در این مسیر هم ترور و کشتار هدفمند، اصلی‌ترین ابزار این رژیم بوده‌است. ترور دانشمندان هسته‌ای کشورهای مسلمان یکی از سوابق شناخته‌شده در پرونده سیاه رژیم صهیونیستی است که البته کمتر مورد توجه قرار می‌گیرد. در عرصه کشتار دانشمندان کشورهای مسلمان، مأموران موساد کارنامه تیره‌ای دارند. در اواخر دهه 1950، مصر برنامه تولید موشک‌های بالستیک را با کمک دانشمندان آلمانی در پیش گرفت. در جولای 1962 جمال عبدالناصر 2 موشک جدید را در رژه نظامی به نمایش گذاشت و گفت این موشک‌ها می‌توانند اهدافی را در جنوب بیروت هدف قرار دهند. موساد به سرعت با اجرای عملیات رعب‌افکنی داموکلس به این نمایش قدرت مصر پاسخ داد.
2 ماه پس از این رژه، یک دانشمند آلمانی کشته شد و در ماه‌های بعد، خانواده‌های دانشمندان مورد تهدید قرار گرفتند. در ماه نوامبر همان سال چندین بمب پستی به نشانی تأسیسات موشک‌سازی مصر برای دانشمندان یادشده ارسال شد که یکی از آنها5 مصری را کشت. طولی نکشید که دانشمندان آلمانی مصر را ترک کردند و این برنامه متوقف شد. عراق از دیگر کشورهایی بود که ضرب شست موساد را چشید. در سال 1970، فرانسه قطعات رآکتور اوزیراک را به عراق فروخت. پیش از آنکه این قطعات به مقصد عراق حمل شود، انفجاری انبار محل نگهداری قطعات را ویران کرد. 6 ماه انتقال قطعات به تعویق افتاد تا آنها را تعمیر کنند.
سال بعد، یک دانشمند عراقی به نام یحیی المشاد برای آزمایش سوخت این رآکتور به فرانسه رفت. روزی که قرار بود وی به بغداد بازگردد، جنازه چاقو خورده‌اش در هتل محل اقامت او در پاریس کشف شد. چند هفته بعد، زنی که گمان می‌رفت آخرین نفری بود که با وی دیدار کرده بود، کشته شد. در خلال چند ماه بعد، 2 مهندس دیگر عراقی نیز مسموم و کشته شدند. یکی از آنان عبدل رسول نام داشت که از سال 1973 تا 1983 رئیس برنامه هسته‌ای عراق بود. وی در جریان سفر به فرانسه به هنگام صرف ناهار مسموم شد. گمان می‌رود تزیپی لیونی وزیر خارجه سابق رژیم صهیونیستی در قتل وی دست داشته باشد. با وجود اینکه در این موارد انگشت اتهام همواره به سوی موساد نشانه می‌رود، این سازمان هرگز دخالت خود را تأیید نمی‌کند. پاکستان و سوریه و حتی روسیه هم در سال‌های گذشته شاهد چند مورد مرگ مشکوک و به ظاهر تصادفی دانشمندان هسته‌ای خود بوده‌اند.
نام و نشان این دانشمندان به‌صورت علنی منتشر نشده و جزئیات مرگ آنها در اختیار رسانه‌ها قرار نگرفته‌است اما متهم اصلی همه این ترورها کسی نیست جز رژیم صهیونیستی. یکی دیگر از شگردهای موساد، رفتار به‌گونه‌ای است که دست داشتن دستگاه اطلاعاتی آمریکا به‌خصوص سیا را متبادر می‌کند. یعنی سرویس اطلاعاتی رژیم صهیونیستی در پوشش سرویس اطلاعاتی حامی قدرتمند خود سیا وارد عمل می‌شود تا از گزند پیگردها و محکومیت‌های بعد از انجام اقداماتش در امان بماند. نشریه آمریکایی فارین پالیسی روزجمعه افشا کرد موساد با گروه تروریستی جندالله وارد تعامل شده بود تا از آن جهت ضربه زدن به ایران استفاده و در عین حال سیا را درگیر این عملیات کند. به نوشته این نشریه، تحقیقاتی که درباره حمایت عملیاتی آمریکا از این گروه انجام شد، نشان داد مأموران موساد با داشتن گذرنامه‌های آمریکا و مقادیر قابل توجهی دلار جندالله را خریده بودند. به گفته برخی مقامات آمریکایی که این نشریه از آنان نقل قول می‌کند، موساد این عملیات را به‌طور آشکار انجام داده بود و هیچ اهمیتی به برداشت آمریکایی‌ها نداده بود. براساس اعترافاتی که نیروهای جندالله پس از بازداشت داشتند، آنان واقعاً گمان می‌کردند با نیروهای اطلاعاتی آمریکا مراوده داشته‌اند.