باقر لاریجانی، فارغالتحصیل دانشگاه تهران پس از ادغام دانشگاه‌های پزشکی تهران و ایران و انحلال دانشگاه ایران ریاست 14هزار کارمند را نیز بر عهده گرفت. تا پیش از آن، وی علاوه بر سمت‌های متعدد، ریاست شورای سیاستگذاری وزارت بهداشت را نیز بر عهده داشت. به‌طوری که با وجود تکذیب‌های متعدد وی را وزیر در سایه می‌نامیدند. برکناری وزیر و استعفای رئیس دانشگاه علوم پزشکی تهران امیدها را برای بازگشت به دوران جدایی این دانشگاه‌ها زنده کرده است. برخی معتقدند الان زمان خوبی برای بازگشت است.
جمعه هفت آبان سال89 برای کسانی که در دانشگاه علوم پزشکی ایران کار، تدریس و تحصیل می‌کردند روزی فراموش نشدنی بود. در آن روز ناگهان و بدون اطلاع قبلی از بالا دستور آمد که این دانشگاه با سابقه 37ساله باید با دانشگاه علوم‌پزشکی تهران ادغام شود. خبر و نحوه ادغام برای همه کسانی که به دانشگاه ایران تعلق خاطر داشتند شوکه‌کننده بود؛ به‌طوری که برخی از آنان با به‌کار بردن تعبیر زلزله در مورد این انحلال، از ابعاد تکان‌دهنده آن خبر دادند.
دانشگاه علوم‌پزشکی ایران با در اختیار داشتن 16بیمارستان و بیش از 13هزار نفر نیروی انسانی پیش از انحلال چهارمین دانشگاه برتر علوم پزشکی در کشور بود که علاوه بر تهران به شهرستان‌های همجوار مانند کرج، شهریار، ساوجبلاغ، نظرآباد و رباط کریم خدمات رسانی می‌کرد. این دانشگاه همچنین دانشکده‌های پزشکی، پیراپزشکی، بهداشت، پرستاری و مامایی، علوم توانبخشی، علوم پزشکی کرج، بین‌الملل پیام، انستیتو روانپزشکی تهران، انستیتو غدد درون ریز و متابولیسم را زیر مجموعه خود داشت. در همان روز اول تغییرات، رئیس دانشگاه ایران به همراه روسای دانشکده‌های مامایی، مدیریت و اطلاع‌رسانی و توانبخشی، به همراه یکی از اعضای هیأت امنا، معاون دانشجویی و معاون آموزشی با همین عناوین به سمت مشاور انتخاب شدند و از سه نفر از روسای دانشگاه‌های پزشکی، بهداشت و پیراپزشکی تقدیر به عمل آمد و سمتی به آنها داده نشد.
سیدعلی ابطحی، رئیس سابق دانشگاه سابق علوم پزشکی ایران مرداد‌ماه دو سال پیش گفته بود که نهاد رئیس‌جمهوری نامه‌ای را به وزارت بهداشت داده و تکلیف کرده بوده که دانشگاه ایران ادغام شود. اما در نامه‌ای که به وی داده شد حرفی از انحلال زده نشده بود. قرار بود با جدا شدن کرج از تهران و تشکیل استان البرز بخش‌های مهمی از مراکز و شبکه بهداشت و درمان که تحت پوشش دانشگاه علوم پزشکی ایران بود از این دانشگاه منفک شده و زمینه انتقال بخشی از کارمندان از تهران فراهم شود اما با یک تصمیم ناگهانی این دانشگاه به کلی منحل شد.باقر لاریجانی رئیس دانشگاه علوم پزشکی تهران و رئیس شورای سیاستگذاری وزارت بهداشت به همه اطمینان داد که به همه مدرک دانشگاه تهران داده خواهد شد و با ادغام دانشگاه‌ها امکانات بیشتری به همه خواهد رسید و 9درصد از منابع دانشگاه به سمت پژوهش سوق داده خواهد شد.اصلی‌ترین مخالفین این ادغام، دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی ایران بودند. آنها به‌خصوص دانشجویان دانشکده پرستاری و مامایی در همان روزهای اولیه دست به اعتراضاتی زدند. شایعات پشت هم خبر از درجه دو بودن دانشگاه ایران و عدم‌جذب دانشجویان این دانشگاه توسط مدیریت جدید می‌داد ولی کم‌کم این شایعات با توضیحات دیرهنگام مسئولین کمرنگ شد و جای خود را به یک واقعیت برگشت‌ناپذیر داد. دانشگاه ایران ادغام شد و اعتراض‌ها به جایی نرسید. در آن زمان مجلس نیز واکنش‌هایی نشان داد. یکی از اعضای کمیسیون بهداشت گفت: هیچ‌کس در مجلس و کمیسیون بهداشت از ماجرای این انحلال خبر نداشت. ما از روزنامه‌ها مطلع شدیم و این تصمیم ناگهانی، توهین به مجلس است؛ چون مجلس یک نهاد تشریفاتی نیست و باید با آن مشورت شود.
