جمهوری اسلامی هم از این قاعده مستثنی نبود و به ناگاه با کشورهای جدیدی در همسایگی خود مواجه شد که مملو از بحران‌های هویتی و قومیتی بودند و می‌توانستند مخاطراتی را برای کشور ایجاد کنند. از همان ابتدا ایران سعی کرد با جمهوری‌های تازه استقلال یافته از در دوستی درآید و روابطی نزدیک با این کشورها برقرار کند. خصوصا که حوزه آسیای میانه و قفقاز از مهم ترین مناطق جهان به حساب می‌آید و حضور در این منطقه برای هر کشوری مغتنم است. در این میان به‌رغم حسن نیت ایران، جمهوری آذربایجان از همان ابتدا بدون توجه به ملاحظات کشورهای همسایه به اقداماتی روی آورد که مغایر حسن همجواری بود. تحریک احساسات قومی در مناطق هم مرز با این کشور از جانب دولت مرکزی، یکی از این اقدامات بود. ضمن آنکه آذربایجان خیلی زود به پایگاه اصلی رژیم صهیونیستی در منطقه آسیای میانه و قفقاز تبدیل شد و دولت آذربایجان پای رژیم نامشروع صهیونیستی را به منطقه باز کرد.
البته روابط اسرائیل با آذربایجان بیش از آنچه دارای جنبه‌های آشکار باشد از جنبه‌های پنهانی برخوردار است. با این حال مناسبات در زمینه‌های مختلف استمرار دارد و دوطرف در زمینه‌های فرهنگی، سیاسی، اقتصادی، امنیتی و نظامی با شدت متفاوت به‌صورت‌های شفاف و نهان همکاری دارند و در پی کسب منافع خود هستند. همچنین دولت الهام علی‌اف به رژیم صهیونیستی اجازه داده است که از مرزهای مشترک آذربایجان با ایران برای جاسوسی از جمهوری اسلامی استفاده کند. افزون بر این، قراردادهای نظامی استراتژیک بسیاری بین رژیم صهیونیستی و جمهوری آذربایجان به امضا رسیده و در حال انجام است که حوزه‌های فناوری‌های پیشرفته مربوط به هواپیماهای بدون سرنشین را نیز شامل می‌شود. اما رژیم آذربایجان تنها به این دست اقدامات بسنده نکرده است.
دولت علی‌اف مرتبا به اقدامات شیعه‌ستیزانه در کشور دست می‌زند. همچنین تا حد ممکن با حجاب مبارزه می‌کند و به تخریب مساجد مبادرت می‌ورزد و در واقع سیاست‌های ایالات متحده و رژیم صهیونیستی را در کشور اجرایی می‌کند. افزون بر این آذربایجان به «پژاک»و «پ.ک.ک» که گروه‌هایی نژادپرست محسوب می‌شوند نیز پناه داده و اجازه می‌دهد ازخاک این کشور برای اقدام‌های تروریستی استفاده کنند. اما موضوعی که اخیرا طرح شده و واکنشی قاطع را می‌طلبد موضوع اسکان منافقین در آذربایجان است.
اقدام‌های جنایتکارانه منافقین علیه کردها، شیعیان و سنی‌ها باعث عزم یکپارچه و اتفاق‌نظر عراقی‌ها برای اخراج گروه نفاق از این کشور شده است. اما در شرایطی که هیچ کشوری حاضر نیست این گروهک را اسکان دهد ظاهرا آذربایجان با چراغ سبز آمریکا و رژیم صهیونیستی بر آن است که میزبان این گروهک باشد. هر چند که منافقین سال‌هاست در این کشور حضور دارند اما ظاهرا قرار بر آن است که اشرف به صورت کامل به آذربایجان منتقل شود. این اقدام احتمالی جمهوری آذربایجان را در منطقه به شدت منزوی کرده و در برابر همسایگانش قرار خواهد داد. بی‌تردید این سنخ رفتارها کاملا مغایر با موضوع امنیت ملی جمهوری اسلامی تلقی می‌شود و بر دستگاه دیپلماسی کشور فرض است که با استفاده از تمامی ابزارها برای ممانعت از تحقق این سناریو تلاش کند. هر چند که به‌نظر نمی‌رسد دیکتاتوری خاندان علی‌اف در آذربایجان هم دوام چندانی داشته باشد. حتی شاید اوضاع منطقه به سویی پیش رود که آذربایجان به جای منافقین میزبان بیداری اسلامی باشد؛ بیداری‌ای که سایه سنگین دیکتاتوری و اسلام‌ستیزی را از این کشور بر خواهد داشت.