در این نوشتار به سه جنگ امیرمومنان که با ناکثین، قاسطین و مارقین رخ داد اشاره می‌شود.
جزیره
جنگ صفین
این نبرد در سال 37هجری میان سپاهیان امام و معاویه که به خونخواهی عثمان برخاسته بودند، رخ داد. در این نبرد که ده‌ها هزار نفر از سپاهیان شامی و کوفی حضور داشتند، حدود 40روز نبرد واقع شد. ابتدا این نبرد با پیروزی کامل امام و تا چند قدمی نابودی کامل حکومت شام پیش رفت اما خدعه‌های معاویه و عمروعاص از یک سو و سست عنصری و خیانت سران برخی از قبایل در لشکر امام در این جنگ نهایتا به داستان حکمیت کشیده شد. برخی از بهترین صحابه حضرت مانند عمار یاسر و اویس قرنی در این نبرد به‌شهادت رسیدند.
امام در خطبه 182نیز اینچنین از یاران مخلص شهید خود در صفین یاد می‌کنند: آری! آن‌دسته از برادرانی که در جنگ صفّین خونشان ریخت، هیچ زیانی نکردهاند، گرچه امروز نیستند تا خوراکشان غم و غصّه و نوشیدنی آنها خونابه دل باشد. به خدا سوگند، آنها خدا را ملاقات کردند که پاداش آنها را داد و پس از دوران ترس، آنها را در سرای امن خود جایگزین فرمود. کجا هستند برادران من که بر راه حق رفتند و با حق درگذشتند؟ کجاست عمّار؟ و کجاست پسر تیهان؟ (مالک بن تیهان انصاری) و کجاست ذو الشّهادتین؟ (خزیمه بن ثابت که پیامبر شهادت او را دو‌شهادت دانست) و کجایند همانند آنان از برادرانشان که پیمان جانبازی بستند و سرهایشان را برای ستمگران فرستادند؟ (پس دست به ریش مبارک گرفتند و زمانی طولانی گریستند و فرمودند) دریغا! از برادرانم که قرآن را خواندند و براساس آن قضاوت کردند، در واجبات الهی اندیشه کرده و آنها را برپا داشتند، سنّتهای الهی را زنده و بدعتها را نابود کردند، دعوت جهاد را پذیرفته و به رهبر خود اطمینان داشته و از او پیروی کردند.
حلوان
جنگ نهروان
این جنگ در 9صفر سال 38هجری رخ داد و نتیجه‌اش شکست سنگین خوارج بود. ماجرا از این قرار بود که بعد از جریان حکمیت در جنگ صفین، امام، سپاهیان کوفه و مناطق دیگر حتی خوارج را به نخیله برای جنگ با شام فراخواند و با آماده‌شدن سپاه، خود به سمت شام برای نبرد دوباره با معاویه حرکت کردند.
در این میان گروهی از سپاهیان امام از اینکه تن به حکمیت داده بودند توبه کردند و از حضرت نیز خواستند که به‌خاطر پذیرفتن حکمیت توبه کند، اما امام با استدلال، حاضر به توبه نشدند و آن گروه با شعار «لاحکم الا‌الله» از سپاه امام جدا شدند و به حروراء رفتند. این گروه در شوال 37هجری عبدالله بن وهب را به رهبری برگزیدند و عازم مدائن شدند.
خوارج در راه با هرکسی که روبه‌رو می‌شدند از اعتقادش درباره علی(ع) می‌پرسیدند و هرکس امام را خلیفه مسلمین می‌دانست، می‌کشتند. یکی از فجایع ایشان در این زمینه کشتن عبدالله بن خباب ارت و همسر باردارش بود. حضرت که با باقیمانده سپاه عازم شام بود نددر شهر انبار از فجایع خوارج مطلع و از همانجا عازم نهروان شدند.
حضرت در خطبه 36 نهج البلاغه برای پرهیز دادن خوارج از نبرد در نهروان به آنها گفتند: شما را از آن میترسانم که کشته در کرانه این رود افتاده باشید و درپستی و بلندی‌های این مغاک افکنده؛ نه برهانی روشن از پروردگار داشته باشید و نه حجّتی آشکار، آواره خانه و دیار و به دام قضا گرفتار. شما را از کار حکمیّت بازداشتم و سر باز زدید. با من درافتادید و مخالفت ورزیدید چندان که رأی خود را در کار هوای شما کردم. شما ای سبکسران، ای بی‌خردان نادان، ای ناکسان! من نه بلایی برای شما آوردم و زیانی برایتان خواستم.
بصره
جنگ جمل
این نبرد که نخستین فتنه وسیع میان مسلمین نیز بود که امام با آن مواجه شد در دهم جمادی الآخر سال 36به سرکردگی طلحه و زبیر که پیش‌تر خود با حضرت بیعت کرده بودند و به بهانه خونخواهی عثمان انجام شد. چون عایشه سوار بر شتری سرخ موی به خونخواهی عثمان آمده بود، این نبرد به جنگ جمل در تاریخ شهرت پیدا کرده است.
جنگ جمل در بصره و در حقیقت میان امام و ناکثین درگرفت که به شکست و تار و مار ایشان انجامید.طلحه و زبیر در صحنه نبرد و بیرون از آن کشته شدند و حضرت، همسر پیامبر را با احترام توسط برادر عایشه که از اصحاب با وفای حضرت بود به مدینه رهسپار کرد.
