اوباما که به‌نظر می‌رسد با نزدیک‌شدن به روز تحلیف دومین دوره ریاست‌جمهوری خود در ۲۱ژانویه احساس قدرت بیشتری برای تصمیم‌گیری‌هایش می‌کند جان برنان،مشاور ارشد ضد‌تروریسم خود را برای ریاست سازمان اطلاعات مرکزی آمریکا(سیا) و چاک هگل رئیس تیم مشاوران اطلاعاتی‌اش را برای بر عهده‌گرفتن مسئولیت وزارت دفاع معرفی کرده است تا به قول بسیاری یک جنگ تمام‌عیار را با سناتورها کلید بزند. برنان و هگل هر دو از نظر سناتورهای آمریکا پرونده پر ابهامی دارند و به همین‌خاطر در سنای آمریکا باید پاسخگوی سؤالات مختلف باشند.
اوباما زمانی که در سال ۲۰۰۸ در انتخابات به پیروزی رسید هم قصد داشت که جان برنان را رئیس سیا کند اما در نهایت با گسترش انتقادها از این تصمیم به‌ویژه از سوی گروه‌های مدافع حقوق بشر به‌خاطر مشخص شدن حمایت برنان از شکنجه در بازجویی از مظنونان عملیات تروریستی، این مسئله منتفی شد. در آن زمان برنان که برای ریاست سیا معرفی شده بود با اوج گرفتن جنجال‌ها درباره حمایت صریح او از شکنجه به‌عنوان یک مقام ارشد سیا در زمان ریاست‌جمهوری جورج بوش در بیانیه‌ای اعلام کرد که از معرفی‌شدن برای این سمت انصراف داده است.
اوباما پس از اینکه نتوانست برنان را در پستی که مدنظرش بود منصوب کند، او را به سمت مشاور ارشد ضد‌تروریسم خود منصوب کرد؛پستی که اگر اثرگذاری بیشتری از ریاست سیا نداشته باشد کمتر از آن نیست. جان مک‌کین،سناتور جمهوریخواه و رقیب اوباما در انتخابات ۲۰۰۸ که خودش از طرفداران پر و پا قرص اقدام نظامی است اکنون اعلام کرده قصد دارد درخصوص نقش برنان در برنامه‌های موسوم به بازجویی خشن و همچنین دفاع علنی از این شیوه‌ها از وی سؤال کند. برنان ۵۷ساله در زمان حمله به شهر ابوت‌آباد پاکستان برای ترور بن لادن در کنار اوباما نشسته بود و گفته می‌شود در این عملیات او نقش مهمی بر عهده داشته است.
برنان که می‌خواهد جایگزین دیوید پترائوس شود، سابقه مفصلی در حمایت صریح از شکنجه مظنونان به‌دست داشتن در عملیات تروریستی حتی فراتر از شیوه‌هایی مانند غرق مصنوعی دارد و به همین‌خاطر گروه‌های مدافع حقوق بشر به‌شدت مخالف رسیدن او به ریاست سیا هستند. برنان ۵۷ساله، ۲۵سال سابقه فعالیت در سیا را دارد و با گسترش انتقادهای بین‌المللی از روش‌های خشن بازجویی و شکنجه متهمان توسط سیا در دوران ریاست‌جمهوری جورج بوش به‌صورت صریح از این اقدام‌حمایت کرد.
او این روش‌ها را عامل «نجات جان افراد بسیاری» دانست و اعلام کرد که حتی اگر این روش‌ها غیرقانونی باشد به‌کار‌بردن آن در مورد «تروریست‌ها» لازم بوده است. او همچنین از مدافعان انتقال متهمان عملیات تروریستی برای شکنجه به پایگاه‌های مخفی بوده است. شاید سابقه حمایت او برای شکنجه بیشتر به گذشته و دوران ریاست‌جمهوری جورج بوش بازگردد اما برنان را علاوه بر این پدرخوانده گسترش حملات هواپیماهای بدون سرنشین آمریکا می‌خوانند؛
حملاتی که گروه‌های حقوق بشر از آنها با عنوان «اعدام‌های بدون محاکمه» یاد می‌کنند. برنان نقش بسیار مهمی در گسترش حملات موشکی هواپیماهای بدون سرنشین در نقاط مختلف جهان در دوران ریاست‌جمهوری باراک اوباما در طول چهار سال گذشته داشته است. مردی که اوباما می‌خواهد به ریاست سازمان سیا برسد همان شخصی است که فهرستی موسوم به «لیست مرگ» را به اوباما ارائه می‌کرد تا با امضای رئیس‌جمهور آمریکا حملات هواپیماهای بدون سرنشین به نقاط مختلف ازجمله منطقه مرزی پاکستان،سومالی و یمن تأیید شود.
