چندین خودروی بزرگ باربری اسناد و مدارک باستان‌شناسی و پژوهش‌های مردم شناسی و میراث فرهنگی ایران را به فارس منتقل کردند. همین چند هفته پیش به دستور رئیس جدید سازمان میراث فرهنگی بار دیگر پژوهشکده به تهران منتقل شد. کارشناسان اکنون نسبت به نابودی اسناد تاریخی باستان‌شناسی ایران اعم از نقشه مکان‌ها و تپه‌های باستانی و نتیجه کاوش‌های باستان‌شناسی هشدار دادند.
این اسناد براساس خبرهای رسیده به روزنامه همشهری به‌رغم بازگشت پژوهشکده میراث فرهنگی به تهران هنوز به پایتخت نیامده است. گزارش‌های تأیید نشده از برخی منابع حاکی است، کتابخانه سازمان میراث فرهنگی نیز که در آن شاهنامه‌های نفیس به قیمت میلیون‌ها تومان وجود داشت به فارس منتقل شد. گفته می‌شود پس از باز کردن جعبه این کتاب‌ها اثری از شاهنامه‌ها دیده نشده است. از سوی دیگر مسئول مرکز اسناد پژوهشکده در حال رایزنی برای تحویل اسناد و کتابخانه پژوهشکده میراث فرهنگی کشور به دانشگاه شیراز است.
در مخزن اسناد پژوهشکده همچنین قراردادها، گزارش حفاری‌های انجام شده یا در حال انجام، اطلاعات مربوط به خانه‌های قدیمی، نقشه‌های تپه‌های باستانی، آوانگاری‌ها و کتیبه‌ها موجود است که با گذشت بیشتر از یک هفته از بازگشت تمامی پژوهشکده میراث فرهنگی به تهران معلوم نیست که چرا از تحویل این اسناد به تهران خودداری می‌شود. گفتنی است در اسناد موجود برخی پژوهش‌ها به‌صورت تک‌نسخه‌ای وجود دارند که درصورت مفقود شدن دیگر نشانی از آن بخش از میراث فرهنگی کشور نخواهد بود.نگرانی کنونی این است که با توجه به مفقود شدن برخی نسخه‌های شاهنامه، اسناد پژوهش‌های باستان‌شناسی از میان برود.