تقریبا در همان ایام یک خبر ناگهانی در حوزه دیپلماسی از پاستور رسانه‌ای شده بود؛« محمود احمدی‌نژاد، حمید بقایی، اسفندیار رحیم‌مشایی، ابوالفضل ظهره‌وند و محمدمهدی آخوندزاده را با حفظ سمت‌هایشان، به‌عنوان نمایندگان ویژه خود در مسائل آسیا، خاورمیانه، افغانستان و امور دریای خزر منصوب کرد. »آش این انتصاب‌ها وقتی شور شد که حمید بقایی در سخنانی در همایش «ایران؛ پل پیروزی» گفت که امپراتوری عثمانی حدود 100سال قبل در سال1915 تعداد معینی از ارامنه را قتل‌عام کرده و در حال حاضر با وجود ازبین‌رفتن امپراتوری عثمانی، ارمنستان از ترکیه می‌خواهد که در این مورد به‌طور رسمی عذرخواهی کرده و غرامت پرداخت کند. انعکاس این اظهارنظر موجب ناراحتی برخی مسئولان ترکیه شد و آنان خواستار تغییر لحن مقامات ایران درباره موضوعات تنش‌آمیز بین کشورهای دیگر شدند.
این اظهارات اما علاوه بر توضیحاتی که سازمان میراث فرهنگی و گردشگری داد به یک مناقشه داخلی بین وزیر خارجه، دولت و نمایندگان ویژه رئیس‌جمهور منجر شد که نهایتا به خروج متکی از وزارت خارجه انجامید؛ بماند اینکه در این میان، ماجرای کشف کیف شاه مخلوع از صندوق‌عقب ماشین رولزرویس وی هم دستاویز طنزی شد تا ذهن‌ها از اظهارات بقایی درباره کشتار ارامنه توسط امپراتوری عثمانی منحرف شود. ماجرا هم از این قرار بود که اواسط شهریورماه علیرضا مقیمی، مدیر وقت مجموعه نیاوران به خبرگزاری‌ها گفت که صندوق‌عقب خودروی رولزرویس شاه مخلوع که در انبار مجموعه نگهداری می‌شد پس از گذشت بیش از 30سال از انقلاب اسلامی به‌تازگی باز شده است که یک کیف چرمی متعلق به محمدرضا پهلوی در آن وجود دارد. او درباره محتویات این کیف هم توضیح داده بود که بخشی از اسناد اداری و اسناد متعلق به جنگ جهانی دوم در کیف موجود است. نامهای از وزیر امورخارجه به شاه و پوشه متعلق به وزیر امورخارجه نیز بخشی از محتویات داخل کیف است. به گفته مدیر مجموعه تاریخی نیاوران، کیف چرمی قهوه‌ای شاه مخلوع در همان سال57 در جریان انقلاب شکوهمند ایران، در صندوق عقب خودروی رولزرویس شاه قرار گرفته است.
حدود یک‌سال بعد علیرضا مقیمی که به‌عنوان مدیرعامل منطقه آزاد ارس دستگیر شده بود در نخستین اظهارات خود پس از دستگیری گفت شایعه کشف اسناد از کیف شاه در کاخ نیاوران با طراحی حمید بقایی برای انحراف افکار عمومی از سخنان جنجالی وی درباره ترکیه صورت گرفت!
ماجرا به همین جا ختم نشد. بنا به‌اظهاراتی که بقایی ایراد کرده بود منوچهر متکی ترجیح داد که خودی نشان دهد و از حوزه اختیاراتش دفاع کند. او در واکنش به اظهارات حمید بقایی، رئیس سازمان میراث فرهنگی و گردشگری و نماینده ویژه رئیس‌جمهور در امور آسیا گفت که مشخص نیست آقای بقایی براساس کدام مسئولیت و از چه جایگاهی اینگونه سخنان نسنجیده را بیان می‌کند.
