حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در اجرای اصل یکصد و هفتاد و ششم قانون اساسی با صدور حکمی علی شمخانی را برای مدت سه سال به نمایندگی خود در شورایعالی امنیت ملّی منصوب کردند.
متن حکم رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:
« بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای علی شمخانی
در اجرای اصل یکصد و هفتاد و ششم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، جنابعالی را به نمایندگی خود در شورایعالی امنیت ملّی برای مدت سه سال منصوب میکنم.
انتظار میرود که با توجه به نقش برجسته و ممتاز تصمیمات آن شورا در تحقق استقلال و امنیت ملّی جمهوری اسلامی ایران، بتوانید با شرکت فعالانه در آن و تبادل نظر مستمرّ با اینجانب، به اقتدار و استقلال نظام متعالی اسلامی کمک نمائید.
بر خود لازم میدانم از زحمات جناب آقای دکتر روحانی در طول سالیان متمادی نمایندگی رهبری در شورای مذکور قدردانی نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
21/شهریور/1392