مرحله نخست احداث این خط‌آهن از چابهار به زاهدان بوده و از شهرهای ایرانشهر و نیک‌شهر عبور می‌کند. همچنین مرحله دوم این طرح از زاهدان به سمت بیرجند و مشهد است که در حال طراحی بوده و بعد اجرایی می‌شود. اجرای طرح راه‌آهن چابهار - زاهدان - مشهد که مناطق شرق کشور مانند استان‌های سیستان و بلوچستان و خراسان جنوبی، رضوی و شمالی را در بر می‌گیرد به قرارگاه خاتم‌الانبیا سپرده شده است.
این خط ریلی 3 قطعه چابهار - دومک با طول 570 کیلومتر، دومک - بیرجند با طول 470 کیلومتر و بیرجند - مشهد با طول 290 کیلومتر را شامل می‌شود. این خط ریلی به طول هزار و 330 کیلومتر طی مدت 5 سال به بهره‌برداری خواهد رسید و امسال نیز اعتباری حدود 23 هزارو 600 میلیارد تومان برای اجرای این طرح در نظر گرفته شده است.