این مرجع تقلید در متنی که روز گذشته در اختیار رسانه‌ها قرار داد در توضیح دلایل این پیشنهادش به پیامدهای انتخاب مستقیم رئیس‌جمهور اشاره کرده و نوشته است: انتخاب رئیس‌جمهور از طریق رأی مستقیم مردم، هر چند با قانون اساسی همسوست و خود نگارنده ، در تصویب این قانون در خبرگان نخست، به آن رأی مثبت داده است، ولی پیامدهای ناگوار این گزینش در شرایط کنونی، ملت را بر آن می‌دارد که در آن تجدید نظر کنند.پیشنهادی که آیت‌الله جعفر سبحانی مطرح کرده است، موضوع تازه‌ای در عرصه سیاسی کشور نیست. مهرماه سال 90رهبر معظم انقلاب در جریان سفرشان به استان کرمانشاه باب این مسئله را گشودند و فرمودند: «در شرایط فعلی نظام سیاسی کشور ، ریاستی است و رئیس‌جمهور با انتخاب مستقیم مردم برگزیده می‌شود که شیوه خوب و مؤثری است اما اگر روزی در آینده احتمالا دور ، احساس شود که نظام پارلمانی برای انتخاب مسئولان قوه مجریه بهتر است هیچ اشکالی در تغییر سازوکار فعلی وجود ندارد».
پس از آن بحث‌هایی درباره احتمال تغییر نظام ریاستی به نظام پارلمانی در سپهر سیاسی کشور مطرح و حتی شایعه شد کمیسیونی از یک سال پیش در این مورد کار می‌کرده است؛ شایعه‌ای که تأیید نشد اما در مقابل عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان با بیان اینکه اجرای چنین تصمیمی نیازمند اصلاح قانون اساسی است، گفت: فعلاً زمانی مشخص نشده است و هر زمان که مصلحت بود این اقدام صورت می‌گیرد.
او گفته بود که تغییر نظام ریاستی به پارلمانی هیچ‌گونه خللی به جمهوریت نظام وارد نمی‌کند. بعدها آیت‌الله هاشمی رفسنجانی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام در گفت‌وگویی درباره نظام پارلمانی یا ریاستی گفته بود که منظور رهبر معظم انقلاب از طرح این موضوع این بود که در نظام ما بن‌بست نیست. یعنی کسی نباید فکر کند که بن‌بست داریم و اگر ما حتی بخواهیم نظام اداره کشور را تغییر دهیم ، قانون اساسی را اصلاح و تغییر می‌دهیم.
حالا آیت‌الله سبحانی در نامه‌ای سرگشاده پیشنهاد تغییر قانون را داده و نوشته که انتخاب مستقیم رئیس‌جمهور پیامدهایی دارد که تقسیم نیروهای سیاسی به دو گروه و تلاش هر یک برای جذب بخشی از ملت و آسیب به وحدت کلمه ملت ازجمله آنهاست. وی نوشته است هنگام تبلیغات انتخاباتی، آنچنان اسراف و زیاده روی رخ می‌دهد که میلیاردها ثروت ملت ایران، به کاغذ و مقوا و سپس به زباله تبدیل می‌شود. این مرجع تقلید اشاره کرده که انتخاب رئیس‌جمهور از طریق رأی مستقیم مردم سبب می‌شود که برخی از این گروه‌ها، اصول اخلاقی را نادیده گرفته و شخصیت‌های برجسته کشور را تخریب و متهم سازند و از همین طریق، دشمنی که در کمین است، از این راه بهره سیاسی را برده و ملت را نسبت به نظام بدبین می‌سازد.
وی دلیل چهارم خود را پرداختن زودهنگام به مسئله انتخابات عنوان کرد و نوشت هنوز که قریب شش‌ماه به موعد انتخابات مانده است، بحث و گفت‌وگو در این موضوع، رسانه‌ها و مطبوعات و افکار عمومی کشور را هدف گرفته و به جای پرداختن به مسائل لازم و حیاتی، به همین موضوع می‌پردازند، خصوصا در ماه‌های نزدیک به ایام انتخابات، غالبا وزارتخانه‌ها و ادارات بزرگ، فعالیت‌های خود را کم کرده و همگی متوجه این هستند که چه‌کسی برگزیده می‌شود، و ضرر چنین کم کاری و رها کردن امور لازم
بر کسی پوشیده نیست.
آیت‌الله سبحانی پیشنهاد داده است که رئیس‌جمهور کشور، از طریق مجلس و نمایندگان ملت برگزیده شود، زیرا مجلس خانه ملت است و نمایندگان مجلس شورای اسلامی، منتخبان ملت هستند و گزینش آنها به یک معنی گزینش مردم است و از این طریق مشکل بزرگ پنجمی که دامنگیر وضع سیاسی ماست، مرتفع می‌گردد. گاهی مشاهده می‌شود که یک نوع دوگانگی میان مجلس و ریاست‌جمهوری وجود دارد و مسلما این نوع دوگانگی به زیان همگان است ولی گزینش رئیس‌جمهور از طریق پارلمان، این مشکل را نیز برطرف می‌کند.