وزیر بهداشت وقت که چند هفته‌ای است برکنار شده در آن زمان انحلال و ادغام دانشگاه ایران را جزو اختیارات شورای گسترش آموزش در کشور دانست ولی در آن زمان دبیر شورای گسترش از این اظهارنظر وزیر ابراز بی‌اطلاعی کرد و به خبرآنلاین گفت: این شورا عموما در مورد دانشگاه‌های تحت پوشش وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تصمیم می‌گیرد و نتایج جلسات از طریق سایت اطلاع‌رسانی به اطلاع دانشگاه‌های کشور می‌رسد.
نورالله حیدری دستنایی، سخنگوی وقت کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس نیز با تأیید نظر دبیر شورای گسترش گفت: شورای گسترش دانشگاه‌ها برای ادغام دانشگاه علوم پزشکی ایران صلاحیت تصمیم‌گیری ندارد. تقریبا دو سال از این ادغام می‌گذرد ولی هنوز تأثیر آن بر ذهن دانشجویان و استادان دانشگاه باقی است.
دکتر مهرشاد پورسعید، عضو هیأت علمی دانشگاه شهید بهشتی استقلال دانشگاه‌ها را عامل موفقیت آنها می‌داند و می‌گوید: داشتن استقلال از یک سو باعث ایجاد رقابت بین دانشجویان و استادان دانشگاه‌ها می‌شود و از سوی دیگر کیفیت تحقیقات را بالا می‌برد. اگر فضای رقابتی در بحث‌های علمی وجود نداشته باشد باعث می‌شود افرادی که در هیأت علمی عضو هستند و در حیطه دانش کار می‌کنند سطح علمی خود را بالا نبرند. این موضوع برای دانشجویان و کارآموزان نیز صادق است. همچنین اگر جامعه علمی زیرمجموعه یک دانشگاه باشد نه رقابت وجود خواهد داشت و نه کسی انگیزه‌ای برای تحقیق بیشتر و برتر خواهد داشت. پیش از انحلال، دانشگاه علوم پزشکی ایران به‌خصوص در رده‌های فوق تخصصی جایگاه برتری داشت و دانشگاه‌های دیگر نیز برای رقابت تلاش می‌کردند.
به‌نظر این متخصص پزشکی ورزشی وقتی دو دانشگاه برای بالا بردن رتبه یک دانشگاه خاص ادغام می‌شوند راه صحیحی انتخاب نشده است. دکتر پورسعید می‌گوید: قرار بود با ایجاد انگیزه در کارشناسان و متخصصان به چشم‌انداز 1404برسیم ولی این انتخاب عجولانه انگیزه‌های متخصصان، دانشجویان و پرسنل دانشگاه علوم پزشکی ایران را کمرنگ کرد. هدفمند کردن تلاش‌ها برای توسعه پایدار در این زمینه مخدوش شده است. با ادغام این دانشگاه غنای علمی کارهای پژوهشی کاهشی چشمگیر داشته است به‌طوری که قبلا گروه‌های آموزشی تلاششان در راستای برتری جویی علمی بود ولی الان دو گروه همنام از دو دانشگاه، برای رسیدن به قدرت با هم رقابت می‌کنند. متأسفانه این ادغام منجر به فرسایش سیستم علمی کشور شده است. وی با اشاره به اینکه اساس ایجاد دانشگاه ایران راه‌اندازی یک دانشگاه نمونه در میان کشور‌های منطقه بود می‌گوید: به‌نظر من مسائل سیاسی اصلی‌ترین دلیل ادغام و انحلال این دو دانشگاه بود.
