متن نامه سرگشاده علی مطهری به محمود احمدی نژاد رئیس جمهور که خبرگزاری مهر آن را منتشر کرده به این شرح است:
جناب آقای دکتر احمدی نژاد
رئیس جمهور محترم
با اهدای سلام و آرزوی توفیق برای جنابعالی، به عرض می‌رساند بیانات حضرت عالی در "اجلاس جهانی اساتید مسلمان دانشگاه‌ها و بیداری اسلامی" مغایر اهداف و فلسفه برگزاری این اجلاس به نظر می‌رسید. مانند این بود که اجلاسی درباره صنعت ساختمان برگزار شود و در آن درباره علم پزشکی سخن گفته شود.
مقصود از بیداری اسلامی یک امر پیچیده‌ای نیست که نیاز به طرح مباحث انسان شناسی و عرفان و الهیات داشته باشد به طوری که "بیداری" را به معنی "بازگشت انسان‌ها به حقیقت انسانی خودشان" بگیریم و "اسلامی" را به معنی توصیف این بیداری به امور فطری مانند عدالت و آزادی و عشق و محبت معرفی کنیم و بگوییم "بیداری اسلامی دعوت به فطرت مشترک تمام انسان‌ها است تا عدالت، آرامش و عشق در دنیا حاکم شود". وجدان شما را گواه می‌گیرم و از شما می‌پرسم واقعاً بیداری اسلامی مورد نظر رهبر انقلاب و آنچه که در کلمات امام خمینی(ره) و شهید آیت‌الله مطهری آمده است همین چیزی است که شما می‌فرمایید، یعنی یک مفهوم عرفانی و اخلاقی است نه یک مفهوم اجتماعی و سیاسی؟ بعید است که جورج بوش و اوباما و نتانیاهو با چنین بیداری اسلامی مخالفت داشته باشند و آن را خطری برای خود تلقی کنند.
همه می‌دانیم که از حدود 400 سال پیش که پدیده استعمار رخ نمود که خود معلول رنسانس و پیشرفت صنعتی غرب بود کشورهای اسلامی در اثر غفلت رهبران خود به تدریج تحت سیطره استعمار غرب قرار گرفتند که اوج آن اضمحلال حکومت عثمانی و تاسیس کشورهای کوچک اسلامی بر خاورمیانه و تعبیه غده سرطانی اسرائیل در این منطقه بود. به دلیل وجود حکومت‌های دست نشانده و وابسته به غرب در این کشورها و عقب ماندگی علمی و صنعتی آنها و کوتاهی رهبران دینی و اجتماعی، ممالک اسلامی در چنگال استعمار سیاسی، اقتصادی و فرهنگی غرب گرفتار آمده‌اند.
سلسله جنبان نهضت‌های اسلامی سید جمال‌الدین اسدآبادی بود که مسلمانان را از خواب گران بیدار کرد و انقلاب اسلامی ایران به رهبری امام خمینی(ره) این حرکت را به یک نقطه روشن و موثری رساند به طوری که الهام بخش سایر ملل مسلمان گردید، تا آنکه حرکت‌های اسلامی تونس و مصر و غیره شرایط را به وضع امروز رسانده است که رهبر انقلاب نیز به خوبی از این فرصت استفاده کردند و روح تازه در آن دمیدند به طوری که امروز مردم منطقه این صدا را صدایی آشنا و همان صدای سید جمال و امام خمینی (ره) احساس می کنند.
جناب آقای رئیس جمهور
بنا بود جنابعالی در این اجلاس که اساتید دانشگاه از 70 کشور اسلامی در آن حضور داشتند در باره این موضع صحبت کنید نه درباره خود فراموشی انسان و بازگشت انسان به فطرت مشترک تمام انسان‌ها و مباحث عرفان نظری و عملی.
ما همیشه از جنابعالی صراحت و رک گویی دیده‌ایم. اگر واقعاً به بیداری اسلامی به معنی مذکور قائل نیستید به صراحت بیان کنید و این قدر به خود و دیگران زحمت ندهید و طبعاً بهتر است در این گونه اجلاس‌ها نیز شرکت نفرمایید تا مهمانان خارجی احساس دو گانگی در کلمات مقامات کشور نداشته باشند.
فرضاً بیداری اسلامی را به این معنا قبول نداشته باشید. یک اختلاف نظر فکری است و آسیبی به ولایتمداری جنابعالی نمی‌زند. البته ما می دانیم که این افکار حضرت عالی ناشی از تفکر آقای مشایی است. در هر حال مردم از شما انتظار دیگری دارند.
با تقدیم احترام
علی مطهری