براساس آنچه در کتاب نگاهی به آثار و ابنیه تاریخی اردبیل منتشر شده است، «جمعه مسجد» اردبیل مربوط به دوران سلجوقیان است و در کنار یک آتشکده قرار گرفته است. براساس این کتاب حتی ساختمان قبلی مسجد نیز مربوط به آتشکده بوده و دارای قدمت کهن است. برهمین اساس بنای تاریخی جمعه مسجد اردبیل شامل یک حیاط و ایوان و دارای یک طاق باشکوه بود که در حمله مغول به ایران تخریب شد اما هنوز قسمتی از مسجد سالم مانده است.مسجد جمعه اردبیل اما براساس همان منبع بازمانده مسجد عظیم، گسترده و کم نظیری است که در دوره‌های مختلف اسلامی به‌ویژه دوره سلجوقی شکل گرفت و تا اوایل دوره صفویه نیز کاربری داشت.
براساس کاوش‌های هیأت ایرانی در مسجد جمعه مشخص شده است که این بنا در قرن‌های نخست اسلامی ساخته شده است. اگرچه بناهای تاریخی مربوط به دوران سلجوقی در ایران به تعداد اندک وجود دارد و معماری و حکاکی‌هایی که در بناهای دوره سلجوقی وجود دارد بسیار نفیس، ارزشمند و ظریف است ولی بتن‌ریزی بر یک بنای دوره سلجوقی نه‌تنها توجیه کارشناسی ندارد بلکه به‌معنای تخریب تعمدی چنین بناهای با ارزش تاریخی است.
براساس آنچه بیوک جامعی نویسنده کتاب آشنایی با آثار و ابنیه تاریخی اردبیل و براساس کاوش‌های باستان‌شناسی مسجد جمعه اردبیل اعلام کرده است، این مسجد تاریخی آخرین بار در دوران ایلخانی مورد مرمت قرار گرفته است. بر این اساس کاوش‌های باستان‌شناسی که برای شناخت مختصات تاریخی این بنای سلجوقی از سال۱۳۶۷ توسط سازمان میراث فرهنگی شروع شد، پس از خاکبرداری از لایه‌های خاک و برچیدن قبرهای متاخر، سرستون‌های آجری و قسمتی از دیوار شبستان مسجد عتیق را که متعلق به دوره ایلخانی بود از خاک بیرون آورد که تاریخ روشن مسجد و چگونگی الحاقات و تکامل آن را در دوره‌های تاریخی مختلف تا حدودی مشخص کرد. باستان‌شناس‌ها علت اصلی انهدام و خرابی مسجد سلجوقی را وقوع یک زلزله شدید در آن دوره تاریخی اعلام کردند که موجب تعمیراتی در قرن هفتم، بر قسمت اساسی بنا و گنبد آن شد. براساس آنچه در کتاب بیوک جامعی آمده است، پوشش این مسجد در سال79 به‌صورت سقف تیر پوشی شده مسطح با استفاده از 3ردیف پایه ستون‌های سه‌تایی در دوره قاجار بود که در آن دوره تاریخی نیز تعمیرات هرگز به تخریب گریو گنبد و بقایای تزیینی آن منجر نشد.
اکنون در حالی بتن ریزی بر گنبد مسجد تاریخی سلجوقی جمعه اردبیل بر خروجی خبرگزاری ایسنا منتشر شده است که عضوی از هیأت علمی سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری کشور که در سال89 تهیه طرح مرمت این مسجد تاریخی را برعهده داشت با اشاره به یکسال مطالعه فشرده و دقیق در ارتباط با مرمت این مسجد تاریخی به آن خبرگزاری گفت: نتیجه مطالعات در قالب طرح مرمت ارائه شد که پس از تصویب در پژوهشگاه سازمان میراث فرهنگی در تیرماه سال گذشته در شورای فنی معاونت میراث فرهنگی نیز بررسی شد اما پس از مدتی متوجه شدیم استان اردبیل خود در طرحی جداگانه، مرمت مسجد جمعه اردبیل و گنبد آن را آغاز کرده است.
علیرضا انیسی تهیه‌کننده طرح مرمت مسجد سلجوقی جمعه اردبیل افزود: این اقدام بدون گرفتن تأییدیه از شورای فنی سازمان میراث فرهنگی یا مرجعی دیگر، با مجوز معاون سابق سازمان میراث فرهنگی که خود قبلا مدیرکل این اداره بوده، آغاز شده و اکنون در حال اجراست.وی با تأکید بر اینکه طرح در حال اجرا روی سازه مسجد جمعه اردبیل هیچ سنخیتی با طرح پیشنهادی و تأیید شده شورای فنی سازمان میراث فرهنگی ندارد، گفت: مرمت گنبد این بنا اکنون به‌شکل ناشیانه‌ای در حال انجام است. این گنبد در دوره‌های گذشته تخریب شده و فقط بخش‌هایی از آن باقی مانده بود.
او با بیان اینکه در طرح پیشنهادی به معاونت میراث فرهنگی 2گزینه مطرح و قرار بود شورای فنی براساس مقتضیات، برای اجرایی کردن یکی از آن دو اظهارنظر کند، گفت: در آن زمان اعلام شد که این طرح با 2گزینه برای بررسی در کمیته فنی به زمان دیگری موکول شد تا براساس اولویت‌ها، یکی از گزینه‌ها برای اجرا تأیید شود، ولی این اتفاق با اقدامی که اداره کل میراث فرهنگی و گردشگری استان اردبیل انجام داد، هرگز رخ نداد. تهیه‌کننده طرح مرمت مسجد سلجوقی اردبیل درباره آسیب‌هایی که با اقدامات کنونی به مسجد دوره سلجوقی اردبیل وارد می‌شود، گفت: تلفیق این سازه با بتن، اصالت معماری بنا را خدشه‌دار می‌کند و اجرای سازه بتنی در آینده نه‌چندان دور، به‌دلیل داشتن وزن زیاد و ترکیب نامتجانس، به این بنای سلجوقی آسیب زیادی وارد می‌کند. انیسی افزود: لازم است که معاونت میراث فرهنگی کشور از اجرای این کار نادرست که بدون مجوز شورای فنی سازمان میراث فرهنگی در گذشته انجام شده است، جلوگیری کند.