اصرار بروکسل مبنی بر داوطلبانه نشان دادن استعفای جان دالی به دلیل اتهامات او در خصوص اعمال نفوذ در تصویب مقررات مربوط به دخانیات در اتحادیه اروپا در حالی صورت می‌گیرد که او این موضوع را قبول ندارد و در این راستا بطور کتبی خواستار شفاف سازی ژوزه مانوئل باروسو رییس کمیسیون اروپا شده است.
اما گزارش یورونیوز از روند استعفاء از زبان سخنگوی کمیسیون اروپا: "رییس کمیسیون در راستای قدرتی که دارد مجاز است از کمیسرها بخواهد از مقامشان کناره گیری کنند. همانطور که در ابتدا هم گفتم آقای رییس سه شنبه گذشته گزینه استعفاء را به جان دالی پیشنهاد کرد و او هم با توجه به نتیجه گزارش به این نتیجه رسید که باید استعفاء دهد."
از تونیو بورگ قائم مقام نخست وزیر مالت بعنوان جایگزین احتمالی جان دالی نام برده می‌شود. اما تا قطعی شدن این مسئله کمیسر امور اداری اروپا موقتا مسئولیت‌های کمیسر بهداشت را نیز برعهده خواهد داشت.