آیت الله سید محمد حسینی خامنه‌ای فرزند مرحوم سیدجواد حسینی خامنه‌ای و برادر بزرگتر رهبر معظم انقلاب اسلامی ایران حضرت آیت الله خامنه‌ای می‌باشد.
ایشان در سال ۱۳۲۹ وارد حوزه علمیه مشهد گردیدند و در سال ۱۳۳۴ پس از گذراندن تحصیلات پایه‌ای حوزه از مشهد مقدس رهسپار حوزه علمیه قم گردید.
در سال ۱۳۳۸ به درجه عالی اجتهاد رسیدند، ایشان در سال ۱۳۵۷ به فرمان امام خمینی به عنوان عضو شورای تدوین قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران انتخاب شد و در نگارش پیش نویس قانون اساسی با دیگر اعضای این شورا همکاری نمود.
ایشان در دادسرای انقلاب و مجلس خبرگان نیز فعالیت داشتند. وی پیش‌نویس طرح آزادسازی گروگان‌های آمریکایی در قرارداد الجزایر بین ایران و آمریکا را نیز نوشت.آیت الله سید محمد خامنه‌ای در سال ۱۳۵۴ موسسه تحقیقاتی حقوق اسلام را با جمعی از طلاب و مردم خیر تأسیس نمود.
ایشان همچنین بنیاد صدرا مجله تخصصی فلسفه را به اسم «خردنامه» منتشر کرد که در زمان خود بی‌نظیر بود و در حال حاضر ده‌ها مجله در سطح بالای پژوهشی نشر می‌شود.
ایشان علاوه بر این فعالیت‌ها، در زمان انقلاب در مدرسه نهضت آزادی کمال و کارآموز مشغول به تدریس بودند دیگر فعالیت‌های ایشان پس از انقلاب به شرح ذیل می‌باشد.
- تدریس در دانشگاه‌های علامه طباطبائی، دانشکده روابط بین الملل (وزارت امور خارجه)، دانشگاه الزهرا، دانشگاه آزاد اسلامی.
- وکالت پایه یک دعاوی دادگستری
- صاحب امتیاز و سردبیر مجله مسائل ایران
- ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا
- ریاست انجمن بین المللی ملاصدرا
- صاحب امتیاز و مدیر مسئول مجله فلسفی و تخصصی خردنامه (صدرا)
- عضویت و شرکت در انجمنهای علمی و پژوهشی
- عضویت مؤسسه گفتگوی بین ادیان