کنفدراسیون فوتبال آسیا ابتدا اعلام کرد که فوتبال ایران در فصل آینده لیگ قهرمانان آسیا 3سهمیه قطعی و یک سهمیه غیر مستقیم دارد اما فردای همان روز کمیته اجرایی AFC تعداد سهمیه‌های ایران را به 2سهمیه قطعی و 2سهمیه غیر مستقیم تغییر داد، این در حالی بود که مسئولان فدراسیون دوست نداشتند این موضوع رسانه‌ای شود تا شاید پس از رایزنی با AFC دوباره 4 سهمیه مستقیم بگیرند. مسئولان AFC در مورد حل مشکلات سخت‌افزاری و مسائل دیگر بارها هشدار داده بودند ولی سهل‌انگاری فدراسیون و باشگاه‌ها در نهایت باعث کم شدن سهمیه ایران شد. به‌دنبال این موضوع فدراسیون فوتبال ایران در نامه‌ای مراتب اعتراض خود را اعلام کرد اما AFC در این مورد پاسخ فدراسیون ایران را داد و مشخص شد که اشتباهی صورت نگرفته است.
کابوس نرفتن به المپیک
ناکامی تیم امید ایران در راهیابی به المپیک لندن هم، شاهکار فدراسیون فوتبال را تکمیل کرد. تیم امید دیدار رفت مرحله پلی‌آف المپیک 2012 مقابل عراق را با پیروزی یک بر صفر در اربیل پشت سر گذاشت اما به‌دلیل استفاده از یک بازیکن غیرمجاز از سوی کنفدراسیون فوتبال آسیا 3بر صفر بازنده اعلام شد. در نمابری که در تاریخ نهم اسفند89 به فدراسیون ارسال شد، کنفدراسیون فوتبال آسیا اعلام کرد کمال کامیابی‌نیا برای دیدار مقابل عراق دو اخطاره است و حق بازی ندارد اما او در بازی رفت در اربیل به میدان رفت. 4ساعت پیش از بازی برگشت بود که بازیکنان متوجه شدند تمام دوندگی‌های آنها در بازی رفت بی‌نتیجه بوده و یک تعویض اشتباه، نتیجه را تغییر داده است.امیدهای عراق بازی برگشت را 2بر صفر بردند و در کنفرانس مطبوعاتی بعد از بازی اصل ماجرا از زبان منصوریان فاش و عمق فاجعه برای همه آشکار شد.
عراقی‌ها هنوز سرگرم پایکوبی بودند که داستان تازه‌ای آغاز شد؛ یک داستان همیشگی با این عنوان که مقصر چه کسی بود؟ در این میان هیچ‌کدام از مدیران فدراسیون فوتبال حرف نمی‌زدند و حتی تا پایان بازی هم در ورزشگاه نماندند تا در این افتضاح تاریخی، خود را شریک شکست نشان دهند. آنها چند روز بعد ناظر بازی را مقصر اصلی قلمداد کردند که حرفی از محرومیت کامیابی‌نیا نزده بود و روزهای بعد هم تعداد مقصرانی که تقصیر را به گردن دیگری می‌انداختند بیشتر می‌شد. اصغر حاجیلو و منصوریان سهل‌انگاری پرهیزکار، سرپرست سابق تیم امید را دلیل اصلی این اتفاق تلخ دانستندولی پرهیزکار در مصاحبه‌های مختلف خودش را بی‌تقصیر دانست. عباس ترابیان هم یکی دیگر از مقصران این فاجعه بود و نکته تعجب‌آور این بود که با هیچ‌یک از مقصران برخورد قاطعی صورت نگرفت.
