آنها با تاسیس این تیم در لیگ دسته دو محلی شهر شیراز شروع به بازی کردند. پس از به شهادت رسیدن مجید سپاسی در جنگ تحمیلی به احترام وی، باشگاه نامش به شهید فجر سپاسی تغییر یافت.
در سال 1371 سپاه پاسداران این باشگاه را خرید و تحت اداره خود گرفت. 4 سال بعد این تیم توانست قهرمان استان فارس شود، و یک سال بعد فجر سپاسی به لیگ آزادگان راه پیدا کرد.
پرونده‌ها:
اولین مربی این تیم، خلیل صالحی بازیکن اسبق تیم برق بود. تیم سپاسی در اوایل فعالیت خود زیر سایه تیم های قدرتمند چون برق، کما و مرصاد بود بنابراین توانایی رقابت با این تیم‌ها را نداشت.
در این زمان تیم شهید سپاسی تحت حمایت فجر قرار گرفت و نامش به فجر سپاسی تغییر یافت. با حمایت‌های باشگاه فجر این تیم تقویت شد و توانست به مسابقات لیگ استانی راه یابد.
در سال 1374 قهرمان فارس شد و به مسابقات مناطق راه یافت. با مربی گری ابراهیم قاسم پور، فجر از مسابقات منطقه ای به لیگ دو رسید و آنجا هم به همراه شهرداری تبریز جواز صعود به دسته اول را کسب کرد و در 1367 با نام فجر سپاسی حضور خود را در لیگ یک جشن گرفتند.
علیرغم حضور کوتاه مدت در سطح اول فوتبال، آنها سه بار فینال جام حذفی را تجربه کرده اند، ضمن آنکه یک بار نماینده ایران در مسابقات آسیایی بوده اند.
این تیم دو بار نیز بهترین تیم شهرستانی لیگ بوده است. آنها در فصل 82-81 چهارم و در فصل های 83-82 و 84-83 در لیگ برتر یازدهم شدند.
فجر سپاسی را در ایران به نام متخصص جام حذفی می‌شناسند. چرا که این تیم در جام حذفی بسیار نتایج خوبی می‌گیرد و در سه دوره پیاپی به فینال جام حذفی راه یافته‌است.
فجر سپاسی همچنین موفق شد در سال 1380 قهرمان جام حذفی فوتبال ایران شود. این تیم در سال 1387 به تیم مقاومت سپاسی شیراز تغییر نام یافت و در سال 1388 به لیگ دسته اول سقوط کرد.
مقاومت سپاسی شیراز در سال 1390 با پیروزی بر تیم آلومینیوم هرمزگان طی 2 دیدار رفت و برگشت در بازی پلی آف لیگ دسته اول موفق شد بار دیگر جواز حضور در رقابت‌های لیگ برتر را کسب کند.
این تیم در پایان سیزدهمین دوره لیگ برتر به لیگ یک سقوط کرد.