اقدامات اولیه برای پایه‌ریزی این نهاد ورزشی در سال ۱۹۲۰ انجام شد، اما در سال ۱۹۴۸ زمانی که مسابقات بازی‌های المپیک قرار بود در لندن برگزار شود و ایران برای اولین بار جهت شرکت در بازی‌های المپیک اعلام آمادگی کرد، پیش شرط حضور در این مسابقات داشتن فدراسیون‌های ورزشی مستقل بود.
بنابراین در سال ۱۳۲۵ اغلب فدراسیون‌ها و از جمله فدراسیون تشکیل شدند.
فدراسیون فوتبال که یکی از اعضای کنفدراسیون فوتبال آسیا است، نهاد اداره‌کننده فوتبال در ایران به حساب می‌آید.
همچنین ژانویه سال ۱۹۴۸ فدراسیون فوتبال ایران به عضویت فیفا درآمد. از سال ۱۳۲۵ تا ۱۳۹۰ در فدراسیون فوتبال ایران ۲۵ نفر در این فدراسیون ریاست کرده‌اند. از سال ۱۹۴۸ عضو فیفا و از سال ۱۹۵۴ عضو ای‌اف‌سی می‌باشد. فدراسیون فوتبال ایران همچنین عضو مؤسس فدراسیون فوتبال غرب آسیا در سال ۲۰۰۱ بوده‌است. نهادی که در سال ۲۰۱۴ از عضویت آن خارج شد و با اقدام به تأسیس فدراسیون فوتبال آسیای مرکزی به عضویت آن درآمد.
اتفاقات
در تاریخ ۲ آذر ۱۳۸۵ (فیفا)، فدراسیون ایران را از حضور در میدان‌های بین‌المللی محروم ساخت.
روز دوشنبه ۲۷ مرداد ۱۳۹۹ در پی شکایت سرمربی سابق تیم ملی فوتبال، فیفا، فدراسیون فوتبال جمهوری اسلامی را به پرداختن غرامت ۶ میلیون و ۱۳۷ یورویی به وی محکوم کرد.
در روز ۱۰ اسفند ۱۳۹۹، شهاب الدین عزیزی خادم به سمت ریاست این فدراسیون انتخاب و در تاریخ ۲۸ بهمن ۱۴۰۰ با رای اکثریت هیئت رئیسه عزل شد.
رئیسان فدراسیون
۱- علی کنی:۱۲ اسفند ۱۳۲۵ تا آبان ۱۳۲۹/ نایب قهرمانی تیم ملی فوتبال ایران در بازی‌های آسیایی ۱۹۵۱
۲- هدایت‌الله گیلانشاه: آبان ۱۳۲۹ تا آذر ۱۳۳۱
۳- محسن حداد: آذر ۱۳۳۱ تا آبان ۱۳۳۲
۴- حسین سیاسی: آبان ۱۳۳۲ تا بهمن ۱۳۳۳
(۳) محسن حداد: بهمن ۱۳۳۳ تا آبان ۱۳۳۴/ دومین‌بار
(۴) حسین سیاسی: آبان ۱۳۳۴ تا بهمن ۱۳۳۴/ دومین‌بار
(۱) علی کنی: بهمن ۱۳۳۴ مهر ۱۳۳۵/ دومین بار
۵- مصطفی سلیمی: مهر ۱۳۳۵ تا اردیبهشت ۱۳۳۶
۶- حسینعلی مبشر: مرداد ۱۳۳۶ تا شهریور ۱۳۳۷
۷- مصطفی مکری: شهریور ۱۳۳۷ تا مرداد ۱۳۳۹
۸- ذبیح‌الله خبیری: مرداد ۱۳۳۹ تا آبان ۱۳۴۰
۹- حسین سرودی: دی ۱۳۴۰ تا آبان ۱۳۴۱
(۶) حسینعلی مبشر: آبان ۱۳۴۱ تا ۱۳ دی ۱۳۴۵/ دومین‌بار صعود به المپیک تابستانی ۱۹۶۴ و نایب قهرمانی تیم ملی فوتبال ایران در بازی‌های آسیایی ۱۹۶۶
(۹) حسین سرودی: ۱۴ دی ۱۳۴۵ تا ۶ فروردین ۱۳۴۷/ دومین‌بار
(۷) مصطفی مکری: ۷ فروردین ۱۳۴۷ تا ۲ تیر ۱۳۵۱/ دومین‌بار/ قهرمان جام ملت‌های آسیا ۱۹۶۸ و جام ملت‌های آسیا ۱۹۷۲ و صعود به المپیک ۱۹۷۲
۱۰- کامبیز آتابای: ۳ تیر ۱۳۵۱ تا بهمن ۱۳۵۷/ رئیس کنفدراسیون فوتبال آسیا/ صعود به جام جهانی فوتبال ۱۹۷۸/ صعود به المپیک ۱۹۷۶/ قهرمان جام ملت‌های آسیا ۱۹۷۶و تأسیس جام تخت جمشید و قهرمان بازی‌های آسیایی ۱۹۷۴
۱۱- ناصر نوآموز: ۱۳۵۸ تا آبان ۱۳۵۹/ اولین رئیس فدراسیون پس از انقلاب/ صعود به المپیک ۱۹۸۰ اما تحریم آن/ مقام سوم در جام ملت‌های آسیا ۱۹۸۰
۱۲- هادی طاووسی: آبان ۱۳۵۹ تا مرداد ۱۳۶۰
۱۳- حسین آبشناسان: مرداد ۱۳۶۰ تا اسفند ۱۳۶۰
۱۴- حسین راغفر: اسفند ۱۳۶۰ تا شهریور ۱۳۶۱/ جوان‌ترین رئیس فدراسیون تمام ادوار تاریخ فوتبال ایران. در ۲۸ سالگی به ریاست فدراسیون رسید.