حذف استقلال و جمله بهیادماندنی قلعه‌نویی
بهمن ماه 1385 بود که استقلال به‌عنوان قهرمان لیگ ایران، با تصمیم AFC از لیگ قهرمانان آسیا حذف شد. آن زمان صمد مرفاوی، سرمربی آبی‌ها بود، امیر قلعه‌نویی به‌عنوان رئیس سازمان فوتبال در این باشگاه فعالیت می‌کرد و مقداد نجف‌نژاد هم پست مدیرعاملی باشگاه را بر عهده داشت. پس از آنکه سایت کنفدراسیون فوتبال آسیا خبر کنارگذاشتن استقلال از رقابت‌های لیگ قهرمانان را به خاطر ارسال دیرتر از موعد مقرر مدارکش منتشر کرد، نجف‌نژاد اعلام کرد این اخبار شایعه است ولی یکباره همه چیز رنگ واقعیت گرفت.قلعه‌نویی آن روزها اعلام کرد که مدارک استقلال 21بهمن‌ماه، یک روز پیش از موعد تعیین شده AFC، ارسال شده ولی مدیرعامل استقلال گفته بود که باشگاه در آخرین روز یعنی 22بهمن مدارک را ارسال کرده است.در این میان ارسال مدارک با پست عادی هم یکی دیگر از اقدامات عجیب باشگاه بود؛ البته مسئولان فدراسیون فوتبال آن زمان در مصاحبه‌های خود عنوان کردند که باشگاه استقلال در تاریخ 26بهمن یعنی 4 روز بعد از پایان مهلت AFC، فهرست خود را ارسال کرده است. عباس ترابیان آن زمان مسئول ستاد لیگ قهرمانان در باشگاه استقلال بود. او می‌گوید: «یادم می‌آید از لندن با تهران و مسئولان باشگاه تماس گرفتم و اعلام کردم که باید اسامی ارسال شود ولی متأسفانه چند روز گذشته بود که استقلالی‌ها لیست را دادند». عضو ایرانی دفتر ارتباطات کنفدراسیون فوتبال آسیا هم با قلعه‌نویی تماس گرفته بود تا ارسال سریع اسامی را به او یادآور شود ولی او در جوابش گفته بود: «گرفتاری من زیاد است، با باشگاه تماس بگیرید». البته قلعه‌نویی آن زمان در یک مصاحبه تلویزیونی جمله‌ای بهیادماندنی در مورد احتمال حذف استقلال به زبان آورد: «نگران نیستیم، فوقش جریمه می‌دهیم». خیلی‌ها می‌گویند قلعه نویی به‌خاطر جذب یک مهاجم خارجی اجازه نداده بود فهرست استقلال زود به دست AFC برسد و به همین دلیل یکی از مقصران این پرونده لقب گرفت.
داستان یک اخطار
حذف سپاهان از رقابت‌های فصل گذشته لیگ قهرمانان آسیا یکی از اتفاقات تلخ تاریخ این باشگاه اصفهانی بود و فوتبال ایران هم بابت این اتفاق ضرر کرد تا سپاهان شانس قهرمانی آسیا را از دست بدهد. چهره اول در این ماجرا کسی نبود جز رحمان احمدی؛ دروازه‌بانی که پس از جدایی از پرسپولیس جایگزین سیدمهدی رحمتی در سپاهان شد. احمدی در مرحله گروهی رقابت‌های لیگ قهرمانان همراه با پرسپولیس در این بازی‌ها شرکت کرده بود. او بابت اخطاری که در آخرین بازی پرسپولیس در مرحله گروهی دریافت کرده بود محروم شد و در بازی بعدی حق همراهی تیمش را نداشت. اگر احمدی در پرسپولیس می‌ماند و این تیم از مرحله گروهی صعود می‌کرد مطمئنا خیلی راحت می‌دانست که نمی‌تواند تیمش را همراهی کند ولی جدایی از پرسپولیس و رفتن او به سپاهان همه چیز را یکباره تغییر داد. تیم اصفهانی در مرحله یک‌چهارم نهایی و در بازی رفت، میزبان السد قطر بود و احمدی به‌دلیل محرومیتی که در پرسپولیس دچار آن شده بود حق شرکت در بازی را نداشت.
