بیمار در طول روند سم‌زدایی سه مرحله را می‌گذراند:
1- ارزیابی: آزمایش برای تعیین نوع داروی موجود در بدن بیمار و شناسایی بیماری‌های همراه
2- پایدار کردن: در این مرحله بیمار در فرآیند سم زدایی هدایت می‌شود و ممکن است با دادن داروهای جایگزین یا بدون آن انجام گیرد. در این مرحله به بیمار توضیح داده می‌شود که باید چه انتظاراتی را در طول درمان و فرآیند بهبودی داشته باشد. در این دوره نزدیکان بیمار ممکن است به نزد او آورده شوند تا در فرآیند درمان دخیل شوند و از او حمایت کنند.
3- راهنمایی بیمار برای درمان درازمدت: سم‌زدایی ماده مخدر فقط به وابستگی جسمی فرد به مواد می‌پردازد، و نه جنبه‌های روانی اعتیاد. در این مرحله بیمار متقاعد می‌شود که روند درمانی خود را با وارد شدن به یک برنامه درازمدت توانبخشی تکمیل کند.
علائم اغلب دردناک ترک ماده مخدر در طول دوره سم زدایی ممکن است چندین روز طول بکشد و پزشکان به شیوه‌های گوناگون آن را درمان می‌کنند. یکی از رایج‌ترین داروها برای برطرف کردن علائم ترک مواد مخدر، کلونیدین است که اضطراب، بیقراری، درد عضلانی، تعریق، آبریزش بینی، و گرفتگی عضلانی را تسکین می‌دهد.
همچنین در صورت بروز اسهال و استفراغ داروهایی برای برطرف شدن این علائم به بیمار داده می‌شود. یک داروی دیگر مورد استفاده بوپرونورفین است که بررسی‌ها نشاندهنده موثرتر بودن در درمان علائم ترک مواد افیونی است و استفاده از آن ممکن است طول دوره سم‌زدایی را کوتاه کند. همچنین این دارو ممکن است مانند متادون برای درمان نگهدارنده درازمدت هم به کار رود.
یک شیوه دیگر سم‌زدایی شیوه سم‌زدایی سریع یا تحت بیهوشی است که در آن پس از بیهوش کردن به بیمار دوزهای بالای داروهای مسدودکننده شبه‌افیونی‌ها تزریق می‌شود، با این هدف که بازگشت بدن به حالت طبیعی در زمان کوتاهتری انجام شود. در حال حاضر شواهد قاطعی درباره اینکه شیوه واقعا زمان سم‌زدایی را کوتاه می‌کند وچود ندارد و خطرات خاص خود ازجمله خطر استفراغ حین بیهوشی را هم دارد.