چنان‌که از سیره ایشان هویداست، ایشان هیچ‌گاه بزرگان نجف را در نجف درک نکرده ا‌ند. اما اساتید ایشان کم از نجفیان نبوده‌اند بلکه نجفیانی بوده‌اند که رحل اقامت در ایران و به‌خصوص قم افکنده بوده‌اند. این امر را می‌توان به‌خوبی از تقریراتی که امام از درس اساتید خویش گرد آوری کرده‌اند، مشاهده کرد.امام خمینی(ره) از اساتیدی همچون حاج شیخ مؤسس، آیت‌الله‌العظمی حائری یزدی و آیت‌الله‌العظمی بروجردی که البته امام هنگام اجتهاد در درس ایشان حاضر می‌شد، فیض برده است، که خود دوره‌ای طولانی نجف را درک کرده بودند و به محضر بزرگانی چون آخوند خراسانی اصولی علی الاطلاق چند سال اخیر و آیات ثلاث، یعنی میرزا محمد حسین نائینی، آقا ضیاء عراقی و علامه محمد حسین اصفهانی، رسیده بودند و اینک در قم به افاضه مشغول بودند. امام البته خود آرای بسیار تأثیر‌گذاری در اصول مطرح کرد که ممکن نیست اصولیون بی‌تفاوت از کنار آن گذر کنند و متعرض آن نشوند.
این آرا را می‌توان در کتب اصولی و تقریراتی که شاگردان ایشان از دروس اصولی ایشان نگاشته‌اند، پیگیری کرد. نخستین اثری که ایشان در این علم پدید آورد، کتابی است با عنوان «انوار الهدایه فی التعلیقه علی الکفایه». امام در این کتاب بر مباحث عقلیه و اصول عملیه کفایه الاصول مرحوم آخوند خراسانی، حاشیه نگاشته‌اند. سال نگارش کتاب 1368 هجری قمری است. این کتاب 2 جلدی در سال 1372هجری شمسی از سوی مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام(ره) به چاپ رسیده است.
کتاب دوم اصولی امام که در شوال 1373هجری قمری به پایان رسیده است، «مناهج الوصول الی علم الاصول» نام دارد که همچون کتاب اول در 2 جلد سامان یافته است. جلد اول از تعریف علم اصول آغاز می‌شود و تا مقدمه واجب که یکی از غیرمستقلات عقلی است، ادامه می‌یابد. این کتاب با مقدمه مرحوم آیت‌الله العظمی محمد فاضل لنکرانی در سال1373هجری شمسی از سوی مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام(ره) به زیور طبع آراسته شد. امام در این کتاب نیز همچون کتاب قبل محور کار خویش را کفایه الاصول مرحوم آخوند خراسانی قرار داده است. این امر البته سبب نشده تا نظریات اصولی خویش را ابراز نکند و آخوند را از تیغ انتقادات اصولی خویش معاف دارد. کتاب سوم «الاستصحاب» نام دارد که پایان تالیف آن نهم رمضان سال 1370هجری قمری است.
این کتاب مستقلا درباره استصحاب که یکی از اصول عملی است، نگاشته شده است. مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام(ره) این اثر را در سال 1375هجری شمسی منتشر کرد. «التعادل و التراجیح» و «الاجتهاد» نام 2کتاب دیگر اصولی امام است که هر دو را در سال 1370هجری قمری نگاشته است. مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام(ره) اولی را در سال 1375 و دومی را در سال 1377 هجری شمسی منتشر ساخته است.«بدایع الدرر فی قاعده نفی الضرر»، یکی از معدود کتبی است که امام(ره) در قواعد فقه تنظیم کرده است. این کتاب در مورد قاعده لاضرر و لاضرار است؛ از این جهت نمی‌توان آن را جزو فقه استدلالی به شمار آورد. در عین حال به‌علت شباهت‌های فراوان می‌توان آن‌را در میان مسائل اصولی به بحث گذاشت.
امام این کتاب را در اول جمادی الاولی سال 1368هجری قمری به پایان رسانیده است. مؤسسه تنظیم و نشر در سال 1373هجری شمسی این اثر را منتشر ساخته است. «رساله فی الطلب و الاراده» یکی دیگر از آثار اصولی امام(ره) است. امام در این اثر به ارائه آرای بدیعی در این باب که بالذات مسئله‌ای کلامی است و به‌عنوان یکی از مبادی کلامی علم اصول مورد توجه فقها قرار گرفته، پرداخته است. امام(ره) این کتاب را در ماه رمضان سال1371هجری قمری در همدان به پایان برده است.
