روش علم و چگونگی تجزیه و تحلیل داده‌ها و اطلاعات هم در مرتبه‌ای دیگر می‌تواند با تأثیر از دین، شکل دیگری به‌خود بگیرد و بر این اساس علم می‌تواند تحت‌تأثیر جاذبه فرهنگ اسلامی با رویکرد متفاوتی، به تولید علم بپردازد. اما تأثیرپذیری علم از دین از مجاری مختلف، یکنواخت و به یک اندازه نیست و اولویت‌ها هم در جای خود باید مورد بحث قرارگیرد. بنابراین مطالعاتی که در حوزه علوم انسانی درباره دین صورت می‌گیرد، تنها درصورتی که نخواهد به‌عنوان معیار صحت آموزه‌های دینی قرار بگیرد و نخواهد خود را بالادست دین قرار بدهد و جایگاه خود را بالای دین تعریف کند بلکه جایگاه خود را پایین دین تعریف کند و مؤیدات و قرائن و شواهد و نه عللی را برای دین یا آنچه دین، از آموزه‌ها و احکام، بیان کرده است، تبیین کند، می‌تواند مثبت ارزیابی شود و این شدنی است؛ چه اینکه چنین چیزی در طول تاریخ علم هم اتفاق افتاده است.
ملاک دینی‌بودن نظریه‌های علمی تأثیرپذیری آنها از مبانی و غایات و در مرحله بعد روش آنها، از معارف دینی است اما درصورت تفاوت موضوع در تعاریف این علوم و دین چگونه می‌توان به‌صورت مشخص این ملاک را لحاظ کرد؟ درصورتی که برای ما صراحت داشته باشد که این علوم، موضوع را به‌گونه‌ای متفاوت با دین تعریف می‌کنند و شکل قلب‌شده و تغییریافته‌ای به آن می‌دهند که با تعریف دینی آن موضوعات متفاوت است، همین می‌تواند معیاری باشد تا این علوم را مورد ارزیابی قرار دهیم. در واقع توصیفی که از موضوع صورت می‌گیرد مبتنی بر مبانی و غایات بوده و اشتباه است که کسی تصور کند که مرحله تأثیرگذاری مبانی و غایات فقط به مرحله صدور حکم و ارزش‌گذاری اختصاص دارد. برای مثال توصیف تأثیرات نقدینگی در روابط اقتصادی به‌طور حتم متأثر از مبانی اتفاق می‌افتد و بدون هیچ پیش‌فرضی درباره پول، اشتغال و از همه مهم‌تر انسانی که می‌خواهد رفتار اقتصادی داشته باشد این تأثیر قابل توضیح نیست. بنابراین باید ابتدا گفت که کدام انسان را درنظر داریم تا سپس بتوان از رفتار اقتصادی و روابطی که بر این رفتار حاکم است سخن گفت و از این نکته این نتیجه حاصل می‌شود که مبانی و غایات نه‌تنها بر داوری‌های علوم بلکه بر توصیفات آنها نیز اثرگذارند اما به‌دلیل اینکه این تأثیر نادیده گرفته می‌شود بر توصیفات به‌عنوان توصیفات صرف اعتماد می‌کنند؛ بنابراین اصلاح در داوری‌های این علوم و تأثیرات آنها باید از توصیفات آنها و مبانی‌ای که آن توصیفات را شکل می‌دهند آغاز شود.البته موارد زیادی هست که می‌تواند در آنها چگونگی تأثیر دین در شناخت موضوع مورد پرسش قرار گیرد و در این موارد و به شکل جزئی افراد واجدصلاحیت باید نظر بدهند اما آنچه در کلیت بحث باید مورد توجه قرار گیرد این است که نقطه ثقل ادعای علوم روی داعیه شناخت موضوع و توصیف صحیحی است که از آن به‌دست می‌دهند و از همین جا احکامی را صادر و بر موضوعات مترتب می‌کنند و لذا اگر از همین جا نتوانیم حوزه تعامل بین علم و دین را به درستی تعریف کنیم و مرحله توصیف را تام و تمام به علم بسپاریم طبیعی است که در قدم‌های بعد منفعل خواهیم بود و حرف چندانی برای گفتن نخواهیم داشت.
در نهایت سر رشته این بحث به معرفت‌شناسی علم و معرفت‌شناسی دین می‌رسد و اگر در قالب معرفت‌شناسی علم به این مسئله که چگونه مبانی در مرحله توصیف تأثیرگذارند بپردازیم بهتر می‌توانیم آن را مورد بررسی قرار دهیم؛ چه اینکه در فلسفه علم رایج نیز بسیار به بررسی این مسئله پرداخته‌اند و بحث‌های مفصلی در این رابطه شده است و خود غربی‌ها هم به میزان زیادی اذعان دارند که پارادایم‌ها و پیش‌فرض‌های حاکم و شرایط اجتماعی چه در مقام داوری و چه در مقام گردآوری بر علمی که حاصل می‌شود تأثیرگذار هستند.