مسئله تکذیب تعطیلی این دو ارکستر قدیمی از سوی مسئولان و خبرهایی که تعطیلی این دو ارکستر را تأیید می‌کرد با خبر تشکیل مؤسسه ارکستر ایران به پایان رسید. خبر امتحان گرفتن از نوازندگان و جذب نیروهای جدید تا حدی شایعه تعطیلی ارکسترها را تقویت می‌کرد. هرچند که مسئولان وعده داده بودند که ارکستر ملی و سمفونیک تهران اجراهای مستقلی در بیست و هشتمین جشنواره موسیقی فجر تجربه خواهند کرد، اما اجراهای ارکستر سمفونیک تهران در آخرین روز جشنواره موسیقی فجر نشان داد که همه ارکسترها در هم ادغام شده‌اند تا این دوره خالی از اجرای ارکستر نباشد.
اجرای خاطره انگیز قطعه «خمینی ای امام» آغازگر این رپرتوار بود. پس از اجرای این قطعه، ارکستر کارش را با اجرای رپرتواری از موسیقی کلاسیک که آثاری از الکساندر برودین، بتهوون، کارل ارف، خاچاطوریان و فردریش بروخ بود، ادامه داد و کنسرتوی ویلن و ویلن آلتو اثر فردریش بروخ پایان‌بخش این قسمت بود. در بخش دوم برنامه که در حقیقت قطعاتی متناسب با ارکستر ملی بود، سالار عقیلی روی صحنه آمد و به‌عنوان تک‌خوان «خاک مهرآئین» اثر علی اکبر قربانی، «تبریز در مه» به آهنگسازی حسین فاضلی، «خوشه چین» اثر روح‌الله خالقی و «وطنم» را به اجرا درآورد.
حضور سالار عقیلی و خواندن قطعاتی که برای مخاطب آشنا و خاطره انگیز است، به نوعی نجات‌دهنده این اجرا بود و باعث شد که مخاطبان با رضایت خاطر سالن را ترک کنند. اگرچه سال‌های گذشته فرهاد فخرالدینی با ارکستر ملی همواره در جشنواره موسیقی فجر حضور داشت و تنها بیست و پنجمین دوره جشنواره بین‌المللی موسیقی فجر بدون حضور این ارکستر برگزار شد و حضور مجدد ارکستر ملی در بیست و ششمین جشنواره موسیقی فجر افتخار مسئولان محسوب می‌شد، اما در این دوره تنها ارکستر سمفونیک تهران حضور داشت.
مدیرکل دفتر موسیقی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی که در تمام طول جشنواره غیبت داشت و برای نخستین بار از کارهای جشنواره دیدن کرد اجرای ارکستر سمفونیک تهران را اجرایی استاندارد خواند و اعلام کرد: این ارکستر در حدی بود که می‌توان از اجرایش دفاع کرد. سید محمد میرزمانی که از دل هنرمندان به دفتر موسیقی آمده و این روزها شایعه رفتنش دوباره قوت گرفته است، به انتخاب خوب رپرتوار موسیقی کلاسیک، موسیقی کشورمان و اجرای قطعات بتهوون و هنرنمایی سالار عقیلی اشاره کرد. این رپرتوار درصورتی‌که ارکستر ملی و گروه کر دفتر موسیقی همچنان به حیات خود ادامه می‌داد، قطعا می‌توانست موفق‌تر عمل کند. اما معاون هنری وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی هم در این اجرا حضور داشت. او آینده را برای ارکستر سمفونیک تهران روشن پیش‌بینی کرد و از تداوم و استمرار این ارکستر در صحنه‌های بین‌المللی سخن گفت. البته این ارکستر مشکلاتی داشت و مدت ها جز چند اجرای مناسبتی اجرایی نداشته‌است، با این حال شاه آبادی از جدولی «فشرده‌تر» سخن گفت: در سال آینده به‌دنبال جدولی فشرده‌تر برای اجراهای ارکستر سمفونیک هستیم.
ارکستر سمفونیک تهران و ارکستر ملی پیش از این به‌دلیل مشکلات مالی و عدم‌پرداخت دستمزد نوازنده‌های این ارکسترها با مشکلاتی روبه رو بودند. معاون هنری وزیر در گفت‌وگو با ستاد خبری بیست و هشتمین جشنواره بین‌المللی موسیقی فجردرباره ارکستر سمفونیک اعلام کرد: طی چند سال گذشته ارکستر سمفونیک همواره در اولویت‌های معاونت هنری قرار داشته و تلاش کرده‌ایم که ارکستری بین‌المللی داشته باشیم. خوشبختانه اقدامات اخیری که مؤسسه ارکسترها برای برای ارکستر سمفونیک تهران انجام داده به قوام ارکستر منجر شده است. شاه‌آبادی با اشاره به دستمزدهای اعضای ارکستر تصریح کرد: در حال حاضر مسئله حقوق برای اعضای ارکستر سمفونیک مطرح نیست، بلکه اعضای گروه برای هر اجرا دستمزدهای خود را دریافت می‌کنند. البته ما از معاونت برنامه‌ریزی رئیس‌جمهور خواسته‌ایم که ستاره‌دار بودن مشاغل ارکستر را حذف کنند تا بار دیگر امکان استخدام اعضای ارکستر را داشته باشیم.
شاه‌آبادی در پایان گفت: این مسئله را همچنان با کمک وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی دنبال می‌کنیم که تا‌کنون با کلیت آن موافقت شده است. تا زمانی که این اتفاق به سرانجام نرسد، معاونت هنری از بودجه‌های حمایتی خود دستمزدهایی را برای نوازندگان تعیین و پرداخت می‌کند.