وزیر امورخارجه وقت ضمن فصل‌الخطاب دانستن نظر صریح مقام معظم رهبری در پرهیز از موازی‌کاری در سیاست خارجی اظهار داشت: تضعیف دستگاه دیپلماسی کشور به‌ویژه در شرایط کنونی آن هم توسط برخی از اعضای دولت مصداق بارز «بر شاخه نشستن و بن بریدن» است. متکی از مسئولین و مدیران به‌ویژه در قوه‌مجریه خواست هزینه کشور را در اداره روابط خارجی با ناپخته‌سخن‌گفتن در این عرصه بالا نبرند.
آن زمان مجلسی که چندی قبل‌تر به منوچهر متکی کارت زرد داده بود به حمایت از وزیر خارجه برآمد و به رئیس‌جمهور تذکر داد که از انتخاب نمایندگان ویژه در مناطق مختلف جهان پرهیز کند. 122نماینده مجلس شورای اسلامی در تذکری به رئیس‌جمهور، پرهیز از موازی‌کاری در سیاست خارجی و انتخاب نمایندگان ویژه رئیس‌جمهور در مناطق مختلف جهان را خلاف قانون اعلام کردند و خواستار تبعیت محض از توصیه‌های رهبر معظم انقلاب شدند. پس از این فراز و نشیب‌ها، محمود احمدی‌نژاد عنوان حکم «نمایندگان ویژه» خود را در دیپلماسی منطقه‌ای، به «مشاور ویژه» تغییر داد.اما باز ماجرا ادامه پیدا کرد. خیلی قبل‌تر یعنی از دولت نهم موازی‌کاری در وزارت خارجه دست منوچهر متکی را حتی در تغییر سفرا هم بسته بود؛ یعنی از همان وقتی که در سال 86 منوچهر متکی، وزیر خارجه، هیأتی را برای بازرسی از عملکرد شخص سفیر و نمایندگی ایران در ایتالیا به رم فرستاد. با این حال، سفیر ایران در ایتالیا در اقدامی بی‌سابقه نه‌تنها مانع بازرسی این هیأت شد که با واکنش‌هایی غیرقابل انتظار، این هیأت را به تهران بازگرداند.
در آن زمان یک منبع مطلع گفته بود که پس از این اقدام بی‌سابقه سفیر وقت ایران در ایتالیا، متکی از شخص مدیرکل بازرسی وزارت خارجه خواست به رم سفر کند و بازرسی‌های معمول وزارت خارجه از سفارتخانه را انجام دهد که حتی این امر نیز با اقدامات خاص و مخالفت سفیر مواجه شد. به گفته این منبع آگاه، در پی این مسائل، منوچهر متکی حکم پایان ماموریت سفیر ایران در ایتالیا را امضا کرد.
با این حال، سفیر وقت ایران در ایتالیا با این ادعا که منصوب رئیس‌جمهور است نه وزیر خارجه به دفتر رئیس‌جمهور متوسل شد تا آنجا که ظاهرا شخص رئیس‌جمهور به متکی گفت که سفیر در رم خواهد ماند. دولت، دلیل مخالفت خود را روابط نزدیک سفیر وقت ایران در ایتالیا با ریاست‌جمهوری این کشور اعلام کرده بود.
از همان زمان شایعات برکناری منوچهر متکی بنا به موازی‌کاری‌هایی که در دستگاه دیپلماسی وجود داشت بر سر زبان‌ها بود. پرونده شایعه‌ها درباره متکی در‌ماه آخر دولت نهم و درحالی‌که دولت با یک تغییر دیگر مجبور می‌شد تا همه کابینه را برای رأی اعتماد دوباره به مجلس ببرد، بسته شد و با وجود اینکه همچنان برخی اخبار تأییدنشده از مجموعه باغ‌ملی و ساختمان‌های وزارت امورخارجه به گوش می‌رسید، تا تابستان 89بسته ماند. تابستان 89 ماجرای نمایندگان ویژه بار دیگر شایعه استعفای متکی را بر سرزبان‌ها انداخت تا آنکه امتداد این شایعات در اواخر آذر89 به یک اتفاق غیرمنتظره و عجیب در دولت پیوند بخورد. منوچهر متکی که با عنوان وزیر امورخارجه به سنگال رفته بود همانجا خبر برکناری‌اش از دولت را شنید و در هیبت توریست به ایران برگشت.
