این بقعه که در جهرم، بخش خضر، روستای جزه قرار دارد، یکی از زیباترین آثار ملی جهرم به شمار می‌آید.
بنای اصلی بقعه شیخ خلیفه به طول 6 در 6 متر و دارای 4 شاه‌نشین در 4 جهت اصلی است. شاه‌نشین جنوبی یک محراب معرق‌کاری شده بسیار زیبا و نفیس داشته که در سال 1315 بقایای آن به موزه پارس در شیراز انتقال یافت.
این بقعه ساختمانى مرتفع و آجرى دارد که معمارى آن به سبک کاخ سروستان و قبر شیخ یوسف در سروستان است. سر در ورودی این بنا حدود 19 متر ارتفاع دارد و بر فراز آن گنبدی آجری ساخته شده که دارای تزئینات زیبایی است.
در ضلع جنوبى بنا ایوانى قرار داشته که پا ستون‌هاى آن همانند پا ستون‌هاى قبر شیخ یوسف در سروستان و ایوان خدای‌خانه مسجد جامع عتیق شیراز است. در این ایوان سنگ قبر قدیمى وجود دارد که با خط ثلث روى آن عباراتى نگاشته شده است.
در درون بقعه 6 سنگ قبر قرار دارد که به صورت موازى قرار گرفتهاند. یکى از این سنگ قبرها متعلق به شیخ زینالدین على‌خلیفه متوفى به سال 790 هجرى است که در زیر گنبد قرار دارد.
دومین سنگ قبر که در میان دو سنگ قبر دیگر قرار گرفته قبر حاجى خلیفه است که در دو ضلع شمالى و جنوبى آن دو بیت عربى نگاشته شده است و بر سطح بالایى آن، ابیاتى فارسى نوشته شده است.
سنگ قبر سوم که در ضلع شمالى دو سنگ دیگر قرار گرفته در درون خاک فرو رفته است و متعلق به شیخ شمسالدین محمد بن شیخ حاج تاجالدین خلیفه بن شیخ زینالدین على خلیفه است.
تاریخ وفات وى را با استناد به تاریخ کاشیکارى و معرق کارى که بر فراز قبر وى صورت گرفته، 854 ﻫجری قمری می‌دانند.
نوع بهره‌برداری از این بقعه، مذهبی بوده که فرم معماری و کاشی‌های موجود در بدنه بقعه نشانگر این موضوع است.
بقعه شیخ خلیفه در سال 81 توسط سازمان میراث فرهنگی و با شماره 6783 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید.