نشریه آلمانی سایت گزارش داد، دولت آلمان اعلام کرده است "این خطر وجود دارد که با نیات مجرمانه از این فناوری" استفاده شود.
برای نمونه، مقامات امنیتی از آن بیم دارند که یک نفر هفت تیری را با چاپگر سه بعدی بسازد و بعد برای تهدید خدمه، با خود به داخل هواپیما ببرد.
به همین خاطر اداره جنایی آلمان در حال حاضر از یک چاپگر سه بعدی برای چاپ سلاح یا قطعات سلاح استفاده کرده و از طرف دیگر پلیس تلاش کرده این قطعات را در کنترل های امنیتی حین پرواز شناسایی کند.
در همین حال، برخی شرکت های سازنده چاپگر سه بعدی پیشاپیش این خطر را تشخیص داده و دست به کار شده اند. شرکت دانمارکی Create It REAL اعلام کرده نرم افزاری را برای چاپگر سه بعدی تولید کرده که قطعات تسلیحات را شناسایی و از چاپ سه بعدی شان جلوگیری می کند.
جرمی پییر گای، رییس این شرکت گفته بود این نرم افزار نوعی امکان کنترلی برای والدین است تا به کودکان خود اجازه چاپ سلاح ندهند. علاوه بر این، از آنجا که امکان انفجار این سلاح در دست شخص نیز وجود دارد و به این ترتیب شاید کاربر تولیدکننده چاپگر را تحت پیگرد قرار دهد، Create It REAL خواسته به صورت پیش دستانه جلوی وقوع این احتمالات را بگیرد.
کودی ویلسون، مخترع کلت‌های موسوم به "لیبراتور" که با چاپگر سه بعدی ساخته می‌شود، این استدلال را بی‌معنا می‌داند. وی می‌گوید هیچ کس نمی‌تواند "به صورت تصادفی" سلاح چاپ کند، چون از اجزای بسیاری تشکیل شده که باید با هم کار کنند. علاوه بر این، برای این کار ساعت‌ها وقت لازم است و کلت به صورت یک دفعه از چاپگر در نمی‌آید.
در همین حال، استفاده از چنین نرم افزاری هنوز الزامی نیست و کاربران بنا به تمایل خود می‌توانند از نصب آن خودداری کنند.
اصرار دولت ها و تولیدکنندگان این چاپگرها برای کنترل تولید سلاح یا جلوگیری از این اقدام، جدید نیست. شرکت Stratasys که به کودی ویلسون این چاپگر را فروخته بود، پس از آنکه وی طرح هایش را در اینترنت به اشتراک گذاشت، از او خواست دستگاه را پس بفرستد. بخش کنترل تسلیحات وزارت امور خارجه آمریکا هم ظاهرا تلاش کرده جلوی انتشار طرح های ساخت تسلیحات را بگیرد. در نیویورک هم پیش نویس قانونی تهیه شده که تولید تسلیحات با چاپگرهای سه بعدی را جرم انگاری کرده است.