در آن روزها به تبعات این تصمیم‌‌ها یا توجه نشد و یا اینکه اگر کسی متوجه عواقب امور بود، در آن دوره سیاست‌زده صدایش به جایی نرسید. حتی در یکی از آن موارد که مربوط به انحلال یا ادغام امور تربیتی با نام زیبای تلفیق برنامه‌های آموزشی و تربیتی بود، بعدها مقام معظم رهبری با تلخی از آن یاد کردند و هنوز هم که هنوز است آثار سوء و تبعات منفی آن تصمیم دامنگیر آموزش و پرورش است؛ مانند استخدام بدون آزمون نیروهای حق‌التدریسی و جذب و به کارگیری بدون آموزش آنها البته با فشار مجلس.
انحلال معاونت پرورشی و تأسیس معاونت بهداشت و تربیت بدنی، حذف تربیت معلم و ادغام تأمین و تربیت نیروی انسانی و آموزش‌های ضمن خدمت در معاونت پشتیبانی، تصویب تدوین سند ملی آموزش و پرورش و عدم‌رعایت موازین علمی در پیگیری آن و جابه‌جایی چند معاونت کلیدی وزارت آموزش و پرورش نیز از جمله چند تصمیم مهم و بدون مطالعه در 4سال وزارت مرتضی حاجی بود. امروز کسانی که ساختار و تشکیلات آن روز آموزش و پرورش را مطالعه می‌کنند، ملاحظه می‌کنند که چه هزینه‌های بیجایی تحمیل آموزش و پرورش شد و یا اینکه تغییر ناقص و ناتمام در کتاب‌های درسی به‌ویژه در کتاب‌های «بخوانیم و بنویسیم» چه هزینه هنگفتی را بر آموزش و پرورش به لحاظ روانی و روحی تحمیل کرد. شاید امروز بتوان این سؤال را مطرح کرد که اقدامات اخیر حمیدرضا حاجی‌بابایی شبیه اقدامات مرتضی حاجی نیست؟! مرتضی حاجی دست به استخدام نیروی انسانی زد با بهانه فشار مجلس، البته گاهی با کش و قوس. نیروی استخدام شده بدون رعایت ضوابط به کار گرفته شدند. حاجی بابایی نیز دست به استخدام نیروی انسانی زد با بهانه فشار مجلس و صد البته همراه با کش و قوس با مجلس. ایشان نیز نیروهای جدیدرا بدون رعایت ضوابط به کار گرفتند. البته با یک هوشیاری سیاسی و بهره‌مندی تبلیغاتی که خانواده شهدا عزیرند و کریمند هر کجا بخواهند مشغول کار شوند و آموزشیاران نهضت سوادآموزی نیز که مستأصل مانده‌اند می‌توانند استخدام شوند البته نه برای معلمی که برای کارهای خدماتی!
مرتضی حاجی دست به تغییر ساختار تشکیلاتی وزارتخانه زد، حاجی‌بابایی نیز همین کار را کرد البته نه در جهت کوچک‌سازی و ارتقای بهره‌وری بلکه برای ایجاد دیوان‌سالاری متناسب با سلیقه خود و در تنگنا قرار دادن برخی از افرادی که نمی‌پسندید. افزایش 4مرکز و ایجاد یک پست معاونت در ورزش و تربیت بدنی و یک پست قائم‌مقامی در امور استان‌ها و حذف و ادغام و تنزل رتبه سازمان استعدادهای درخشان به مرکز انجمن اولیا و مربیان، آموزش و پرورش استثنایی و نهضت سوادآموزی در استان‌ها و تغییر سه‌نوبت معاونت پرورشی،دو نوبت معاونت مشارکت‌های مردمی، تغییر معاونت اداری و مالی، سازمان استعدادهای درخشان، کانون پرورشی و سه‌نوبت سازمان استثنایی .
مرتضی حاجی معاونت پرورشی را با بهانه سیاست تلفیق و تعمیم فعالیت‌های پرورشی و آموزشی منحل و معاونتی به نام تربیت بدنی و سلامت ایجاد کرد. حاجی‌بابایی نیز همین کار را البته در 2گام عملیاتی کرد و با تنگ‌تر کردن حلقه فشار، معاون پرورشی را مجبور به ترک مسئولیت می‌کند. اما یک کار را مرتضی حاجی نتوانست بکند ولی حاجی‌بابایی انجام داده و آن اینکه مرتضی حاجی نتوانست از اهداف مصوب شورای عالی آموزش و پرورش، آموزش قرآن و تقویت آن را حذف کند اما حاجی‌بابایی توانست در مصوبه شورای عالی آموزش و پرورش به‌رغم شعار تأسیس مدارس قرآنی و تحول بنیادین و در ایجاد پایه ششم ابتدایی درصدد تکمیل، توسعه و تعمیق اهداف به جا مانده دوره ابتدایی هستند، تقویت و توسعه آموزش‌های قرآنی را حذف کند و 23هدف پیشنهادی کارشناسان را به 9هدف تقلیل دهد که هیچ‌وقت در آموزش و پرورش از آنها غفلت نشده بود.این‌بار بعد از گذشت چند سال انگشت ندامت بر دهان خواهیم گذاشت و بر امروز تأسف خواهیم خورد؟!