این بقعه، خانقاه مهرپرستان بوده و نام مهران رود و اسطوره قربانی مهرپرستانه گاو در کنار نام بقعه صاحب‌الامر گواه صادقی بر این نظر می‌باشد.
بقعه یا مقام صاحب الامر یک گنبد و دو مناره بلند دارد. این بنا نخست مسجد سلطنتی شاه طهماسب صفوی بود. در سال 1045 قمری به وسیله سپاهیان سلطان مراد چهارم تخریب و پس از عقب نشینی عثمانیان دوباره آباد شد.
این بنا در زلزله شدید سال 1193 قمری، مجددا فرو ریخت و در سال 1208 به وسیله جعفر قلی خان دنبلی ملقب به باتمانقلیچ پسر احمد خان دوباره ساخته شد.
در سال 1266 قمری ، میرزا علی اکبر خان مترجم کنسولگری روس که مردی ثروتمند بود به آئینه بندی قسمتی از بقعه و دهلیز و تعمیرات آن اقدام کرد و صحن و مدرسه کنونی را احداث و موقوفاتی برای آنها تعیین نمود.
بلندی طاق مرمری مدخل دهلیز یا کفشکن که از بیرون نظر هر بیننده‌ای را به خود جلب می کند 5/3 متر است. این طاق از 3 قطعه سنگ ترکیب یافته است، 2 پایه و یک طاق بزرگ یکپارچه به عرض 220 و بلندی 175 سانتی متر.
بلندی پایه‌ها 175 و عرض آنها 32 سانتی متر است. سطح بیرونی طاق و پایه ها را گل و بوته و اسلیمی و ختائی برجسته دل انگیزی پوشانده است و فقط در بالای طاق، عبارت« بسم الله الرحمن الرحیم» در وسط ترنج بیضی شکل منکسری به خط ثلث نقر گردیده است.
سنگنبشته مرمرینی که در جانب شمالی این طاق روی دیوار نصب شده 40 سانتیمتر و بلندی 120 سانتیمتر عرض دارد.
بلندی طاق مرمری مدخل بقعه 3 متر و عرض آن 180 سانتیمتر است. این طاق نیز سه پارچه است، دو پایه و یک طاق، بلندی پایه ها 150 و عرض آنها 30 سانتیمتر است که قسمت اصلی طاق برروی آنها استوار شده. دیوارهای داخلی بقعه یا مسجد، تزئینات متعددی دارد همچون کتیبه‌های برنزی برجسته.
مسجدی نیز در شمال دهلیز بقعه واقع شده که به آن مسجد صاحب الامر یا مسجد شیخان یا مسجد ثقةالاسلام گویند.
مسجد صاحب‌الامر تبریز در سال‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی بین سال‌های ۷۳تا ۷۷در دست مرمت و استحکام بخشی بنا بود و در زمان حاضر از حیث ظاهر تکمیل شده و روزانه پذیرای بازدیدکنندگان از قرآن‌های تاریخی و دیگر آثار هنری عرضه شده در آن می‌باشد.
مجموع مساحت محوطه بنای تاریخی دو هزار و ۲۶۰متر مربع است و زیر بنای تبدیل شده به موزه در حدود دو هزار متر مربع است.
این بنای تاریخی که‌درفهرست بناهای تاریخی کشور به ثبت رسیده است دارای دو مناره بلند یا گلدسته در دو گوشه با فاصله نسبتا زیاد است و از این نظر نیز در بین مساجد کشور بنایی منحصر بفرد محسوب می‌شود.
ورودی این مسجد نیز دارای طاق مرمرین به ارتقاع ۳/۵متر با عرض ۱/۸۰ متر است. در داخل بنای مسجد صاحب‌الامر تبریز ده‌هاجلد قرآن، ادعیه و نقش برجسته‌های کلام وحی که در طول اعصار و قرن‌ها توسط هنرمندان آفریده شده‌اند، وجود دارد.