آخرین اخبار حاکی از آن است که او امروز وارد تهران می‌شود و قرار است فردا برای نخستین بار در تمرین پرسپولیس حاضر شود. هر چند باشگاه پرسپولیس اعلام کرده که مبلغ قرارداد مانوئل و دو دستیار پرتغالی‌اش برای یک فصل یک میلیارد و 200 میلیون تومان است ولی این رقم واقعی نیست و گفته می‌شود حضور او و دستیارانش در ایران مبلغی حدود چهار میلیارد تومان برای پرسپولیس هزینه در بر خواهد داشت.
مانوئل سابقه مربیگری در تیم‌های ویتوریا گیمارس، اسپورتینگ لیسبون، براگا، بواویستا، بلننس و بنفیکا (همگی از پرتغال)، الاهلی مصر و تیم ملی آنگولا را دارد. او به‌عنوان یکی از موفق‌ترین مربیان باشگاهی در رقابت‌های لیگ قهرمانان آفریقاست. رکورد چهار بار قهرمانی در لیگ قهرمانان آفریقا و رساندن تیمش به پنج فینال پیاپی در این مسابقات از سال 2005تا 2008که در سه فینال آن قهرمان شد، ازجمله افتخارات مانوئل است.
او همچنین قهرمانی سوپر جام آفریقا را در سال‌های 2002، 2006و 2007در کارنامه دارد و نخستین مربی‌ای بود که یک تیم آفریقایی را در جام باشگاه‌های جهان در سال 2006به مدال رساند.الاهلی مصر آخرین تیمی است که او در آن فعالیت کرده است. مانوئل در اول فوریه 2012پس از حادثه ورزشگاه پورت سعید از الاهلی مصر اعلام کرد که رابطه خوب او با مردم مصر مانع کشته شدنش شده است. او پس از حوادث مصر، 47هزار یورو به باشگاه الاهلی پرداخت کرد تا به خانواده‌های قربانیان کمک کند. این مربی پرتغالی چند روز بعد در شانزدهم فوریه به مصر بازگشت و پس از پایان قراردادش به پرتغال برگشت و به‌دلیل ناآرامی‌های سیاسی حاضر نشد قراردادش را با این تیم تمدید کند.
از ژوزه به‌عنوان مرد موفق در دربی‌ها یاد می‌کنند و او را مرد دربی می‌دانند.مانوئل سیزدهمین مربی خارجی و سی و ششمین مربی تاریخ باشگاه پرسپولیس است. آلن راجرز انگلیسی که در بهمن‌ماه سال 1350به‌عنوان سرمربی پرسپولیس انتخاب شد، نخستین مربی خارجی تاریخ این باشگاه بوده و پس از او مربیانی همچون ایوان کنُوف، ولادیسلاو بگوویچ، یورگن گده، استانکو، ایوان مت کوویچ، وینکو بگوویچ، راینر سوبل، آری هان، مصطفی دنیزلی، نلو وینگادا و زلاتکو کرانچار در ادوار مختلف هدایت این تیم را برعهده گرفته‌اند.
علی پروین رئیس کمیته فنی باشگاه پرسپولیس که معمولا از هر مربی خارجی که وارد ایران می‌شود قول قهرمانی می‌گیرد، در خصوص توافق مانوئل با پرسپولیس می‌گوید: «کمیته فنی روی مانوئل ژوزه به‌دلیل سوابق و افتخارات کسب‌شده نظر مثبت داشت و مقرر شد درصورتی که باشگاه نتواند نظر موافق این مربی را جلب کند از گزینه‌های دیگر استفاده شود. خوشبختانه با تلاش‌های رویانیان این مربی با پرسپولیس به توافق رسید و امروز به ایران می‌آید.»
او تأکید می‌کند: «همیشه می‌گفتم باید مربیان درجه یک بیایند و ما از آنها چیزی یاد بگیریم نه اینکه به آنها یاد بدهیم. مانوئل سرانجام با رقم پیشنهادی باشگاه پرسپولیس موافقت کرد و به ما گفت نمی‌خواهد برای پول کار کند، در ضمن او گفت کارش را برای قهرمانی آغاز می‌کند.»
درخشان، گزینه داخلی
مانوئل در حالی به ایران می‌آید که قرار است دو دستیار هم با خودش بیاورد. با این حال گفته می‌شود باشگاه پرسپولیس درصدد انتخاب یک دستیار ایرانی برای مانوئل است و از حمید درخشان به‌عنوان یکی از گزینه‌ها نام برده می‌شود. درخشان در مورد شایعه حضورش در پرسپولیس به‌عنوان دستیار مانوئل ژوزه می‌گوید: «من هم این خبر را شنیده‌ام اما کسی از باشگاه بابت این موضوع با من تماسی نگرفته است. البته مشکلی برای کار کردن در کنار مانوئل ندارم.»
برخی می‌گویند او اگر انتخاب شود با این نیت می‌آید که درصورت برکناری مانوئل به‌عنوان سرمربی انتخاب شود ولی خودش می‌گوید: «من اهل زیرآب زنی نیستم و قبلا هم با استانکو در پرسپولیس کار کرده‌ام. این کارها در‌شأن من نیست.»در دو روز اخیر این بحث مطرح شده که نظر اعضای کمیته فنی گابریل کالدرون بوده نه مانوئل ولی درخشان در این خصوص می‌گوید: «اینطور نیست. از اول هم مانوئل و کالدرون دو گزینه‌ای بودند که مورد توجه کمیته فنی بوده و قرار بر این شد هر گزینه‌ای که به لحاظ مالی با باشگاه توافق کند انتخاب شود.»