سابقه تاریخی شهر مرند به چند قرن پیش از میلاد مسیح می‌رسد و در دوره‌های آشور و کلده اقوام بسیاری در این شهر سکونت داشته‌اند. بر اساس نوشته‌های تورات، مادر حضرت نوح(ع) در شهر مرند دفن شده و در روایتی احتمال دفن حضرت نوح نیز در این شهر آمده است.
مسجد جامع مرند یک بنای تاریخی و ارزشمند است که ماجراهای زیادی در دل خود دارد. در روزگار ساسانی آتشکده معروفی بوده که با سکونت ارامنه در این منطقه کلیسا شده و در قرن سوم هجری قمری با گرویدن مردم به دین اسلام آتشکده و کلیسا به مسجد تبدیل شده است.
احداث کلیسا در شهر مرند با توجه به فرار ترسایان و نسطوریان در قرن پنجم میلادی از ستم امپراتوری روم شرقی و کشیشان متعصب مسیحی به این منطقه، باورکردنی است.
بر بالای محراب بسیار زیبای مسجد سنگ‌نوشته‌ای با این کلمه‌ها قرار دارد: «السلطان الاعظم مالک الرقاب الامم ابوسعید خلدالله ملکه 731 ه.ق» عرض محراب 75/2 و ارتفاع آن 6 متر است که با آیات قرآنی به خط کوفی و گچ‌بری‌های بدیع زینت یافته است. میراث فرهنگی آذربایجان شرقی به مرمت و بازسازی مسجد جامع همت گمارده است.
گفتنی است اگر مسافران هنگامی به در مسجد برسند و مسجد بسته باشد، نگران نشوند. خانه کربلایی معصوم، خادم مسجد را همه می‌شناسند و این مرد دوست‌داشتنی در یک چشم به هم زدن خود را به مسجد می‌رساند.