مسجد دو مناره در بافت قدیم شهر سقز، در محله میان قلعه و در دامنه تپه تاریخی نارین قلعه، قرار گرفته است.
این مسجد در محیطی آزاد ساخته شده و از هر 4 طرف باز است و در سال ۱۳۸۰ توسط سازمان میراث فرهنگی و گردشگری با شماره ۲۶۰۰ ، جزو آثار ملی به ثبت رسید.
بنای مسجد طبق روایات محلی، به زمان شیخ حسن مولان آباد، از عرفای حکیم و ریاضیدانان مشهور عصر افشاریه برمی‌گردد.
با توجه به کاشی‌کاری‌های این مسجد که بیشتر شبیه به اواخر افشاریه و اوایل زندیه است می‌توان مطمئن شد که بنا مربوط به دوره افشاریه است، ودر دوران‌های بعدی مرمت شده است.
مسجد دو مناره سقز پلانی تقریبا مربع شکل دارد. در ساخت این مسجد، از مصالحی مانند خشت خام، ملات گل، سنگ‌های لاشه، آجر و چوب استفاده شده است.
ورودی این مسجد در ضلع غربی قرار گرفته و ورودی، سر در آجری با بافت گره چینی آجر وکاشی زرد رنگ دارد. بعد از در ورودی یک دالان ارتباطی، حدود ۳ در 5/3 متر است، که از همین دالان با 9 پله می توان به پشت بام مسجد رسید.
شبستان مسجد دقیقا در ضلع شرقی این دالان قرار دارد که از طریق درگاه جدا گانه می‌توان به آن راه یافت. در ضلع جنوبی شبستان علاوه بر محراب، دو راه ارتباطی دیگر که دقیقا شکل محراب دارند، برای راه یافتن به ایوان جلوی مسجد تعبیه شده است.
قطر دیوارهای این مسجد حدود یک متر و هفتاد سانتی متر است که در ضلع جنوبی و داخل محراب، به وضوح می‌توان آن را مشاهده کرد.
در ضلع شرقی ایوان مقبره یکی از امامان جماعت مسجد به نام سید حکیم، قرار گرفته است.
حوض مسجد دارای گنبدی آجری با روزنه ای مدور می باشد و کف آن سنگفرش است. این مسجد و حوضخانه آن در سالهای اخیر به عنوان اثر ملی در فهرست آثار ملی کشور شناخته شده اند.
بالای مسجد، دو مناره رفیع و بلند قرار دارد و به همین دلیل به مسجد دو مناره شهرت دارد. در تزئینات مناره از کاشی‌ها و آجرکاری‌های معقلی استفاده شده است.