در این میان مجید بصیرت، سرپرست سپاهان هم به‌عنوان یکی دیگر از مقصران اصلی این ماجرا شناخته شد ولی هیچ وقت حاضر نشد در این مورد اظهارنظر شفافی داشته باشد. نکته جالب اینجا بود که سپاهانی‌ها ناظر بازی را مقصر می‌دانستند که حرفی از محرومیت رحمان احمدی نزده بود. این دروازه‌بان مقابل السد درون دروازه قرار گرفت و سپاهان بازی را برد تا در آستانه صعود قرار بگیرد اما یک‌ساعت از پایان بازی نگذشته بود که یک خبر تلخ، اردوی زردپوشان را به هم ریخت و آن هم بازنده شدن سپاهان در این بازی بود.احمدی در توصیف این ماجرا به همشهری می‌گوید: «من خودم را جزو مقصران این اتفاق می‌دانم ولی هنوز برای من جای سؤال است که چگونه این خبر یک ساعت بعد از بازی به قطری‌ها رسید. من شک ندارم که این خبر توسط یک ایرانی به آنها داده شد چون قطری‌ها از هیچ چیز اطلاع نداشتند ولی من نمی‌دانم آن فرد چه کسی است».
احمدی در پاسخ به این سؤال که آیا یک بازیکن حرفه‌ای که در تورنمنتی مثل لیگ قهرمانان آسیا به میدان می‌رود، نباید نسبت به این مسائل آگاه باشد، خاطرنشان می‌کند: «این یک مورد خاص بود چون من در پرسپولیس محروم شدم و چند ماه بعد با پیراهن سپاهان در این بازی‌ها به میدان رفتم. نکته عجیب برای ما این بود که چرا در برگه ناظر بازی و داوری اسم من به‌عنوان بازیکن محروم ثبت نشده بود. من مدت‌ها بابت این اتفاقات ناراحت بودم ولی باید کم‌کاری مسئولان بازی‌ها و همچنین مسئولان سپاهان را هم در نظر بگیریم».
سپاهان با حکمAFC 3 بر صفر بازنده اعلام شد و در بازی برگشت باید با اختلاف 4 گل السد را می‌برد ولی این اتفاق نیفتاد. این اتفاق در شرایطی برای سپاهان تلخ‌تر شد که السد در نهایت قهرمان این مسابقات شد؛ تیمی که سپاهان در 2بازی رفت و برگشت آن را شکست داد ولی به خاطر سهل‌انگاری احمدی، بصیرت و مدیرانش، نتوانست به آنچه می‌خواهد برسد.
چاقو دسته‌‌اش را برید!
بعد از ناکامی تیم ملی در رقابت‌های جام‌جهانی 2006، فوتبال ایران روزهای بسیار بدی را پشت‌سر گذاشت. تیم برانکو ایوانکوویچ با قاطعیت به جام‌جهانی رفت و محمد علی‌آبادی، رئیس وقت سازمان تربیت‌بدنی، قبل از شروع جام‌جهانی از شکست دادن پرتغال و مکزیک حرف زد و توقع داشت ایران از مرحله گروهی صعود کند. بعد از آخرین بازی تیم ملی در آلمان رئیس سازمان تربیت‌بدنی بلافاصله محمد دادکان را از ریاست فدراسیون فوتبال برکنار کرد. این در حالی است که طبق قوانین و آیین‌نامه فیفا، کنار گذاشتن دادکان در حیطه اختیارات علی‌آبادی نبود.البته آن زمان، بندی در اساسنامه فدراسیون فوتبال وجود داشت که رئیس سازمان تربیت بدنی می‌توانست رئیس فدراسیون را برکنار کند و علی‌آبادی هم که اختلاف‌های شدیدی با دادکان داشت از فرصت استفاده کرد و او را کنار گذاشت. این اما پایان ماجرا نبود چرا که دادکان در اقدامی باورنکردنی بابت برکناری‌‌اش که خارج از چارچوب و قوانین فیفا بود، به فدراسیون جهانی فوتبال شکایت کرد. بعد از شکایت دادکان بود که فوتبال ایران با یک فاجعه بزرگ تعلیق شد و فیفا هشدار داد تا زمانی‌که اساسنامه فدراسیون فوتبال ایران تغییر نکند، تعلیق ادامه خواهد داشت. آن زمان داریوش مصطفوی، سرپرست موقت فدراسیون شد و تیم ملی هم در جام ملت‌های آسیا با مربیگری امیر قلعه‌نویی ناکام ماند. این شرایط بحرانی ثمره یک اختلاف داخلی میان علی‌آبادی و دادکان بود ولی سرانجام با تغییر اساسنامه، فوتبال ایران رفع تعلیق شد و انتخابات فدراسیون فوتبال هم به صورت قانونی انجام گرفت.