در روزهای اخیر به خصوص بعد از حمله به سفارت آمریکا، مقام‌های این کشور آژانس اطلاعات پاکستان را به ارتباط داشتن با گروه حقانی متهم کردند و به این کشور هشدار دادند.
از طرف دیگر دولت پاکستان، ارتش این کشور و دیگر افراد سیاسی پاکستانی نسبت به این مسئله واکنش نشان دادند و آن را رد کردند.
حتی فرماندهان ارشد ارتش پاکستان برای بررسی وضعیت امنیتی کشورشان جلسه اضطراری تشکیل دادند.
بعد از تمام این مسائل و تنش‌های لفظی بین آمریکا و پاکستان، اکنون طالبان در وب‌سایتش بیانیه‌ای منتشر کرده طبق آن آعلام کرده است تمام فعالیت‌های گروه حقانی به ابتکار آنها و از سوی این گروه انجام می‌شود و هیچ ارتباطی بین سازمان جاسوسی کشور پاکستان و گروه حقانی وجود ندارد.
آنها همچنین گفته‌اند تلاش برای مرتبط کردن رئیس این گروه، جلال‌الدین حقانی با دولت پاکستان چیزی نیست جز بدنام کردن یکی از شخصیت‌های مهم آنها.