وی پسر مرحوم آیت الله سید کرامت الله ملک حسینی است که نماینده فقید ولی فقیه در استان کهگیلویه و بویراحمد بوده است.
سید شرف‌الدین ملک حسینی در سال 1357 برای تحصیل علوم دینی و حوزوی به حوزه علمیه شیراز رفت. وی همچنین برای ادامه تحصیلات حوزوی در سال 1363 به حوزه علمیه قم رفت و به تحصیل مشغول شد.
حجت الاسلام ملک‌حسینی دوره سطح و خارج را نزد اساتیدی چون؛ محقق داماد، گنجی، آیت‌الله تبریزی و آیت الله وحید خراسانی بهره برد.
حجت الاسلام ملک‌حسینی اسفند سال 1391 از سوی مقام معظم رهبری به عنوان نماینده ولی‌فقیه در استان کهگیلویه و بویراحمد منصوب شد.