رئیس قوه قضاییه، از نخستین کسانی است که موادی از قانون مجازات اسلامی را دارای شبهه فقهی عنوان کرده و در همایش سراسری قوه قضاییه نسبت به برخی مواد این قانون ایرادات شرعی وارد کرد.آیت‌الله صادق آملی لاریجانی تأکید کرد: البته این قانون است، شورای نگهبان پذیرفته و قضات هم باید اطاعت کنند اما من به این مواد شبهه دارم که شبهات من هم شبهه قانون اساسی و هم شبهه شرعی است.
رئیس قوه قضاییه، یکی از ایرادها را به این شکل توضیح داده:ماده 40راجع به تعویق در صدور حکم صحبت کرده، ما تا به حال چنین چیزی را در دستگاه قضایی نداشته‌ایم که قاضی می‌تواند حکمی که جوانب آن رسیدگی شده را به‌مدت 6ماه تا 2 سال به تعویق بیندازد. در تعویق مراقبتی در ماده 43قانون می‌گوید که دادگاه می‌تواند حکم را در مورد شخصی که مجرم است به تعویق بیندازد اما می‌تواند الزاماتی را همچون حرفهآموزی یا اشتغال به حرفه خاص، اقامت یا عدم‌اقامت در مکان معین، درمان بیماری یا ترک اعتیاد و پرداخت نفقه افراد واجب‌النفقه را به عمل بیاورد.
پس قاضی حسب ماده 43که ذیل ماده 40است می‌تواند در تعویق مراقبتی 2 سال صدور حکم را عقب بیندازد و این کارها را می‌تواند به شخص مجرم الزام کند که به‌نظرم خود این هم خلاف شرع است. ما در اسلام این را داریم که اگر شخصی مجرم باشد اما هنوز در مورد آن حکم تعزیر نکرده باشیم حق داریم وی را الزام به یک حرفه یا کار مشخص کنیم اما اینکه فردی حکم تعزیرش برای مثال شلاق باشد و ما شلاق را به تعویق بیندازیم و وی را به کاری الزام کنیم خلاف اصول ازلی است مگر اینکه همین موارد را تعزیر به‌حساب بیاوریم.
دکتر حسین میرمحمد صادقی، حقوقدان، در این‌باره به همشهری گفت:در قانون مجازات اسلامی سال 92پیش‌بینی شده که قاضی می‌تواند حکم را تعلیق کرده یا به تعویق بیندازد اما در عین حال برای مدت تعویق یکسری درخواست‌هایی از فرد داشته باشد که یکسری اقداماتی مثل حرفهآموزی و مراجعه به برخی مراکز را انجام بدهد.
صحبت‌های رئیس قوه قضاییه از یک جهت سخن درستی است و آن اینکه خب اگر قاضی هنوز به حکم نرسیده چطور می‌تواند برای این مدت یک محدودیت‌هایی را به این فرد تحمیل کند که این محدودیت‌ها به نوعی تعزیر است، تعزیر منوط است به اینکه تقصیر فرد احراز بشود وقتی هنوز تقصیرش احراز نشده و صدور حکم به تعویق افتاده به چه دلیل این موارد را ما می‌توانیم در قانون داشته باشیم. به این ترتیب به‌نظر من این حرف درست است اما اگر از یک زاویه دیگری به مسئله نگاه کنیم می‌شود این اشکال را رفع شده دانست.
نگاه دوم به ما می‌گوید که در اینگونه موارد قاضی حکم را هنوز صادر نکرده و به تعویق انداخته اما تقصیر فرد متهم برایش محرز شده است یعنی این جور نیست که قاضی نداند که این فرد مقصر است تا زمانی که حالا 6ماه بعد بخواهد حکم را صادر کند. قاضی می‌داند به هر حال متهم مقصر است و حتی شاید خود متهم هم به تقصیرش اقرار کرده اما قاضی می‌گوید من برای اینکه حکم نهایی‌ام را صادر بکنم در جهت اینکه مثلا شما چه مجازاتی را تحمل کنید یا چه حبس تعزیری را تحمل کنید این‌را من می‌گذارم 6ماه دیگر به‌خاطر اینکه ببینم ظرف این 6 ماه چه اتفاقی می‌افتد و تو چه تغییری در وضعیتت حاصل شده و از این قبیل، بنابراین اگر اینگونه به قضیه نگاه کنیم این کار تحمیل محدودیت به یک فرد بی‌گناه نیست و از این جهت به‌نظر من شاید اون ایراد یا شبهه خلاف شرع بودن یک مقداری مرتفع بشود.
دکترحمید بهره‌مند، استاد دانشگاه تهران نیز درباره اظهارنظر رئیس قوه قضاییه می‌گوید:درخصوص تعلیق، قانونگذار هم مسئله را تسهیل کرده و گفته که دادگاه می‌تواند پس از احراز مجرمیت صدور حکم را به تعویق بیندازد بنابراین مورد در جایی است که احرار مجرمیت صورت گرفته و تحمیل یکسری شرایط بر مرتکب جرم به‌نظر می‌رسد که با مشکلی روبه‌رو نباشد و از سویی باید به این مسئله توجه داشته‌باشیم که فردی که دستورات را رعایت بکند باید رضایت داشته باشد چون در قانون مجددا تأکید شده که فرد باید متعهد بشود به اجرای دستور بنابراین اگر متعهد نشود و رضایتی به اجرای دستورات نداشته باشد طبیعتا تعویق صدور حکم اجرایی نمی‌شود و قاضی مکلف است که حکم را اجرا بکند، در مورد بحث ماده 39هم اگر نظر رئیس قوه قضاییه بر جرائم تعزیری بوده، قانونگذار در تبصره 2ماده 115اینها را از دستور خارج کرده است بنابراین شبهه شرعی که رئیس قوه قضاییه مطرح کرده‌اند به‌نظر می‌رسد که مجرا نباشد.
اظهارنظر رئیس قوه قضاییه پس از تصویب قانون جدید مجازات اسلامی و مطرح کردن ایرادهای فقهی و شرعی بر این قانون سبب شد تا برخی از مسئولان دستگاه قضا نسبت به اجرای قانون دچار تردید شوند. قانون مجازات اسلامی از نیمه خرداد‌ماه گذشته لازم‌الاجراست و جرائمی که از این تاریخ به بعد رخ می‌دهند می‌بایست براساس این قانون از سوی قضات مورد بررسی، قضاوت و صدور حکم قرار بگیرند، اما شواهد نشان می‌دهد که تاکنون این قانون از سوی قضات به‌صورت سراسری اجرا نشده است، حال آنکه کارشناسان حقوقی و وکلا بر این عقیده‌اند که این قانون مترقی است و استناد به آن سبب ارتقای قضا در کشور خواهد شد.