌های متعدد با هدف تجلیل و نکوداشت از پیشکسوتان هنرهای تجسمی می‌پردازد.
کتابخانه تخصصی موزه امام‌علی(ع) در فضایی زیبا به وسعت 100مترمربع است که شناخت و تأمین نیازها و انتشار اطلاعات مورد نیاز پژوهشگران و محققان، انتخاب، گردآوری و سازمان‌دهی گونه‌های مختلف از منابع چاپی و غیرچاپی با موضوعات هنرهای دینی، ترویج فرهنگ و هنر دینی از طریق امانت کتب و شبکه اطلاع‌رسانی را شامل می‌شود. همچنین پژوهشکده موزه با هدف انجام پژوهش و تحقیقات در زمینه هنرهای دینی و برگزاری نشست‌های تخصصی در راستای تحقق آرمان‌های دینی فعالیت می‌کند.
مدیر هنرهای تجسمی و امور موزه‌ها می‌گوید تردیدی نیست که از میان مؤلفه‌های گوناگون، هنر و آثار هنری باقیمانده از اقوام و تمدن‌ها یکی از منابعی به شمار می‌آید که براساس آن، فرهنگ و تمدن‌ها مورد پژوهش و قضاوت قرار می‌گیرد. از این رو است که آثار هنری به ویژه هنرهای تجسمی که جزو لاینفکی از زندگی روزمره هر جامعه‌ای را تشکیل می‌دهند، منابع متقنی در این خصوص تلقی می‌شوند و وجود موزه‌های بزرگ و اهمیت آثار آنها خود مؤید این مطلب است.
آقایی ادامه می‌دهد: چنین جایگاه و منزلتی در جهان امروز بیش از گذشته خودنمایی کرده و حیطه اثرگذاری‌اش در تمامی ارکان زندگی فردی و اجتماعی انسان‌ها گسترش یافته است. مجتبی آقایی با اشاره به نگاه برنامه‌محور و هدف‌مدار در حوزه هنر می‌گوید، گستره موضوعی و تأثیر و نفوذ رشته‌های حوزه هنرهای تجسمی در ارکان زندگی فردی و اجتماعی در کلانشهرهایی مانند تهران به گونه‌ای است که بایستی با نگاهی برنامه‌محور حرکت کرد، چرا که ماهیت سیال و چند‌وجهی هنر ایجاب می‌کند که به تناسب نیازهای روزآمد و نوشونده، سیاستگذاری‌ها و برنامه‌ریزی‌های تعریف‌شده به اجرا درآید.
وی در خصوص نگارخانه‌ها می‌گوید اساسا نگارخانه جایگاه رشد و تعالی هنر است که نقشی کلیدی در معرفی آثار تولیدکننده به مصرف‌کننده اثر هنری دارد و می‌تواند در 3 رکن تولید، توزیع و مصرف حوزه اقتصاد هنر، نقش حیاتی در عرصه توزیع آثار هنری برعهده بگیرد. مدیر هنرهای تجسمی و امور موزه‌ها معتقد است در کشور ما به دلیل اینکه چرخه اقتصاد هنر آنگونه که باید و شاید فعال نیست، در حوزه هنر نگارخانه‌ها تا به امروز بیشتر در حوزه ترویج هنر و ترویج آثار هنرمندان فعالیت می‌کردند، اما از این کارکرد نگارخانه‌ها که بگذریم به حوزه کارکرد اصلی آنها می‌رسیم که در آن اقتصاد هنر معنا و مفهوم پررنگ‌تری را به خود می‌گیرد و در این حوزه به جایگاه کلیدی نگارخانه‌ها پی می‌بریم.
نگارخانه‌ها در کنار جایگاهی که برای رشد و تعالی هنر به معنای اعم آن دارند، آثار تولیدکننده‌ها را به مصرف‌کنندگان آن معرفی می‌کنند. آقایی تأکید می‌کند: ما امیدواریم بتوانیم با رونق‌بخشی به حوزه‌هایی که این مأموریت را برعهده دارند به ویژه حوزه نگارخانه‌ها و با گسترش ارتباط با هنرمندان صاحب‌سبک، نگارخانه‌ها را ارتقا دهیم.
ما معتقدیم هنرمندان نه‌تنها پشتوانه‌ای هنری هستند بلکه پشتوانه‌‌های اقتصاد هنر کشور را تشکیل می‌دهند و می‌توانند از طریق ارتباط با مجامع داخلی و بین‌المللی، نگارخانه‌ها را از نگاه صرف ترویجی در حوزه محدود هنر به یک نگاه کلان و جایگاه جدی‌تر آن ارتقا بخشند. مجتبی آقایی می‌گوید در شهرداری تهران ما بزرگ‌ترین نگارخانه‌های رسمی را داریم که نمونه بارز آن نگارگذر مترو است که نمایش عمومی‌تری دارد لذا اگر هنر در شهر نهادینه شود و موضوعات و معضلات شهری از طریق نفوذ کلام هنر تجزیه و تحلیل شود، هم درک عمومی‌تری از هنر فراهم می‌آید و هم درک مدیریت از مضامین هنری افزایش پیدا می‌کند.
هر چقدر آثار هنری به بیان ساده‌تر باشد و از الگوهای غربی اثرپذیر نباشد مؤثرتر است. در طول تاریخ آثار هنری فاخری که در دوره‌هایی تولید شده است با حمایت دولت‌ها بوده و نه دخالت دولت‌ها. وی افزود اگر بتوان با هنرهای تجسمی در اطراف مردم شگفتی آفرید قطعا همین جلب نظر خواه‌ناخواه جامعه را با هنرهای تجسمی آشنا می‌کند و ما باید در معرفی هنرهای تجسمی به جامعه کارهای خلاقانه‌تری ارائه بدهیم و با این غنای فرهنگی که داریم بتوانیم آنها را به روز کنیم. مدیر هنرهای تجسمی و امور موزه، نقدی هم به حوزه فرهنگی هنری شهرداری تهران داشت و گفت یک سند بالادستی وجود ندارد که ما برنامه‌محور حرکت کنیم یعنی اینکه از کجا حرکت کنیم و به کجا برسیم. وی افزود: عمده گرفتاری و معضل این است که نگاه ما به مسائل کمی است و نه کیفی و اصولا یک مانیفست و یک سناریوی جدی در سازمان فرهنگی هنری وجود ندارد.