به گزارش خبرگزاری فرانسه حدود 3900 مرغ در یک مرغداری در منطقه جنوب‌غربی میازاکی در هفته قبل مرده یافت شدند،
مقامات محلی را به معدوم کردن بقیه 8100 مرغ و سایر طیور به عنوان بخش از اقدامات برای محدودکردن این ویروس مرگبار کشاند.وزیر کشاورزی ژاپن در بیانیه‌ای اعلام کرد بررسی‌های انجام‌شده در موسسه ملی بهداشت حیوانات ثابت کرده است ویروس آنفلوانزای مرغی در میازاکا از نوع سویه H5N1 است
مقامات کشاورزی محلی روز دوشنبه 16 ژانویه (25 دی) دفن‌کردن همه 12000 پرنده مرده در این مرغداری را در حدود 900 کیلومتری جنوب‌غرب توکیو را آغاز کردند تا از گسترش بیماری جلوگیری کنند.
انها همچنین این مرغداری را تحت یک برنامه ضدعفونی سازی گسترده قرار داده و دستور داده‌اند که در 11 مرغداری دیگر در شعاع 10 کیلومتری این محل انتقال مرغ و تخم مرغ صورت نگیرد.
هنگ‌کنگ که خود در سال 1997 اولین شیوع عمده آنفلوآنزای مرغی را گزارش داد اعلام کرد که ورود همه محصولات ماکیان از ژاپن را ممنوع کرده است.
ژاپن برای اولین بار از سال 1925 به بعد در ژانویه سال 2004 از شیوع آنفلوآنزای مرغی خبر داده بود. در سال 2005 چندین بار شیوع سویه H5N1 در ژاپن گزارش شد.
در سال 2005 هم ویروس H5N2 در مرغداری‌های منطقه لباراکی در شمال‌شرق توکیو گزارش شده بود.
گرچه H5N2 سمیت کمتری نسبت به H5N1 دارد، دولت ژاپن همه 5.68 میلیون مرغ در این مزارع را معدوم کرد تا از جهش‌یافتن ژنتیکی آنها به سویه‌های قوی‌تر جلوگیری شود.به گفته دولت ژاپن درانویه سال 2006 بیش از 77 کارگر مرغداری با ویروس H5N2 آلوده شده بودند، اما علائمی از بیماری نشان ندانند.