شیخ مفید میگوید: وقتی امیرالمؤمنین علیه السّلام در میان کشته‌شدگان جنگ میگشتند فرمودند: «به سبب ما شرافت یافتید و شب تار شما سپیده زد و در تیرگی گمراهی هدایت شدید. کر باد گوشی که صدای بلند را نمیشنود و شگفت است از گوشی که با آوازی بلند ناشنوا شده ولی صدای کوتاه را میشنود. کور باد دلی که از اضطراب خالی نیست. همواره در انتظار عواقب خیانت شما بودم و حیله‌های فریفته‌شدگان را در شما میدیدم اما پوشش دین مرا از شما پوشانید و نیت پاکم شما را به من شناسانید. حق را همانگونه که میشناسید برای شما به‌پا داشتم اما شما در پی دلیل و حجتی بر نمیآیید و چاه میکنید و از آبش بهره نمیبرید. حیوانات سخنگویی برایتان سخن گفتند حال آنکه کسی که از من تخلف کند فهم و درکش زایل شده است. از وقتی که حق به من نمایانده شد در آن شک نکردم».
حضرت در خطبه 172نیز در ذکر اصحاب جمل فرمودند:«بیرون شدند و حرم رسول خدا(ص) را با خود این سو و آن سو کشاندند، چنان‌که کنیزکی را هنگام خرید کشانند. او را با خود به بصره بردند و زنان خویش را در خانه نشاندند. آن را که رسول خدا(ص) در خانه نگاه‌داشته بود و از آنان و جز آنان بازداشته، به این و آن نمایاندند؛ با لشکری که یک تن از آنان نبود که در طاعت من نباشد و به دلخواه، در گردنش بیعت من نباشد. پس بر فرمانگذار من در بصره و خزانهداران مسلمانان و مردمی جز آنان تاختند. بعضی را بازداشتند و کشتند و بعضی را به نیرنگ دستخوش کشتن ساختند. به خدا، اگر از مسلمانان جز یک تن را از روی عمد و بیآنکه او را جرمی باشد نکشته بودند، کشتن همه آن لشکر بر من روا بود، چه، حاضر بودند و انکار نکردند و به زبان و دست به دفاع برنخاستند تا چه رسد بدانکه آنان از مسلمانان کشتند، هم چند لشکریانی که بدان شهر در آمدند».
کوفه
کوفه
تازه 20سال از تاسیس این شهر می‌گذشت که حضرت در 12رجب سال 36 وارد این شهر شدند و آنجا را به‌عنوان مرکز حکومت خود برگزیدند. عثمان در 18ذی‌الحجه سال 35 به قتل رسید و در 25ذی الحجه سال 35 مردم با حضرت امیر بیعت کردند؛ بیعتی آنچنان که حضرت در خطبه 137نهج البلاغه می‌فرمایند: برای بیعت کردن، به سوی من روی آوردید، همانند مادران تازه زاییده که به طرف بچه‌های خود میشتابند و پیاپی فریاد کشیدید، بیعت! بیعت! من دستان خویش فروبستم اما شما به اصرار آن را گشودید. من از دست دراز کردن، سر باز زدم و شما دستم را کشیدید.
مسجد کوفه
سال 40هجری، سرانجام پس از تحمل 25سال رنج دوری از پیامبر(ص) و فاطمه زهرا(س)، حضرت در مسجد کوفه به ضرب شمشیر یکی از خوارج به نام ابن‌ملجم مرادی به شهادت رسیدند. محاسن سپید آن حضرت در حالی به خون سر ایشان آغشته شد که ایشان امام و خلیفه مسلمین بودند و باردیگر دستور به تجهیز سپاه در نخیله برای یکسره کردن کار حکومت شام داده بودند؛ شامی که بخشی از مصر و شبه‌جزیره را نیز به حکومت خود افزوده بود و به نوعی برای نخستین بار در سرزمین‌های اسلامی اشتقاق ایجاد کرده بود.
بارگاه حضرت امیر در یک نگاه
1- مرقد حضرت آدم(س)
2 - مرقد حضرت نوح (س)
3 - مناره شمالی مرقد
4 - مناره جنوبی مرقد
5 - قبر علامه حلی
6 - قبر مقدس اردبیلی
7 - محل قبلی تکیه بکتاشیه
8 - مزار شیخ‌مرتضی انصاری
9 - مزار ملامهدی و احمد نراقی
10 - مدرسه و مزار میرزای شیرازی
11 - قبر میرزا حسین نوری صاحب مستدرک
12 - قبر شیخ‌عباس قمی
13 - قبر علامه نائینی
14 - قبر سیدابوالحسن اصفهانی
15 - قبر شیخ‌محمدحسین کمپانی
16 - قبر آخوند خراسانی
17 - قبر سیدمحمد کاظم‌یزدی
18 - قبر سیدمصطفی خمینی
19 - قبر آیت‌الله سیدابوالقاسم خویی
20 - محل دفن عضدالدوله، اشرف‌الدوله و بهاءالدوله از سلاطین آل‌بویه
21 - محل دفن آغامحمدخان قاجار، ملک‌آرا، محمدحسن‌خان قاجار، حسینعلی میرزا