بنای خشت و گلی مسجد شبستان بزرگ، ایوان رفیع و گنبدی به وسعت ۶۴ متر مربع دارد که در ۵۰۰ سال گذشته 5 بار مرمت شده است.
قدیمی‌ترین اثر این مسجد زیرانداز - زیلویی - است متعلق به سال ۱۰۱۶ هجری قمری که در موزه مردم‌شناسی اردکان نگه‌داری می‌شود.
مسجد جامع اردکان با اینکه تزئینات و کاشیکاری ندارد، مزین به یک در ورودی با ارزش هنری است.
این درب به شکلی بسیار زیبا با صدها قطعه چوب پنج ضلعی ساخته شده است. روی دماغه در، 8 قطعه فلز به شکل مربع بوده که 4 قطعه آن باقی مانده است.
محراب مسجد با قطعه‌های کاشی، متعلق به اوایل دوره صفویه مزین شده است و در میان آنها سنگ مرمر نصب شده است.
مسجد جامع اردکان یادگاری از دوران تیموری است که در مجاورت خود بازار و حمام را جای داده است.
در بخش شرق، قسمت شبستان ساخته شده که با ستون‌هایی چهار ضلعی در 2 ردیف با 6 ستون، بنا را پا برجا نگه داشته است.
در حیاط مسجد یک چاه برای استفاد نماز گزاران از آب آن وجود داشته که به چاه صاحب‌الزمان معروف است. یکی از مهمترین قسمت‌های جانبی مسجد جامع اردکان درب ورودی است با کوبه‌هایی به شکل دو سر اژدها.
سبک معماری این مسجد آذری و از نشانه‌های آن گنبد خانه‌ای و یک ایوانه با رواق‌هایی در اضلاع شرقی و غربی که درب ورودی و اصلی بنا روبروی گنبد خانه باز می‌گردد.
این مسجد از گونه مساجد یک ایوانی دارای یک صحن است که گنبدخانه و ایوان و رواق‌های اطراف بخش تابستانه آن را تشکیل می‌دهد.
مسجد جامع اردکان در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسیده و تحت پوشش سازمان میراث فرهنگی قرار دارد.