حالا او دیگر در پرسپولیس نیست و اختلاف با حمید استیلی باعث شد تا مدیر فنی پرسپولیس تصمیم به کناره‌گیری بگیرد. حبیب کاشانی سرپرست موقت پرسپولیس هم بدون معطلی استعفای مایلی کهن را قبول کرد. او در این مورد می‌گوید: «مایلی کهن فداکاری کرد و برای اینکه حرکت تیم متوقف نشود و تضادی در کادر فنی به‌وجود نیاید، کنار کشید و این درس بزرگی برای آقای استیلی و ماست.» کاشانی برای دلجویی از مایلی کهن حتی کنایه‌ای هم به استیلی می‌زند: «متأسفانه در فوتبال ما هنوز جایگاه مدیریت فنی و فعالیت و تصمیم‌گیری بر مبنای خردجمعی آنطور که باید، جانیفتاده است.»
انتقاد از سومدیک و کماسی
جرقه نخستین اختلاف مایلی‌کهن با استیلی در مورد دستیار این مربی رقم خورد؛ چرا که مایلی‌کهن قصد داشت عباس چمنیان را به پرسپولیس بیاورد ولی استیلی روی مربیان آلمانی نظر داشت و در نهایت سومدیک را به تیمش آورد.مایلی کهن در این مورد می‌گوید: «در اکثر تمرینات حضور فیزیکی داشتم و در این مدت چیزی از سومدیک ندیدم که برتر از مربیان ایرانی باشد و شاید هم به‌مراتب از آنها ضعیف‌تر عمل می‌کرد.»
مایلی کهن در اقدام بعدی خود می‌خواست علی صالح نیا را به‌عنوان مربی بدنساز انتخاب کند ولی استیلی روی پرویز کماسی نظر داشت که البته او هم به پرسپولیس نیامد و در نهایت گمالوویچ روز جمعه مربی بدنساز این تیم شد. مایلی کهن در مورد بحث انتخاب مربی بدنساز هم حرف می‌زند: «کماسی در اردوی ترکیه حاضر نشد و در تمرینات حضور یک‌خط در میان داشت؛ گرچه ایشان گفته مایلی کهن را نمی‌شناسم ولی آقای کماسی را می‌شناسم و برایشان احترام قائلم. بنده از یک جوان با اخلاق و عالم که فوق لیسانس تربیت بدنی دارد خواستم به تیم کمک کند که به ایشان اجازه چنین کاری را ندادند.» مایلی کهن از عملکرد محمود خوردبین هم انتقاد می‌کند:
«به‌رغم احترامی که برای آقای خوردبین قائل هستم باید بگویم که پرسپولیس در زمینه سرپرستی مشکل دارد. سرپرستی کردن فقط امضای کارت تعویض بازیکن نیست بلکه یک سرپرست می‌بایست یک ساعت زودتر از بازیکنان در محل تمرین حاضر شود و یک ساعت دیرتر از آنها برود. متأسفانه آقای خوردبین آینده‌نگری ندارد.»
حمله به استیلی
مایلی کهن که دلیل استعفایش اختلاف نظر با استیلی است، عملکرد این مربی را به‌شدت مورد انتقاد قرار می‌دهد. این در حالی است که مایلی‌کهن هم نتایج ضعیفی در کارنامه مربیگری‌اش داشته که می‌توان به سقوط فولاد و پیکان به دسته دوم و ناکامی با تیم امیدایران اشاره کرد.در ضمن او سال گذشته هم با سایپا در آستانه سقوط قرار داشت. مایلی‌کهن در مورد استیلی می‌گوید:
«به‌رغم احترامی که برای استیلی قائلم معتقدم که در 4بازی اخیر حتی اگر پرسپولیس مربی هم نداشت 9امتیاز می‌گرفت! کار به جایی رسید که مقابل مس سرچشمه وقتی بازیکن ما گل تساوی را زد انگار در جام جهانی به تیم ملی برزیل گل زده بود و این تأسف‌بار است. نگاه بنده نسبت به استیلی چیز دیگری بود که اشتباه می‌کردم. حضورم در پرسپولیس نه تنها کمکی به این مجموعه نمی‌کند بلکه شاید به نوعی یکسری موانع بر سر راه به‌وجود آورده و بالطبع چون پرسپولیس را بیشتر از خودم دوست دارم، کنار می‌کشم. »
آقای X
مایلی‌کهن که در این سال‌ها با بسیاری از چهره‌های سرشناس فوتبال ایران دچار اختلاف شده است، از علی دایی هم انتقاد می‌کند. او اما اسمی از دایی نمی‌آورد و او را آقای X خطاب می‌کند. مایلی‌کهن می‌گوید: «کاشانی دل رئوفی دارد و وقتی که باید یک رابطه را قطع کند قادر به انجام این کار نیست. سال قبل آقای X پس از 5شکست پشت سر هم به‌صورت شفاهی استعفا کرد اما کاشانی آن استعفا را نپذیرفت و همین مسئله به ضرر خودش شد.
اگر پارسال با استعفای آقای X موافقت می‌شد امروز وضعیت پرسپولیس اینگونه نبود.» او ادامه می‌دهد: «همین آقا که در زمان مربیگری بگوویچ اتوبوس تیم را در جاده تهران - رشت نگه داشت و گفت باید همین الان پولم را بدهید، امروز می‌گوید من دست هوادار پرسپولیس را می‌بوسم. تماشاگران استقلال بسیار هوشمندانه عمل کردند؛ زیرا آنها خاطرات خوشی از آقای X دارند و نام ایشان آنها را یاد پیروزی رفت و برگشت در دربی می‌اندازد. آنها علاقه‌مند هستند ایشان به پرسپولیس برگردد و پیروزی‌هایشان در دربی تکرار شود.»