با این وجود همواره برخی از مسئولان به مفاد این قانون بی‌توجه بوده و به‌رغم اعتقاد بر اجرای آن، اغلب در واگذاری شرکت‌ها مقاومت کرده یا درصورت واگذاری، مدیران شرکت‌های واگذارشده از سوی دولت انتخاب می‌شوند. این موضوع باعث می‌شود که یکی از مهم‌ترین اهداف اجرای اصل 44 که انتقال مدیریت و مالکیت شرکت‌های دولتی به بخش خصوصی و دیگر بخش‌هاست، همچنان به دست فراموشی سپرده شده و دولت به‌طور مستقیم و غیرمستقیم تصمیم‌گیر اصلی مدیریت شرکت‌های واگذار شده باشد.
از سوی دیگر به‌رغم واگذاری 40درصدی سهام شرکت‌های بزرگ به سهام عدالت، هنوز تکلیف این سهام مشخص نشده و این سهام نقش چندانی در انتخاب مدیریت شرکت‌ها ندارد و هنوز مدیریت این سهام در اختیار دولت است؛ وضعیتی که بعد از گذشت 7سال از خصوصی‌سازی همواره مشاهده شده و تأسف بسیاری از کارشناسان و حتی مسئولان را برانگیخته است.
علاوه براین یکی از انتقادهای جدی به اجرای خصوصی‌سازی، انتقال دولت به دولت است که متأسفانه بعد از گذشت 7سال در واگذاری شرکت‌ها مشاهده شده و توسط مسئولان نیز با واژه‌هایی چون جیب به جیب‌شدن مورد نقد قرار می‌گیرد؛ این در حالی است که به گفته تمام خبرگان اقتصادی کشور نباید سهام عرضه‌شده از بخش دولتی به سوی سازمان‌های سرمایه‌گذاری دولتی، نهادها و مؤسسات شبه‌دولتی و بنیادها سوق داده شود که این امر خطر جدی‌ای برای خصوصی‌سازی و تحقق اهداف اصلی سیاست‌های ابلاغی است.
به‌دلیل ناتوانی بخش خصوصی از خریداری سهام شرکت‌ها و ترس از واردشدن به میدان رقابت، دستگاه‌ها و نهادهای شبه‌دولتی بخشی از سهام واگذارشده را تصاحب‌کرده و آن را خریداری می‌کنند؛ از سوی دیگر با توجه به بدهی دولت به دستگاه‌ها ناچارا بخشی از سهام شرکت‌ها بابت رد دیون به دستگاه‌های طلبکار واگذار می‌شود که با این فرایند عملا مردم نقشی در به دست‌گرفتن اقتصاد ندارند.
علاوه بر این موضوع قیمت‌گذاری سهام شرکت‌های قابل واگذاری و نحوه تخصیص آن در روز اول عرضه، همواره یکی از موضوعات مهم دیگر در اجرای خصوصی‌سازی شرکت‌هاست به‌طوری که همواره بعد از واگذاری شرکت‌های اصل 44 مسائل فراوانی در مورد نحوه قیمت‌گذاری، بالابودن قیمت سهم و نیز نرسیدن سهم به دست مردم به‌دلیل میزان اندک آن مطرح می‌شود که باید برای جلوگیری از زیان ناشی از آن سیاست‌های مناسبی در این خصوص اتخاذ شود.
به این ترتیب بعد از گذشت 7سال از ابلاغ اصل 44 نتایج به‌دست آمده از نحوه اجرای این اصل نشان می‌دهد که مسیر طی شده با وجود آمارهای موجود، رضایت‌بخش نبوده و با مشکلات جدی همراه است و همچنان واگذاری سهام بسیاری از شرکت‌های بزرگ دولتی با روح قانون منافات داشته و بخش عمده‌ای از واگذاری‌ها با مشکلات و موانع جدی و گاه جبران‌ناپذیر مواجه شده است.