وی متضررین این ادغام را هر دو گروه دانشگاه علوم پزشکی ایران و تهران می‌داند و می‌گوید: با این کار فرصت رشد و نمو از هر دو دانشگاه گرفته شده است. در بسیاری از نقاط دنیا چندین دانشگاه با یک زمینه در یک شهر فعالیت می‌کنند و فراوانی و رقابت بین آنها هیأت علمی بالغ‌تر را ایجاد می‌کند. در این ادغام بیمارستان‌های آموزشی دانشگاه ایران را زیرمجموعه دانشگاه تهران اضافه کردند و بیمارستان‌های درمانی که هزینه‌بر بودند را بدون درنظر گرفتن آمادگی دانشگاه، در اختیار دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی قرار دادند. به‌نظرم می‌شد بحث‌های درمان را در اختیار یک دانشگاه قرار داد و مسئله علمی را در سه دانشگاه خلاصه کرد ولی اینکه بیایند پژوهش و تحقیقات یک دانشگاه را به نام خود کنند، نادرست است. با این ادغام هویت یک دانشگاه را که جزو تاریخ علم ایران است از بین برده‌ایم. به‌نظرم الان زمان مناسبی برای جبران گذشته است. هر چه زمان بیشتری بگذرد فرسایش بیشتری ایجاد می‌شود.
دکتر محمد رازی، متخصص ارتوپدی و عضو هیأت علمی دانشگاه تهران در این‌باره می‌گوید: من مطمئنم اگر پشتوانه این ادغام زیاده‌طلبی نبوده باشد، قطعا هیچ‌گونه پشتوانه علمی و اجتماعی نداشته و کمکی به وضعیت سلامت در شهر تهران نکرده است.
به‌نظر دکتر رازی دانشجویان، کارمندان و استادان انگیزه‌های کاری خود را از دست داده‌اند. او می‌گوید: این ادغام مثل یک شوک بود. در هیچ مرحله‌ای از این ادغام ناگهانی از هیچ‌یک از اعضای این دانشگاه نظرخواهی نشد. به‌نظر من این کار از نظر اخلاقی و اجتماعی بسیار غریب و عجیب بود. همین امر باعث شوکه شدن دانشجوبان و استادان و کارکنان دانشگاه شد. هنوز خیلی از کسانی که زمانی در دانشگاه علوم پزشکی ایران بودند انگیزه کاری لازم را ندارند. حتی کسانی که فارغالتحصیل این دانشگاه بودند خاطرشان از این تصمیم رنجیده شد. من پس از این ادغام هیچ تغییر مثبت و پیشرفتی در وضعیت آموزشی دانشگاه ندیده‌ام. دانشجویان پس از این ادغام از دیدن یکدیگر احساس خوبی ندارند. رقابت مثبت دانشجویان جای خود را بی‌انگیزگی داده است. به‌نظر من اگر مسئولان وزارت بهداشت بخواهند می‌توانند شرایط را به حالت قبل برگردانند.
وی با اشاره به اینکه دلایل متعددی در چنین رخدادی مؤثر است می‌گوید: وقتی بدنه مدیریتی یک وزارتخانه را فارغ‌التحصیلان یک دانشگاه تشکیل می‌دهند خودبه‌خود این افراد برای دانشگاه‌های دیگر تصمیماتی می‌گیرند که نتیجه آن زیاده‌طلبی دانشگاه حاکم بر وزارتخانه خواهد بود. به‌نظر من وزارتخانه باید ترکیبی از استادان و فارغ‌التحصیلان همه دانشگاه‌های ایران باشد.