ملاصدرا نام حکمت متعالیه را بر آن گذاشت چراکه به تأیید فلاسفه بعد از او، تمام اشکالات دوره‌های قبلی را پوشاند و باعث شد حکمتهای دیگر در این حکمت تعالی پیدا کنند.
حجت الاسلام دکتر محمدتقی یوسفی با بیان اینکه فلسفه اسلامی با نهضت ترجمه آغاز می شود، درباره دوره های شاخص فراز و فرود فلسفی اسلامی در تاریخ اندیشه اسلامی به خبرنگار مهر گفت: تقریباً از پایان قرن دوم تا حدود قرن چهارم دورانی است که فلسفه به فضای اسلامی ورود پیدا می کند. در این دوران ما اوج چندانی را در مباحث فلسفی مشاهده نمی کنیم، در واقع به صورت متفرقه از مباحث فیلسوفان یونان استفاده می شود، تااینکه حدود قرن چهارم هجری "کندی" پیدا می شود و فلسفه یونان را به فلسفه بومی-اسلامی تبدیل می کند. به همین دلیل او را به عنوان اولین فیلسوف اسلامی می دانند.
وی افزود: بعد از این دوره، فارابی از راه می رسد، او فلسفه اسلامی را از کندی و از کسانی که در فضای فلسفه اسلامی اقدامات کژدارمریزی انجام داده اند، گرفته و به نوعی بنیانگذاری می کند، با این همه اوج فلسفه اسلامی به زمان ابن سینا می رسد. ابن سینا با خلق حکمت مشاء شاگردان بسیاری را تربیت و فلسفه اسلامی را در این دوره به دوران فراز خود می رساند، ناگفته نماند هرچند که بستر اجتماعی لازم در دوره ابن سینا آن طور که باید و شاید فراهم نبود و با وجود حمایت برخی فرمانروایان قلمروهای اسلامی اما متأسفانه ابن سینا مدام در حال گریز و زندان و کش و قوسهای سیاسی بود.
این استاد حوزه و دانشگاه در مورد مخالفان فلسفه اسلامی یادآور شد: در قرن ششم، فلسفه با انتقادات جدی از سوی بسیاری افراد از جمله غزالی و فخر رازی قرار می گیرد. آنها فلسفه اسلامی را بسیار مورد فشار قرار داده و اشکالاتی به آن وارد می کنند، تا اینکه شیخ اشراق ظهور می کند و درصدد دفاع از فلسفه برمی آید، البته سهروردی نیز اشکالاتی بر رویه حکمت مشاء دارد و همین موضوع باعث می شود فلسفه دیگری به نام فلسفه اشراق را بنا کند. در واقع سهروردی با آوردن حکمت اشراق سعی می کند نقصی که به نوعی در فلسفه اسلامی وجود داشته را پوشش دهد، با این همه شیخ اشراق نیز چندان موفق نشد تا انتظاری که از فلسفه می رفت را محقق کند و می توان گفت اغلب شاگردانش بودند که به دفاع از او برمی خواستند.
عضو هیئت علمی دانشگاه باقرالعلوم قم افزود: در دوره صفویه، در قرن دهم-یازدهم، فضای علمی اصفهان و به تعبیری مدرسه اصفهان شکل می گیرد. صفویان بستر مناسبی برای دانشمندان و علمای شیعه فراهم می کنند و فضای رو به رشدی برای کسب علم در اصفهان ایجاد می شود. در قرن یازدهم شخصیتی مثل ملاصدرا در اصفهان، فلسفه را به اوج خود می رساند. هرچند که بی مهری هایی در مورد ملاصدرا می شود و اختلافات بروز می کند و منجر به تبعید ملاصدرا از اصفهان به کهک قم می شود، اما در آنجا هم بیکار نمی ماند و تحقیقات خود را از سر می گیرد و شاگردانی پرورش می دهد.
حجت الاسلام یوسفی گفت: به طور کلی اوج فلسفه اسلامی در حکمت متعالیه توسط ملاصدرا شکل گرفت و عامل اصلی آن نیز فضایی بود که حکومت صفویه ایجاد کرده بود و عرصه را بر علمای شیعه تنگ نکرد. در این فضا ملاصدرا توانست با دستمایه های فلسفه اشراق و مخصوصاً حکمت مشایی و دستاوردهایی که از متکلمان و عرفا کسب کرده بود حکمت متعالیه را ایجاد کند. ملاصدرا نام حکمت متعالیه را بر آن گذاشت چراکه به تأیید فلاسفه بعد از او، تمام اشکالات دوره های قبلی را پوشاند و باعث شد حکمتهای دیگر در این حکمت تعالی پیدا کنند. به قول ملاصدرا هم قرآن بود، هم بحران و هم عرفان.
وی افزود: بعد از ملاصدرا شخصیت دیگری که بتواند مکتب ساز باشد را سراغ نداریم. اما با این حال فعالیت ایشان به وسیله شارحانی همچون ملا هادی سبزواری، ملا عبدالله زنوزی و... تا عصر حاضر که افرادی مثل مرحوم علامه طباطبایی، آیت الله جوادی عاملی، آیت الله حسن زاده و آیت الله مصباح و... بیشتر در فضای فلسفه اسلامی و شرح و بسط حکمت متعالیه کار کرده اند.
این دکترای فلسفه اسلامی در پاسخ به این سوال که چه بسترهایی اجتماعی و فکری این فراز و فرود را به وجود آوردند؟ این طور پاسخ داد: مهمترین بستر فکری برای بسط فلسفه اسلامی، بستر فکر دینی بود. علی رغم تصور اشتباه عده ای مبنی بر اینکه در صورت حرکت به سمت فلسفه، دین زیر سوال می رود یا مکتب اهل بیت خلوت می شود، فضای دینی بستری فراهم کرد تا فلسفه رشد پیدا کند همان طور که عرفان رشد داده شد. نمونه بارز آن حکمت ملاصدرا است که از بستر نقل و از بستر دین برای فلسفه استفاده کرد و برای فراهم آوردن حکمت متعالیه حتی از آیات و روایات نیز بهره گرفت.