این رساله به وسیله آیت‌الله سید احمد فهری زنجانی از زبان عربی به فارسی برگردانیده شده است و توأمان با متن فارسی در سال 1362هجری شمسی به‌وسیله انتشارات علمی و فرهنگی منتشر شده است. مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام(ره) این کتاب را در سال 1379هجری شمسی تجدید چاپ کرده است. همچنین این کتاب توسط آیت‌الله محمد محمدی گیلانی شرح و تفسیر شده است که در ضمن کتاب اخیر، موجود است. چنان‌که پیش از این بیان شد امام(ره) اصول فقه را در محضر 2 تن از مراجع نجفی قم یعنی حاج شیخ مؤسس و آقا حسین بروجردی فراگرفته است. حاصل این جلسات را امام(ره) در 2کتاب مجزا نگاشته است. «کتاب الفواید» تقریرات درس اصول آیت‌الله العظمی حائری یزدی به‌شمار می‌رود. زمان نگارش دقیق این کتاب روشن نیست اما به‌نظر می‌رسد به سال‌های آغازین این قرن بازمی‌گردد.
کتاب «لمحات الاصول» نیز شامل تقریرات درس آیت‌الله العظمی بروجردی است. از آغاز اصول یعنی مبحث تعریف و موضوع علم اصول شروع می‌شود و تا مبحث قطع و ظن که مبحث اجزا آخرین بحث آن است، ادامه می‌یابد. مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام(ره) این اثر را در سال 1379هـجری شمسی به زیور طبع آراسته است. این تقریر را باید در کنار نهایه الاصول از دقیق‌ترین تقریرات درس اصولی آیت‌الله بروجردی به شمار آورد که ادامه تقریر بلاواسطه کفایه الاصول آخوند خراسانی به شمار می‌رود چراکه آیت‌الله بروجردی شاگرد بی‌واسطه آخوند خراسانی است و در مباحث خارج اصول خویش به کفایه چون حجر اساس می‌نگریسته است.
حضرت امام پس از رحلت آیت‌الله حائری در سال 1315هجری شمسی در دوران سرپرستی و زعامت مراجع ثلاث، حضرات آیات عظام، سید محمد تقی خوانساری، سید صدرالدین صدر و سید محمد حجت کوه کمره‌ای به‌عنوان یکی از مدرسین تراز اول حوزه قم مطرح بود و بسیاری از فضلا از دروس ایشان بهره می‌گرفتند. حاصل این افاضات را شاگردان بارز ایشان به‌صورت کتاب‌های مفصل به نگارش در آورده‌اند. مهم‌ترین این تقریرات را که حاصل دومین دوره درس اصولی امام(ره) از سال 1370 تا 1377هجری قمری (یک دوره هفت ساله) در حوزه علمیه قم است، باید «تهذیب الاصول» دانست.
این تقریر را که به تقریظ و تأیید امام(ره) نیز مزین شده است، آیت‌الله العظمی شیخ جعفر سبحانی، از شاگردان اصلی درس ایشان نگاشته است. جلد اول این کتاب به موضوع و مسائل علم اصول تا پایان بحث اوامر اختصاص دارد. جلد دوم، از مبحث نواهی تا مبحث ظن را در می‌گیرد و جلد سوم از مبحث برائت تا قاعده لاضرر و اجتهاد و تقلید است که به‌صورت کلاسیک پایان کفایه و پایان اصول به شمار می‌رود. البته نویسنده این تقریرات متعرض 2 بحث استصحاب و تعادل و تراجیح نشده است چرا که این دو بحث را امام(ره) به‌صورت مستقل در 2 کتاب مطرح کرده است. تقریر معتبر دیگری از دوره دوم درس امام موجود است که به قلم مرجع راحل آیت‌الله العظمی محمد فاضل لنکرانی نگاشته شده است. این کتاب که از آغاز اوامر تا پایان اجتهاد و تقلید را دربرمی‌گیرد در سال 1378هجری شمسی از سوی مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام(ره) روانه بازار شد. از تقریرات این دوره می‌توان به کتاب «تنقیح الاصول» اشاره کرد که توسط آیت‌الله شیخ حسین تقوی اشتهاردی نگارش یافته است. از دوره سوم تقریرات باید به کتاب «جواهر الاصول» آیت‌الله سید محمدحسن مرتضوی لنگرودی اشاره کرد که در سال 1376هجری شمسی از سوی مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام(ره) ارائه شده است.
