مهر نوشت: محمد جعفر بهداد معاون سیاسی دفتر رئیس جمهور در یادداشتی در روزنامه ایران آورده است: "محمد شریف ملک زاده از جمله افرادی بود که در مسیر اجرای پروژه برخورد با احمدی نژاد مورد برخورد قرار گرفت اما به رغم همه این تلاش‌ها افراد متقی و مستقل رسیدگی کننده به پرونده در مرحله قبل از دادگاه وی را بی گناه تشخیص دادند و بدین ترتیب منع تعقیب آقای ملک زاده صادر شد.
با این وصف ادعای برخی محافل رسانه‌ای مبنی بر عفو نامبرده فقط نشانه بی اطلاعی نسبت به مسائل حقوقی است زیرا عفو صرفا پس از محکومیت معنا پیدا می‌کند حال آنکه متهم این پرونده حکم محکومیتی نگرفته است و اصولا کیفرخواستی علیه او صادر نشده است."
عباس جعفری دولت آبادی دادستان تهران عصر یکشنبه در جمع خبرنگاران در مورد پرونده ملک زاده گفت: پرونده وی در آستانه ارسال به دادگاه و صدور کیفرخواست بود که براساس ارسال نامه و گزارش‌هایی برای مقام معظم رهبری وی مورد رأفت اسلامی و عفو مقام معظم رهبری قرار گرفت.