با گسترش انتقادها از این حملات، برنان در سال گذشته اعلام کرد که هیچ غیرنظامی‌ای در حملات هواپیماهای بدون سرنشین کشته نشده است؛ مسئله‌ای که خیلی زود با انتشار گزارشی از سوی «دفتر خبرنگاری تحقیقی» مشخص شد که کاملاً دروغ است. در این گزارش با ارائه اسناد و مدارک مختلف اعلام شد که در جریان حمله هواپیماهای بدون سرنشین آمریکایی به مناطق قبیله‌ای پاکستان طی سه سال گذشته صدها غیرنظامی جان خود را از دست داده‌اند. براساس این تحقیق، هواپیماهای بدون سرنشین آمریکایی همچنین عزاداران شرکت‌کننده در مراسم سوگواری را هم بارها مورد حمله قرار داده‌اند. اکنون مدافعان حقوق بشر اعتقاد دارند که این مرد ایرلندی تبار که در نیوجرسی بزرگ شده با وجود دروغگویی و افراط‌گری‌هایش با رسیدن به ریاست سیا جایزه می‌گیرد.
مخالفت با گزینه وزارت دفاع
چاک هگل هم که برای رسیدن به وزارت دفاع آمریکا باید تأیید سنا را بگیرد مسیر راحتی پیش رو ندارد. انتخاب هگل ۶۶ ساله به‌شدت مورد انتقاد لابی رژیم صهیونیستی است و جمهوریخواهان تندرو و جنگ‌طلب او را به «نرمی در مقابل ایران» متهم می‌کنند. این سناتور سابق ایالت نبراسکا در زمان حضور در سنا به لوایحی رأی داده که براساس آنها، میلیاردها دلار کمک نظامی به اسرائیل تعلق گرفته و از اعمال تحریم‌های چند جانبه علیه ایران حمایت کرده است؛
با وجود این، جمهوریخواهان او را آنطور که باید و شاید حامی اسرائیل نمی‌دانند. در کتاب یک مقام سابق وزارت خارجه آمریکا که در سال ۲۰۰۸ منتشر شد از قول چاک هگل در زمان حضورش در سنا آمده است: لابی اسرائیل بسیاری را در اینجا (کنگره آمریکا) مرعوب کرده است. من یک سناتور آمریکا هستم نه یک سناتور اسرائیل. او در گذشته به‌خاطر مخالفتش با اقدام نظامی آمریکا یا اسرائیل علیه ایران جنجال آفرین شده و همچنین مدافع مشارکت ایران در مذاکرات صلح در افغانستان است. لیندسی گراهام، سناتور ارشد جمهوریخواه به تازگی در یک گفت‌وگوی تلویزیونی گفت: این انتخاب یک چالش صریح از سوی رئیس‌جمهور نسبت به همه ما که حامی اسرائیل هستیم به‌حساب می‌آید.
امکان ریاست‌جمهوری اوباما برای سومین دوره
در میان جنجال‌ها درباره کابینه جدید اوباما یکی از نمایندگان کنگره آمریکا طرحی را ارائه داده که درصورت تصویب محدودیت دوره‌های متوالی ریاست‌جمهوری به دو دوره برداشته می‌شود و باراک اوباما می‌تواند در سال ۲۰۱۶ برای باقی ماندن در کاخ سفید رقابت کند. خوزه سرانو،نماینده دمکرات نیویورک این طرح را ارائه کرده و ممکن است پس از سال‌ها در آمریکا یک نفر سه دوره متوالی رئیس‌جمهور این کشور باقی‌بماند. فرانکلین روزولت آخرین رئیس‌جمهور آمریکا به‌حساب می‌آید که سه دوره ریاست‌جمهوری کرد و ۸۳ روز پس از شروع چهارمین دوره ریاست‌جمهوری خود درگذشت.