این تقریر که یکی از مفصل‌ترین تقریرات موجود است، در 4جلد سامان یافته است. از دیگر تقریرات درس اصول امام که البته هنوز به چاپ نرسیده است می‌توان به تقریرات آیت‌الله‌حسین‌علی منتظری، آیت‌الله‌سیدمحمد‌علی علوی گرگانی، آیت‌الله محمد مؤمن، آیت‌الله شیخ محمد واعظ‌زاده، آیت‌الله‌حسین مظاهری، آیت‌الله محمد یزدی، آیت‌الله محمدعلی گرامی، آیت‌الله سیدجواد علم‌الهدی و آیت‌الله سید حسن طاهری خرم آبادی اشاره کرد. در مجموعه این آثار گرانسنگ، حضرت امام(ره) به ارائه آرای بسیار بدیعی پرداخته‌اند که در جایگاه خویش مناسب بررسی تفصیلی است. یکی از بدیع‌ترین این آرا اما، مربوط به رأی امام(ره) در باب حکم‌شناسی اصولی است؛ نظریه‌ای که از نگاه آیت‌الله‌مصطفی خمینی، فرزند فاضل امام، بارقه‌ای ملکوتی به شمار می‌رود که در فضای اندیشه والد معظم درخشیده و حّلال مشکلات بسیاری در علم اصول است.
از نظر ایشان اگر کسی حجاب عناد را برافکند و به دیده انصاف بنگرد، از پذیرش آن نمی‌تواند سر باز بزند! اهم مباحث حکم‌شناسی یا نظریه حکم را که امام در کتب تالیفی و تقریرات اصولی به‌صورت مبسوط بیان داشته اینگونه می‌توان بیان کرد: تعریف حکم شرعی و ماهیت آن، مبادی احکام شرعی، اقسام حکم، مراتب حکم، رابطه حکم با موضوع و متعلق موضوع، تضاد یا عدم‌تضاد احکام با هم، تفسیر اباحه شرعی، تفاوت حکم ظاهری با حکم واقعی، تفسیر اجتماع حکم ظاهری با حکم واقعی، قاعده اشتراک حکم میان عالم و جاهل و قاعده عدم‌خلو واقعه از حکم و درنهایت بحث خطابات شرعی و قانونی. به نحو خلاصه اینگونه می‌توان به نقل دیدگاه امام پرداخت: هر حکم کلی قانونی، خطابی واحد است و شامل همه مکلفین می‌شود و به لحاظ مخاطبین هیچ تعدد و تکثری نمی‌پذیرد. ما بالوجدان در خطابات خود می‌بینیم که اگر فردی گرفتار شود و از دیگران کمک بخواهد، همه مردم را به یک خطاب و کلی و غیرانحلالی می‌خواند و تک‌تک افراد را مخاطب قرار نمی‌دهد. خطابات شرعی نیز همانند اینگونه خطابات عرفی هستند.
اگر خطاب انشائی واحد انحلال یابد و تعداد مخاطبین خطاب انشائی موجود شود، باید همین انحلال در اخبار نیز جاری شود و جمله خبری نیز به تعداد افراد موضوع متعدد و منحل به خبرهای متعدد شود. چون ملاک انحلال یا عدم‌انحلال در انشا و اخبار واحد است؛ بنابراین اگر شارع ببیند که جمعی از مکلفان توان برانگیختگی را دارند، می‌تواند امر مولوی صادر کند، در غیراین صورت صدور امر مولوی مستهجن خواهد بود؛ درست مثل آن نیازمندی که درخواست کمک دارد، اگر او درک کند که کسی برای یاری او وجود ندارد یا اگر هم وجود دارد، او را کمک نمی‌کند، درخواست او لغو به شمار می‌رود.
در اینجا شرط کردن قدرت در تکلیف را که مشهور اصولیان امری مسلم گرفته‌اند، می‌توان مورد خدشه قرار داد زیرا تعلق خطاب به عاجز محال است. اما تعلق خاطر عام به عجز تحت عناوینی چون الناس و المؤمنین، محال نیست.سر مطلب آن است که اراده تشریعی در خطابات قانونی، اراده‌ای نیست که به امتثال مکلف و برانگیختگی او تعلق گرفته باشدو گرنه عصیان محال خواهد بود زیرا اراده شارع از مراد و بعث او از انبعاث جدایی‌ناپذیر است بلکه به‌صورت عام مطرح شده است. از این نظریه در تفسیر بسیاری از خطابات شرعیه می‌توان بهره گرفت.