(۱۳) حسین آبشناسان: شهریور۱۳۶۱ تا اردیبهشت ۱۳۶۲/ دومین‌بار
۱۵- بهروز صحابه تبریزی: اردیبهشت ۱۳۶۲ تا مهر ۱۳۶۳
۱۶- نصرالله سجادی: مهر ۱۳۶۳ تا مهر ۱۳۶۵
۱۷- علی‌محمد مرتضوی: آبان ۱۳۶۵ تا آبان ۱۳۶۶
۱۸- محمدرضا پهلوان: آبان ۱۳۶۶ تا شهریور ۱۳۶۸/ مقام سوم در جام ملت‌های آسیا ۱۹۸۸
(۱۱) ناصر نوآموز: شهریور ۱۳۶۸ تا تیر ۱۳۷۲/ دومین‌بار/ قهرمان بازی‌های آسیایی ۱۹۹۰ و تأسیس لیگ آزادگان
۱۹- محمد صفی‌زاده: تیر ۱۳۷۲ تا خرداد ۱۳۷۳
۲۰- امیر عابدینی: خرداد ۱۳۷۳ تا آبان ۱۳۷۳
۲۱- داریوش مصطفوی: آبان ۱۳۷۳ تا دی ۱۳۷۶/ مقام سوم جام ملت‌های آسیا ۱۹۹۶ و صعود به جام جهانی فوتبال ۱۹۹۸
۲۲- محسن صفایی فراهانی: دی ۱۳۷۶ تا شهریور ۱۳۸۱/ قهرمان بازی‌های آسیایی ۱۹۹۸ و بازی‌های آسیایی ۲۰۰۲ و تأسیس لیگ برتر خلیج فارس و جایزه بازی‌های جوانمردانه ۱۹۹۸
۲۳- محمد دادکان: شهریور ۱۳۸۱ تا تیر ۱۳۸۵/ مقام سوم در جام ملت‌های آسیا ۲۰۰۴ و صعود به جام جهانی فوتبال ۲۰۰۶ و مقام سوم در بازی‌های آسیایی ۲۰۰۶
(۲۲) محسن صفایی فراهانی: تیر ۱۳۸۵ تا دی ۱۳۸۶/ دومین‌بار/ کمیته انتقالی به انتخاب فیفا
۲۴- علی کفاشیان: دی ۱۳۸۶ تا ۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۵/ صعود به جام جهانی فوتبال ۲۰۱۴/ بهترین فدراسیون فوتبال آسیا در سال‌های ۲۰۰۸ و ۲۰۱۲صعود تیم‌های ملی نوجوانان و جوانان مشترک به جام جهانی ۲۰۱۷
۲۵- مهدی تاج : ۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۵ ۸ دی ۱۳۹۸ صعود به جام جهانی فوتبال ۲۰۱۸/ ضرر ۶ میلیون یورویی حاصل از غرامت مارک ویلموتس
حیدر بهاروند (سرپرست) : ۲۰ دی ۱۳۹۸ تا ۱۰ اسفند ۱۳۹۹
۲۶- شهاب‌الدین عزیزی خادم: ۱۰ اسفند ۱۳۹۹ تا ۲۸ بهمن ۱۴۰۰/ صعود به جام جهانی فوتبال ۲۰۲۲/ عزل به دلیل بی کفایتی
میرشاد ماجدی (سرپرست) : ۲۸ بهمن ۱۴۰۰- مشغول به کار
*آخرین بروزرسانی ۳۰ بهمن ۱۴۰۰