خبرگزاری آلمان از مسکو گزارش داد، وی در سن 62 سالگی پس از عمل ریه در بیمارستانی در مسکو درگذشت
باگاپش از ژانویه 2005 در آبخازیا سمت ریاست جمهوری را در دست گرفت. وی پیش از آن از سال 1997 تا 1999 در سمت نخست وزیر فعالیت کرده بود.
در آن زمان هزاران گرجی تبار از آبخازیا اخراج و خانه‌های‌شان ویران شد. دولت گرجستان این اقدام را "پاکسازی نژادی" توصیف کرده بود.