مقامات دولتی در توجیه این اقدام گفتند که متکی پیش از سفر به سنگال از موضوع برکناری خود آگاه بود. نامهای که منوچهر متکی در این‌باره و در پاسخ به این اظهارات منتشر کرد و امضایی که پای این نامه انداخت یادآور نامهای بود که صفار هرندی در اواخر دولت نهم به دولت نوشت و خود را در جایگاه یک «عدد» معرفی کرد و گفت که تنها برای اینکه کابینه نیاز به رأی اعتماد نداشته باشد در جلسات دولت حضور پیدا خواهد کرد. متکی هم نامه خود را با امضای «بنده خدا» منتشر کرد و نحوه برکناری خود را غیراسلامی، خلاف عرف سیاسی و دیپلماتیک و توهین‌آمیز خواند و تأکید کرد که نه تنها وی از زمان تقریبی برکناری‌اش خبردار نبوده بلکه رئیس‌جمهور هم از سفرش به سنگال خبر داشته است. واکنش او به تمام موازی‌کارهایی که در دوران وزارتش صورت گرفته بود، در قالب چند کلمه پایانی نامه‌اش نمود پیدا می‌کرد که نوشته بود: «این بد‌اخلاقی‌ها را متوقف کنید زیرا نه زیبنده نظام اسلامی و سیره رهبران بزرگوار آن است و نه با شأن، فرهنگ و ادب ملت عزیز ایران همخوانی دارد».
نمایندگان ویژه رئیس‌جمهور دیگر درباره کشتار ارامنه توسط امپراتوری عثمانی صحبت نکردند اما پست معاون بین‌الملل رئیس‌جمهور که به علی سعیدلو سپرده شده بود، سفرهای گاه در سکوتی که اسفندیار رحیم مشایی به کشورهای منطقه انجام می‌داد و دیدارهایی که با سران کشورهای منطقه انجام می‌شد، ماجرای اینکه چه‌کسی بالاخره از محمدمرسی رئیس‌جمهور مصر برای حضور در ایران دعوت خواهد کرد و چه‌کسی به غیر از وزیر خارجه به مصر سفر خواهد کرد، جملگی می‌توانست در امتداد همان موازی‌کاری‌های دستگاه دیپلماسی تعریف شود. این بار اما علی‌اکبر صالحی جانشین متکی در دستگاه دیپلماسی با این موازی‌کاری‌ها خیلی مخالف نبود و کمترین انتقادی هم در این‌باره شنیده نمی‌شد.
این موازی‌کاری‌ها پای صالحی را هم به مجلس کشاند. در یکی از جلسات کمیسیون امنیت ملی احمد توکلی از صالحی پرسیده بود، که بنا برگزارش‌های موثق، مشایی در سمت معاون رئیس‌جمهور و رئیس سازمان میراث فرهنگی و نیز سمت رئیس دفتر رئیس‌جمهور محترم ده‌ها سفر خارجی داشته و بیش از آن ملاقات با مقامات خارجی (عمدتا در خارج از کشور) داشته است. تعداد این سفرها و ملاقات‌ها و موضوع هر یک چه بود؟ آیا ملاقات با خارجیان با حضور نماینده رسمی وزارت امورخارجه صورت گرفته است؟ اگر جواب برای همه موارد مثبت نیست وزارتخانه چگونه از سیر امور مربوط در جهت مصالح و سیاست‌های تأیید شده مطمئن می‌شده است؟ صالحی گفته بود در این مدت که من وزیر خارجه هستم سفرهای ایشان در قالب همراهی با ریاست محترم جمهور بوده است و سفری به تنهایی نداشتند اما در زمانی که معاون رئیس‌جمهور بود سفرهای متعددی داشت. صالحی گفته بود در زمان من هیچ‌گونه موازی‌کاری‌ای نشده است.