متن پیام حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با تأسف و اندوه فراوان خبر رحلت عالم ربانی، سالک الی الله و عارف بالله مرحوم آیت الله آقای حاج شیخ عزیز الله خوشوقت رضوان الله علیه را دریافت کردم. عمری با برکت، سرشار از معنویت و تهذیب، و گام‌های پیوسته در سلوک الی الله، همراه با مجاهدتی کم نظیر در تربیت نفوس مستعد و دل‌های مشتاق، خلاصه‌ای از زندگینامه این روحانی مهذّب و این معلّم اخلاق و معرفت است. بی شک فقدان این شخصیت ممتاز، برای آشنایانِ رتبه معنوی آن بزرگوار مصیبتی اندوهبار و برای شاگردان و مستفیدان محضر پر فیض او ثلمه‌ئی بزرگ است. اینجانب تسلیت صمیمانه خود را به خانواده مکرّم و فرزندان محترم و دیگر وابستگان و به همه ارادتمندان ایشان معروض می‌دارم و علوّ درجات و شمول رحمت حق و حشر با اولیاء الله را برای روح مطهرشان از خداوند متعال مسألت می‌کنم.
سید علی خامنه‌ای
2 اسفند ماه 1391
مرحوم آیت‌الله خوشوقت در کنار رهبر انقلاب
عکس از: پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله‌العظمی سیدعلی خامنه‌ای (مد‌ظله‌العالی)