تغییرات بسیار در این تیم و جدایی بازیکنانی چون مهدی رحمتی، خسرو حیدری، هادی عقیلی و همچنین رفتن امیر قلعه‌نویی درظاهر سپاهان را به یک تیم معمولی تبدیل کرده بود. این تیم البته با بازگرداندن لوکا بوناچیچ به کادر فنی سعی کرد همان تیم قدرتمند گذشته را تشکیل دهد؛ به‌خصوص که مرد کروات یک بار با سپاهان نایب قهرمان آسیا شده و حضور دوباره او در این تیم نوید موفقیت دوباره این تیم را می‌داد.
سپاهان با شروع لیگ برتر بعد از 2تساوی، مقابل تیم‌هایی چون نفت آبادان و شهرداری تبریز به پیروزی رسید. اما با شکست مقابل نفت تهران و فجرسپاسی نشان داد که یک تیم متزلزل است و مدعی جدی برای قهرمانی لیگ یازدهم به حساب نمی‌آید. در ادامه اتفاقات بازی با السد قطر و حذف ناباورانه سپاهان از لیگ قهرمانان آسیا و البته اختلاف بوناچیچ با برخی بازیکنان نیز به مشکلات این تیم اضافه کرد. مهدی سیدصالحی در این باره می‌گوید: «به‌نظر من، با اتفاقاتی که در لیگ قهرمانان آسیا افتاد سپاهان به حاشیه رفت و این مهم‌ترین ضربه‌ای بود که به تیم زد. البته مدیریت جدید سپاهان خوشبختانه توانست حاشیه‌های تیم را جمع کند و کم‌کم شرایط خوبی پیدا کنیم».
با این حال، اختلاف بوناچیچ با برخی بازیکنان سبب جدایی مرد کروات از این تیم شد. بوناچیچ بعد از 9 هفته با 3 شکست و کسب 17امتیاز از سپاهان جدا شد. با این جدایی، کریم قنبری که به‌دلیل اختلاف با بوناچیچ از این تیم رفته بود، به‌عنوان سرمربی موقت به سپاهان بازگشت. او در 3 مسابقه 2پیروزی مقابل تراکتورسازی و ملوان و یک تساوی برابر راه‌آهن به دست آورد. این تیم البته در جام‌حذفی مقابل فولاد شکست خورد و مسئولان سپاهان زلاتکو کرانچار را به عنوان سر مربی برگزیدند.
کرانچار که زمانی سرمربی پرسپولیس بود، در نخستین حضورش روی نیمکت سپاهان مقابل پرسپولیس به تساوی دست‌یافت. سیدصالحی می‌گوید: «هر مربی‌ای که بالای سر تیم آمد، خوب کار کرد. به‌نظر من، هم بوناچیچ خوب بود و هم کرانچار. یعنی بچه‌ها جانانه کار کردند تا توانستیم با گرفتن نتایج خوب به رده دوم جدول صعود کنیم. ما چند تا بازی خوب نبودیم و امتیاز از دست دادیم ولی در حال حاضر وضعیت خوبی داریم».
جالب اینکه با آمدن سرمربی جدید، سپاهان هیچ‌گاه رنگ باخت به‌خود ندید و کرانچار در 5 مسابقه 3تساوی و 2 پیروزی به دست آورد تا این تیم در پایان نیم فصل نایب قهرمان شود. مهاجم سپاهان در این رابطه می‌گوید: «ما می‌توانیم امسال هم قهرمان شویم. چون سپاهان پتانسیل لازم را برای قهرمانی دارد. البته من فکر می‌کنم امسال هیچ تیمی از پیش قهرمان نیست. یعنی استقلال را نمی‌توانیم قهرمان قطعی لیگ یازدهم بدانیم». او اضافه می‌کند: «به غیراز استقلال و سپاهان، تیم‌هایی مثل تراکتورسازی، ذوب‌آهن، نفت تهران و صبای قم هم جز مدعیان قهرمانی هستند». سپاهان در پایان نیم فصل با 6امتیاز کمتر از استقلال در جایگاه دوم قرار گرفته و نفت تهران نیز با 30 امتیاز با سپاهان هم‌امتیاز است.